<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Philip Fowler made a recent positive report on OpenCL+AMD+Mac and he was using /usr/bin/cc Clang 6.1.0.6020053, so there may be an issue with Clang 6.0 (whatever real clang version that is...)</div><div><br></div><div>Mark</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Jul 16, 2015 at 7:20 PM Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com">erik.lindahl@gmail.com</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">Hi,</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">The one obvious difference I can see is that you have clang 6.0.0, while at least my Macbook pro says 6.1.0. </div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">Could you check if there is any update available for the developer tools, and if so does that help?</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">It is actually much better to use gcc since you will then also use all CPU cores. However, that requires patching a header file in /usr/include; I’ll dig up what I did there - we need to put it in the documentation anyway.</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">Cheers,</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">Erik</div> <div style="color:black"></div></div><div style="word-wrap:break-word"><div style="color:black"><br>From: <span style="color:black">Carlo Camilloni</span> <a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">&lt;carlo.camilloni@gmail.com&gt;</a><br></div></div><div style="word-wrap:break-word"><div style="color:black">Reply: <span style="color:black">Carlo Camilloni</span> <a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">&lt;carlo.camilloni@gmail.com&gt;&gt;</a><br>Date: <span style="color:black">16 Jul 2015 at 19:07:13</span><br>To: <span style="color:black">Erik Lindahl</span> <a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" target="_blank">&lt;erik.lindahl@gmail.com&gt;&gt;</a><br>Cc: <span style="color:black"><a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a></span> <a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">&lt;gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se&gt;&gt;</a>, <span style="color:black"><a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a></span> <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">&lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;&gt;</a></div></div><div style="word-wrap:break-word"><div style="color:black"><br>Subject: <span style="color:black"> Re: [gmx-developers] gromacs 5.1rc1 OpenCL problem with Parrinello-Rahman <br></span></div></div><div style="word-wrap:break-word"><br> <blockquote type="cite"><span><div style="word-wrap:break-word"><div></div><div>







Hi Erik,
<div><br></div>
<div>here it is:</div>
<div><br></div>
<div><br></div>
<div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">GROMACS version:    VERSION 5.1-rc1</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Precision:          single</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Memory model:       64 bit</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">MPI library:        none</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">OpenMP support:     disabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">GPU support:        enabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">OpenCL support:     enabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">invsqrt routine:   
gmx_software_invsqrt(x)</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">SIMD instructions:  AVX_256</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">FFT library:       
fftw-3.3.4-sse2-avx</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">RDTSCP usage:       enabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">C++11 compilation:  disabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">TNG support:        enabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Tracing support:    disabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Built on:           Thu 16 Jul
2015 09:34:14 BST</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Built by:           carlo@
[CMAKE]</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Build OS/arch:      Darwin 13.4.0
x86_64</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Build CPU vendor:   GenuineIntel</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Build CPU brand:    Intel(R) Xeon(R) CPU E5-1650
v2 @ 3.50GHz</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Build CPU family:   6   Model: 62  
Stepping: 4</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Build CPU features: aes apic avx clfsh cmov cx8 cx16 f16c
htt lahf_lm mmx msr nonstop_tsc pcid pclmuldq pdcm pdpe1gb popcnt
pse rdrnd rdtscp sse2 sse3 sse4.1 sse4.2 ssse3 tdt x2apic</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">C compiler:        
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/cc
Clang 6.0.0.6000057</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">C compiler flags:    -mavx    -Wall
-Wno-unused -Wunused-value -Wunused-parameter
-Wno-unknown-pragmas  -O3 -DNDEBUG</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">C++ compiler:      
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/c++
Clang 6.0.0.6000057</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">C++ compiler flags:  -mavx    -Wextra
-Wno-missing-field-initializers -Wpointer-arith -Wall
-Wno-unused-function -Wno-unknown-pragmas  -O3 -DNDEBUG</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Boost version:      1.58.0 (external)</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">OpenCL include dir:
/System/Library/Frameworks/OpenCL.framework</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">OpenCL library:    
/System/Library/Frameworks/OPENCL.framework</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">OpenCL version:     1.2</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo;min-height:14px"><br></div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo;min-height:14px"><br></div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Running on 1 node with total 12 logical cores, 2
compatible GPUs</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Hardware detected:</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">  CPU info:</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    Vendor: GenuineIntel</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    Brand:  Intel(R) Xeon(R) CPU E5-1650 v2
@ 3.50GHz</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    Family:  6  model: 62 
stepping:  4</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    CPU features: aes apic avx clfsh cmov cx8
cx16 f16c htt lahf_lm mmx msr nonstop_tsc pcid pclmuldq pdcm
pdpe1gb popcnt pse rdrnd rdtscp sse2 sse3 sse4.1 sse4.2 ssse3 tdt
x2apic</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    SIMD instructions most likely to fit this
hardware: AVX_256</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    SIMD instructions selected at GROMACS
compile time: AVX_256</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">  GPU info:</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    Number of GPUs detected: 2</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    #0: name: AMD Radeon HD - FirePro D500
Compute Engine, vendor: AMD, device version: OpenCL 1.2 , stat:
compatible</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    #1: name: AMD Radeon HD - FirePro D500
Compute Engine, vendor: AMD, device version: OpenCL 1.2 , stat:
compatible</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo"><br></div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Carlo</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo"><br></div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo"><br></div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo"><br></div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On 16 Jul 2015, at 18:59, Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" target="_blank">erik.lindahl@gmail.com</a>&gt; wrote:</div>
<br>
<div>
<div style="word-wrap:break-word">
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">Hi Carlo,</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px"><br></div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">IIRC, I managed to get it working on a Mac Pro with AMD
Firepro D300 GPUs. Please post the contents of the top of your
logfile (where it says everything about the compilers &amp;
config), and mention what hardware you tried it on - then we’ll see
if we can reproduce it.</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px"><br></div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">Cheers,</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px"><br></div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">Erik</div>
<div><br>
From: <span>Carlo Camilloni</span> <a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">&lt;carlo.camilloni@gmail.com&gt;</a><br>
Reply: <span><a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a></span> <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">&lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;&gt;</a><br>
Date: <span>16 Jul 2015 at
18:52:21</span><br>
To: <span><a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a></span>
<a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">&lt;gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se&gt;&gt;</a><br>

Subject:  <span>Re: [gmx-developers] gromacs
5.1rc1 OpenCL problem with Parrinello-Rahman<br></span></div>
<br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div></div>
<div><span>Hi,<br>
<br>
I tested the OpenCL kernel on my macbook (nvidia gpu) and here it
produces the correct forces,<br>
so it could be a problem related to amd+osx, or maybe to some
specific compiler/os version<br>
<br>
Carlo<br>
<br>
<br>
&gt; On 15 Jul 2015, at 17:42, Carlo Camilloni &lt;<a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">carlo.camilloni@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; these are the tests that fail:<br>
&gt;<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (12 errors), checkforce.out (3516
errors) file(s) in dd121 for dd121<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4027
errors) file(s) in nbnxn-energy-groups for
nbnxn-energy-groups<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (26 errors), checkforce.out (2998
errors) file(s) in nbnxn-free-energy for
nbnxn-free-energy<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (26 errors), checkforce.out (2998
errors) file(s) in nbnxn-free-energy-vv for
nbnxn-free-energy-vv<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (11 errors), checkforce.out (4039
errors) file(s) in nbnxn-ljpme-geometric for
nbnxn-ljpme-geometric<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (14 errors), checkforce.out (52
errors) file(s) in nbnxn-ljpme-LB for nbnxn-ljpme-LB<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (14 errors), checkforce.out (52
errors) file(s) in nbnxn-ljpme-LB-geometric for
nbnxn-ljpme-LB-geometric<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4029
errors) file(s) in nbnxn-vdw-force-switch for
nbnxn-vdw-force-switch<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4032
errors) file(s) in nbnxn-vdw-potential-switch for
nbnxn-vdw-potential-switch<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (4 errors), checkforce.out (250
errors) file(s) in nbnxn-vdw-potential-switch-argon for
nbnxn-vdw-potential-switch-argon<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4027
errors) file(s) in nbnxn_pme for nbnxn_pme<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4027
errors) file(s) in nbnxn_pme_order5 for nbnxn_pme_order5<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4027
errors) file(s) in nbnxn_pme_order6 for nbnxn_pme_order6<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (9 errors), checkforce.out (4028
errors) file(s) in nbnxn_rf for nbnxn_rf<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (2 errors), checkforce.out (4
errors) file(s) in nbnxn_rzero for nbnxn_rzero<br>
&gt; FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in nbnxn_vsite for
nbnxn_vsite<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (13 errors), checkforce.out (15512
errors) file(s) in octahedron for octahedron<br>
&gt; FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in position-restraints
for position-restraints<br>
&gt; FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in pull_constraint for
pull_constraint<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4021
errors) file(s) in pull_cylinder for pull_cylinder<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (11 errors), checkforce.out (39054
errors) file(s) in swap_x for swap_x<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (11 errors), checkforce.out (39053
errors) file(s) in swap_y for swap_y<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (12 errors), checkforce.out (39054
errors) file(s) in swap_z for swap_z<br>
&gt; 23 out of 60 complex tests FAILED<br>
&gt; FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in expanded for
expanded<br>
&gt; FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in transformAtoB for
transformAtoB<br>
&gt; 2 out of 10 freeenergy tests FAILED<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Carlo<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Message: 4<br>
&gt;&gt; Date: Wed, 15 Jul 2015 15:35:13 +0000<br>
&gt;&gt; From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com" target="_blank">mark.j.abraham@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; To: <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a>,<br>
&gt;&gt; <a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a><br>
&gt;&gt; Subject: Re: [gmx-developers] gromacs 5.1rc1 OpenCL
problem with<br>
&gt;&gt; Parrinello-Rahman<br>
&gt;&gt; Message-ID:<br>
&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:CAMNuMATveVRRyBBwn312xrY+w3M7deC2Hs3A7PZnaeugkw+VVA@mail.gmail.com" target="_blank">CAMNuMATveVRRyBBwn312xrY+w3M7deC2Hs3A7PZnaeugkw+VVA@mail.gmail.com</a>&gt;<br>

&gt;&gt; Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thanks. If a difference of that magnitude can be seen,
then it should also<br>
&gt;&gt; show up when running the regressiontests (e.g.
cmake<br>
&gt;&gt; -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=on and then make check) as a
failure<br>
&gt;&gt; of complex/nbnxn-ljpme-LB (which is the only P-R test that
can run on the<br>
&gt;&gt; GPU). If other tests fail, then the problem is actually
more widespread.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; It may be that there is some issue with some part of the
Mac+clang+OpenCL<br>
&gt;&gt; stack - we didn&#39;t target it during development, and at the
last minute when<br>
&gt;&gt; Erik was unexpectedly able to get it to compile. I don&#39;t
know if he got<br>
&gt;&gt; tests to pass. Erik?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Mark<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Wed, Jul 15, 2015 at 5:22 PM Carlo Camilloni
&lt;<a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">carlo.camilloni@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Dear Mark and Szilard,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; thanks for your answer. I filed a bug in redmine but
in the meantime I was<br>
&gt;&gt;&gt; running more tests and I am a bit scared by what I
found:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; what I have done is the following I have performed a
single step run with<br>
&gt;&gt;&gt; gmx51-rc1 compiled with cuda, again clang and so
on<br>
&gt;&gt;&gt; and compared the forces on the first step with -nb cpu
or not (I am using<br>
&gt;&gt;&gt; -pforce 1), the forces are identical:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; ie.:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; cuda-gpu<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 1 x 3.940 5.612 2.226 force
1.90839e+03<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 2 x 3.852 5.659 2.211 force
4.24845e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 3 x 3.979 5.665 2.303 force
6.89472e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 4 x 3.992 5.610 2.139 force
7.42053e+02<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; cpu:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 1 x 3.940 5.612 2.226 force
1.90839e+03<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 2 x 3.852 5.659 2.211 force
4.24845e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 3 x 3.979 5.665 2.303 force
6.89472e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 4 x 3.992 5.610 2.139 force
7.42053e+02<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; if I do the same test on the version compiled with
OpenCL<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; cpu:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; (the former are done on my macbook pro avx2_256 this
latter on a MacPro<br>
&gt;&gt;&gt; avx_256, this should<br>
&gt;&gt;&gt; explain the small differences in the forces)<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 1 x 3.940 5.612 2.226 force
1.90838e+03<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 2 x 3.852 5.659 2.211 force
4.24848e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 3 x 3.979 5.665 2.303 force
6.89470e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 4 x 3.992 5.610 2.139 force
7.42043e+02<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; opencl-gpu:<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 1 x 3.940 5.612 2.226 force
1.48597e+03<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 2 x 3.852 5.659 2.211 force
6.26942e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 3 x 3.979 5.665 2.303 force
8.44032e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 4 x 3.992 5.610 2.139 force
7.92786e+02<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I am afraid there is something wrong in OpenCL
kernels.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I am using the topol-nvt-nogen.tpr I have uploaded on
redmine.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Best,<br>
&gt;&gt;&gt; Carlo<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt;&gt; Gromacs Developers mailing list<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; * Please search the archive at<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a>
before<br>
&gt;&gt;&gt; posting!<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; * For (un)subscribe requests visit<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a><br>

&gt;&gt;&gt; or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; -------------- next part --------------<br>
&gt;&gt; An HTML attachment was scrubbed...<br>
&gt;&gt; URL: &lt;<a href="http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-developers/attachments/20150715/fb1d4126/attachment.html" target="_blank">http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-developers/attachments/20150715/fb1d4126/attachment.html</a>&gt;<br>

&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ------------------------------<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; Gromacs Developers mailing list<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; * Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a>
before posting!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; * For (un)subscribe requests visit<br>
&gt;&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a>
or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; End of <a href="http://gromacs.org" target="_blank">gromacs.org</a>_gmx-developers Digest, Vol 135, Issue
17<br>
&gt;&gt;
***********************************************************<br>

&gt;<br>
<br>
--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a>
before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a>
or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></span></div>
</div>
</blockquote>
<div>
<div style="font-family:helvetica,arial;font-size:13px">
-- <br>
<span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Erik Lindahl &lt;</span><a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica" target="_blank">erik.lindahl@gmail.com</a><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">&gt; </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">
<span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Professor of Biophysics, Dept. Biochemistry &amp; Biophysics,
Stockholm </span><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">University </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">
<span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Professor of Theoretical biophysics, Dept. Theoretical Physics,
Royal Inst. </span><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Technology </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">
<span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Science for Life Laboratory, Box 1031, 17121 Solna,
Sweden</span></div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br></div>


</div></div></span></blockquote> <div><div style="font-family:helvetica,arial;font-size:13px">-- <br><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Erik Lindahl &lt;</span><a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica" target="_blank">erik.lindahl@gmail.com</a><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">&gt; </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica"><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Professor of Biophysics, Dept. Biochemistry &amp; Biophysics, Stockholm </span><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">University </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica"><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Professor of Theoretical biophysics, Dept. Theoretical Physics, Royal Inst. </span><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Technology </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica"><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Science for Life Laboratory, Box 1031, 17121 Solna, Sweden</span></div></div></div>--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</blockquote></div>