<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8000001907349px">Hi,</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">I&#39;m a new user of  </span><span style="font-size:12.8000001907349px;background:yellow">gromacs</span><span style="font-size:12.8000001907349px"> and I follow some tutorials to run a simulation of </span><span style="font-size:12.8000001907349px;background:yellow">lysozyme</span><span style="font-size:12.8000001907349px"> using </span><span style="font-size:12.8000001907349px;background:yellow">OPLS</span><span style="font-size:12.8000001907349px">-AA/L force field . The problem is: when I type the command</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px"> </span><b style="font-size:12.8000001907349px">pdb2gmx -f 1LYD.<span style="background:yellow">pdb</span> -water tip3p </b><span style="font-size:12.8000001907349px">in the terminal and choose the force field ,I get this error</span><div style="font-size:12.8000001907349px"><br><div><div>Program pdb2gmx, VERSION 5.0.4</div><div>Source code file: /home/<span style="background:yellow">asmaa</span>/Downloads/<span style="background:yellow">gromacs</span>-5.0.4/<span style="background:yellow">src</span>/<span style="background:yellow">gromacs</span>/<span style="background:yellow">fileio</span>/<span style="background:yellow">futil</span>.<span style="background:yellow">cpp</span>, line: 545</div><div><br></div><div>File input/output error:</div><div>1LYD.<span style="background:yellow">pdb</span></div><div>For more information and tips for troubleshooting, please check the <span style="background:yellow">GROMACS</span></div><div>website at <a href="http://www/" target="_blank">http://www</a>.<span style="background:yellow">gromacs</span>.org/Documentation/Errors</div></div></div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">I thought there&#39;s a problem with the <span style="background:yellow">pdb</span> file and I tried another 3 different files with different force fields, but each time this error appears. I checked also line 545 in the mentioned file (<span style="background:yellow">futil</span>.<span style="background:yellow">cpp)</span> and it seems to be correct. So, do you have any suggestions to overcome this problem?</div><div style="font-size:12.8000001907349px">Thanks in advance</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><span style="background:yellow">Asma</span></div></div>