<p dir="ltr">Hi,</p>
<p dir="ltr">Likely your water still used SETTLE, as the mdp option merely disables the automatic conversion of normal bonds to constraints. </p>
<p dir="ltr">Mark </p>
<br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, 15 Jul 2015 19:12 Bernhard &lt;<a href="mailto:b.reuter@uni-kassel.de">b.reuter@uni-kassel.de</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Finally I also tried a NVE simulation (rlist=1.012nm) with the same
    system, parameters and starting conditions but <u>without</u><u>
      any constraints</u> (constraints=none): The result is an equal
    linear drift (-0.78 kJ/mol/ps or -3.43*10^-5 kJ/mol/ps per atom) of
    the total energy as for NVE  with constraints=h-bonds or of the
    conserved energy for Nose-Hoover with constraints=h-bonds
    (rlist=1.012nm in all cases; lincs-iter=2 for NVE and lincs-iter=1
    for NVT).<br>
    So constraints should be ruled out as cause of the drift...<br>
    <br>
    Best,<br>
    Bernhard<br>
    <br>
    <div>Am 15/07/15 um 18:14 schrieb Mark
      Abraham:<br>
    </div></div><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">Hi,
        <div><br>
        </div>
        <div>This looks approximately normal for constrained dynamics of
          systems with water. See e.g. fig 8 of <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2013.06.003" target="_blank">http://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2013.06.003</a><br>
          <br>
          Mark</div>
        <div><br>
          <div class="gmail_quote">
            <div dir="ltr">On Wed, Jul 15, 2015 at 5:57 PM Bernhard &lt;<a href="mailto:b.reuter@uni-kassel.de" target="_blank">b.reuter@uni-kassel.de</a>&gt;
              wrote:<br>
            </div>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I now
              also tried with bigger manual rlist values of 1.02 and
              1.05: This<br>
              doesnt help - the drift of the conserved energy with
              Nose-Hoover gets<br>
              even bigger: -1,8 kJ/mol/ps (7.9*10^-5 kJ/mol/ps per atom)
              and -2.62<br>
              kJ/mol/ps (1.15*10^-4 kJ/mol/ps per atom).<br>
              <br>
              Am 15/07/15 um 17:41 schrieb Bernhard:<br>
              &gt; I mean a drift of the total energy in NVE - while
              with Nose-Hoover the<br>
              &gt; drift is in the Conserved-Energy quantity of g_energy
              (the total<br>
              &gt; energy shows no drift with Noose-Hoover...).<br>
              &gt;<br>
              &gt; Am 15/07/15 um 17:38 schrieb Bernhard:<br>
              &gt;&gt; I also did a NVE simulation with the same
              parameters, system and<br>
              &gt;&gt; starting conditions but with manually set
              rlist=1.012nm (since<br>
              &gt;&gt; verlet-buffer-drift doesnt work in NVE):<br>
              &gt;&gt; There I also got a linear drift (but smaller) of
              0.78 kJ/mol/ps<br>
              &gt;&gt; (3.436*10^-5 kJ/mol/ps per atom).<br>
              &gt;&gt; For comparison reasons I also did a NVT
              Nose-Hoover Simulation with<br>
              &gt;&gt; manually set rlist=1.012nm:<br>
              &gt;&gt; There I got a comparable linear drift of 0.67
              kJ/mol/ps (2.94*10^-5<br>
              &gt;&gt; kJ/mol/ps per atom).<br>
              &gt;&gt; So no differences between NVE and NVT so far in
              my opinion...<br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;&gt; Best,<br>
              &gt;&gt; Bernhard<br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;&gt; Am 15/07/15 um 17:10 schrieb Shirts, Michael R.
              (mrs5pt):<br>
              &gt;&gt;&gt; The conserved quantity in nose-hoover is not
              quite as good as the<br>
              &gt;&gt;&gt; conserved energy, which should have no drift
              at all.  For NH, the<br>
              &gt;&gt;&gt; conserved quantity should drift as a random
              Gaussian process with mean<br>
              &gt;&gt;&gt; zero (i.e. go with sqrt(N)). It shouldn&#39;t be
              drifting linearly.<br>
              &gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt; I would check to see if your system conserved
              energy when run with NVE<br>
              &gt;&gt;&gt; (use the endpoint of the NPT simulation). 
              It&#39;s easier to diagnose any<br>
              &gt;&gt;&gt; problems with an NVE simulation, which should
              have virtually no<br>
              &gt;&gt;&gt; drift, vs<br>
              &gt;&gt;&gt; a NVT simulation, which has random noise
              drift.  Odds are, if there<br>
              &gt;&gt;&gt; is a<br>
              &gt;&gt;&gt; problem with the NVT simulation, it will also
              show up in the NVE<br>
              &gt;&gt;&gt; simulation if only the thermostat is removed.<br>
              &gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt; Also, consider looking at <a href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct300688p" rel="noreferrer" target="_blank">http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct300688p</a><br>
              &gt;&gt;&gt; for tests of whether the ensemble generated
              is correct.<br>
              &gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt; Best,<br>
              &gt;&gt;&gt; ~~~~~~~~~~~~<br>
              &gt;&gt;&gt; Michael Shirts<br>
              &gt;&gt;&gt; Associate Professor<br>
              &gt;&gt;&gt; Department of Chemical Engineering<br>
              &gt;&gt;&gt; University of Virginia<br>
              &gt;&gt;&gt; <a href="mailto:michael.shirts@virginia.edu" target="_blank">michael.shirts@virginia.edu</a><br>
              &gt;&gt;&gt; (434) 243-1821<br>
              &gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt; On 7/15/15, 10:58 AM, &quot;Bernhard&quot; &lt;<a href="mailto:b.reuter@uni-kassel.de" target="_blank">b.reuter@uni-kassel.de</a>&gt;
              wrote:<br>
              &gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; Dear Gromacs Users and Developers,<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; I have a problem regarding energy
              conservation in my 10ns NVT<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; protein+water+ions (22765 atoms)
              production (minimization and<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; equilibration for more than 15ns was
              carried out in NPT before)<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; simulations using a Nose-Hoover
              thermostat (tau=2.5ps).<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; On first glance everything looks fine -
              the potential, kinetic and<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; total<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; energy are nearly perfectly constant
              (with normal fluctuations) - but<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; when I checked the &quot;Conserved-Energy&quot;
              quantity that g_energy outputs I<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; had to recognize a significant (nearly
              perfectly) linear downward<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; drift<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; of this &quot;to-be-conserved&quot; quantity of
              around 1.7 kJ/mol/ps (7.48*10^-5<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; kJ/mol/ps per atom).<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; This appears somehow disturbing to me
              since I would expect that this<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; Conserved-Energy is the conserved energy
              of the extended Nose-Hoover<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; Hamiltonian - which should by definition
              be conserved.<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; If it would be a drift caused by normal
              round-off error due to single<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; precision I would expect it to grow with
              Sqrt(N) and not with N<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; (linear)<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; (N=number of steps).<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; So I would like to know if this is a
              normal behaviour and also what<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; could cause this (buffer size, precision,
              constraints etc)?<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; Also I would like to know, if I am
              correct with my guess that the<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; &quot;Conserved-Energy&quot; quantity is in this
              case the energy of the extended<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; Nose-Hoover Hamiltonian?<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; The .mdp file is atatched (don&#39;t be
              confused about rlist=1 - since Im<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; using the Verlet-scheme the
              verlet-buffer-drift option should be by<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; default active and determine the rlist
              value (Verlet buffer-size)<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; automatically).<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; Best regards,<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; Bernhard<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ; Run parameters<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; integrator    = md        ; leap-frog
              integrator<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; nsteps        = 10000000    ; 10000 ps =
              10 ns<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; dt        = 0.001        ; 1 fs<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ; Output control<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; nstxout        = 5000        ; save
              coordinates every ps<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; nstvout        = 5000        ; save
              velocities every ps<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; nstxtcout    = 1000        ; xtc
              compressed trajectory output every ps<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; nstenergy    = 1000        ; save
              energies every ps<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; nstlog        = 5000        ; update log
              file every ps<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ; Bond parameters<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; continuation    = yes        ; continue
              from NPT<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; constraint_algorithm = lincs    ;
              holonomic constraints<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; constraints    = h-bonds    ; all bonds
              (even heavy atom-H bonds)<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; constrained<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; lincs_iter    = 1        ; accuracy of
              LINCS<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; lincs_order    = 4        ; also related
              to accuracy<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ; Neighborsearching<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; cutoff-scheme    = Verlet    ; Verlet
              cutoff-scheme instead of<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; group-scheme (no charge-groups used)<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ns_type        = grid        ; search
              neighboring grid cells<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; nstlist        = 10        ; 10 fs<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; rlist        = 1.0        ; short-range
              neighborlist cutoff (in nm)<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; rcoulomb    = 1.0        ; short-range
              electrostatic cutoff (in nm)<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; rvdw        = 1.0        ; short-range
              van der Waals cutoff (in nm)<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ; Electrostatics<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; coulombtype    = PME        ; Particle
              Mesh Ewald for long-range<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; electrostatics<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; pme_order    = 4        ; cubic
              interpolation<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; fourierspacing    = 0.12        ; grid
              spacing for FFT<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ; Temperature coupling is on<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; tcoupl        = nose-hoover    ; modified
              Berendsen thermostat<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; tc-grps        = Protein Non-Protein    ;
              two coupling groups - more<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; accurate<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; tau_t        = 2.5    2.5    ; time
              constant, in ps<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ref_t        = 300     300    ; reference
              temperature, one for each<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; group, in K<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ; Pressure coupling is off<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; pcoupl        = no         ; no pressure
              coupling in NVT<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ; Periodic boundary conditions<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; pbc        = xyz        ; 3-D PBC<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ; Dispersion correction<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; DispCorr    = EnerPres    ; account for
              cut-off vdW scheme<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; ; Velocity generation<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; gen_vel        = no        ; don¹t assign
              velocities from Maxwell<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; distribution<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; --<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; Gromacs Developers mailing list<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; * Please search the archive at<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a><br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; before<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; posting!<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
              &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; * For (un)subscribe requests visit<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a><br>
              &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
              &gt;&gt;&gt;&gt; or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
              &gt;&gt;<br>
              &gt;<br>
              <br>
              --<br>
              Gromacs Developers mailing list<br>
              <br>
              * Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a>
              before posting!<br>
              <br>
              * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
              <br>
              * For (un)subscribe requests visit<br>
              <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a>
              or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
            </blockquote>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</blockquote></div>