<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><meta name=Generator content="Microsoft Word 15 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@SimSun";
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman",serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Hi Roland,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Thanks for your reply. The reason I ‘m asking for it is that currently we are evaluating if it’s worth the effort to push out a MIC version of Gromacs for user to use on our clusters.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Best,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Kevin<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><a name="_MailEndCompose"><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></a></p><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>From:</span></b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'> gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se [mailto:gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se] <b>On Behalf Of </b>Roland Schulz<br><b>Sent:</b> Wednesday, March 11, 2015 5:04 PM<br><b>To:</b> gmx-developers@gromacs.org<br><b>Subject:</b> Re: [gmx-developers] MIC support<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><p class=MsoNormal>Hi,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>you can only run in native or hybrid mode with the released version. We have a version with offload working but we are still in the process of tuning it. With native mode you don't get any significant speedup over a single CPU. Why are you asking?<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Roland<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><p class=MsoNormal>On Wed, Mar 11, 2015 at 3:00 PM, Kevin Chen &lt;<a href="mailto:fch6699@gmail.com" target="_blank">fch6699@gmail.com</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in'><p class=MsoNormal>Hi Guys,<br><br>Could you provide info on the status of MIC support for current Gromacs<br>Release? If yes, how much performance improvement one would expect? Do you<br>have any benchmark systems you could share with us?<br><br>Best,<br><br>Kevin Chen<br><br><br><br><br><br><br>-----Original Message-----<br>From: <a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se</a><br>[mailto:<a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se</a>] On Behalf Of<br>Shirts, Michael R. (mrs5pt)<br>Sent: Friday, February 6, 2015 10:21 PM<br>To: <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>Subject: [gmx-developers] creating a new branch in the main repository?<br><br>Apologies if this should have been obvious and I could figure it out.<br><br>I want to create a new branch in the main repository so I can share a<br>particular functionality that will never make it into the main repository<br>(too much complication, only useable in some very restrictive cases, long<br>story).&nbsp; I tried googling around, but couldn't find something that made<br>sense. git push origin NEWBRANCH gave me a 'fatal: remote error: access<br>denied or repository not exported: /gromacs.git' error - was this because my<br>permissions weren't set up right?&nbsp; Should I just set up a private branch?<br><br>Thanks for any advice!<br><br>Best,<br>~~~~~~~~~~~~<br>Michael Shirts<br>Associate Professor<br>Department of Chemical Engineering<br>University of Virginia<br><a href="mailto:michael.shirts@virginia.edu" target="_blank">michael.shirts@virginia.edu</a><br><a href="tel:%28434%29%20243-1821" target="_blank">(434) 243-1821</a><br><br>--<br>Gromacs Developers mailing list<br><br>* Please search the archive at<br><a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before<br>posting!<br><br>* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br>* For (un)subscribe requests visit<br><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or<br>send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br><span style='color:#888888'><br>--<br>Gromacs Developers mailing list<br><br>* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br><br>* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br>* For (un)subscribe requests visit<br><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</span><o:p></o:p></p></blockquote></div><p class=MsoNormal><br><br clear=all><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><p class=MsoNormal>-- <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br><a href="tel:865-241-1537" target="_blank">865-241-1537</a>, ORNL PO BOX 2008 MS6309<o:p></o:p></p></div></div></div></div></body></html>