<div dir="ltr"><div>Thanks Wouter, good to know! That note seems to be quite old, though and seems to flag OSX &gt;=10.7.4, but given that the most recent development tools seem to be able to compile correctly, it could be that the/some bug was fixed recently.</div><div><br></div><div>I don&#39;t think there&#39;s anything concrete to conclude yet, except that we likely have to blacklist some Apple OpenCL runtime versions, but somebody will have to investigate further. I have neither hardware nor time for that, though.</div><div><br></div><div>For those interested in helping (would be much appreciated!) or tracking the progress on this topic, I filed an issue:</div><div><a href="http://redmine.gromacs.org/issues/1783">http://redmine.gromacs.org/issues/1783</a><br></div><div><br></div><div>Cheers,</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature">--<br>Szilárd</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 20, 2015 at 9:08 PM, Wouter Boomsma <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:wb@bio.ku.dk" target="_blank">wb@bio.ku.dk</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I don&#39;t know if this is in any way related, but the OpenMM community has</div><div>had problems with the OpenCL implementation on OSX for several years</div><div>now. From the main download page:</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><b style="color:rgb(77,77,77);font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:11px">NOTE: Bug in recent versions of Mac OSX produces errors with the OpenMM OpenCL platform</b><span style="color:rgb(77,77,77);font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:11px">. We are currently working with Apple to resolve the issue. In the meantime, if you use the OpenCL platform, we recommend that you do NOT upgrade your OS beyond 10.7.4. Those running the CUDA platform are unaffected. </span><i style="color:rgb(77,77,77);font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:11px">Last updated: Nov. 21, 2012</i></blockquote><div> </div><div>Cheers,<br></div><div>Wouter</div><div><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 20, 2015 at 8:07 PM, Szilárd Páll <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pall.szilard@gmail.com" target="_blank">pall.szilard@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div>At this point my guess is that the source of the issue is the particular version of the Apple OpenCL runtime or compiler you have. Unfortunately, our version info does not contain any OpenCL runtime/compiler version information, but you should be able to query that and compare it against someone else&#39;s version:<div>system_profiler | grep -A 10 OpenCL<br></div><div><br></div><div>Cheers,</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div>--<br>Szilárd</div></div><div><div>
<br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 20, 2015 at 7:50 PM, Carlo Camilloni <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">carlo.camilloni@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi again,<div><br></div><div>I don’t know if you had the opportunity to reproduce this bug, in the meantime I have compiled it with gcc 4.8, openMP and sse4.1,</div><div>again cpu results are consistently right while OpenCL results are consistently wrong, so it looks like it is NOT a problem of Clang 6</div><div>but it could be either a problem of the gpu driver or maybe OpenCL itself, I don’t know..</div><div><br></div><div>this is the new log</div><div><br></div><div><span><div style="margin:0px;font-family:Menlo">GROMACS version:    VERSION 5.1-rc1</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">Precision:          single</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">Memory model:       64 bit</div></span><div style="margin:0px;font-family:Menlo">MPI library:        thread_mpi</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">OpenMP support:     enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 32)</div><span><div style="margin:0px;font-family:Menlo">GPU support:        enabled</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">OpenCL support:     enabled</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">invsqrt routine:    gmx_software_invsqrt(x)</div></span><div style="margin:0px;font-family:Menlo">SIMD instructions:  SSE4.1</div><span><div style="margin:0px;font-family:Menlo">FFT library:        fftw-3.3.4-sse2-avx</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">RDTSCP usage:       enabled</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">C++11 compilation:  disabled</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">TNG support:        enabled</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">Tracing support:    disabled</div></span><div style="margin:0px;font-family:Menlo">Built on:           Mon 20 Jul 2015 18:21:43 BST</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">Built by:           carlo [CMAKE]</div><span><div style="margin:0px;font-family:Menlo">Build OS/arch:      Darwin 13.4.0 x86_64</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">Build CPU vendor:   GenuineIntel</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">Build CPU brand:    Intel(R) Xeon(R) CPU E5-1650 v2 @ 3.50GHz</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">Build CPU family:   6   Model: 62   Stepping: 4</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">Build CPU features: aes apic avx clfsh cmov cx8 cx16 f16c htt lahf_lm mmx msr nonstop_tsc pcid pclmuldq pdcm pdpe1gb popcnt pse rdrnd rdtscp sse2 sse3 sse4.1 sse4.2 ssse3 tdt x2apic</div></span><div style="margin:0px;font-family:Menlo">C compiler:         /opt/local/bin/gcc GNU 4.8.5</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">C compiler flags:    -msse4.1    -Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wno-sign-compare -Wpointer-arith -Wall -Wno-unused -Wunused-value -Wunused-parameter  -O3 -DNDEBUG -funroll-all-loops -fexcess-precision=fast  -Wno-array-bounds</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">C++ compiler:       /opt/local/bin/g++ GNU 4.8.5</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">C++ compiler flags:  -msse4.1    -Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wpointer-arith -Wall -Wno-unused-function  -O3 -DNDEBUG -funroll-all-loops -fexcess-precision=fast  -Wno-array-bounds</div><span><div style="margin:0px;font-family:Menlo">Boost version:      1.58.0 (external)</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">OpenCL include dir: /System/Library/Frameworks/OpenCL.framework</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">OpenCL library:     /System/Library/Frameworks/OPENCL.framework</div><div style="margin:0px;font-family:Menlo">OpenCL version:     1.2</div></span></div><div style="margin:0px;font-family:Menlo"><br></div><div style="margin:0px;font-family:Menlo"><br></div><div>Best,</div><div>Carlo</div><div><div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On 17 Jul 2015, at 13:54, Carlo Camilloni &lt;<a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">carlo.camilloni@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br><div><div style="word-wrap:break-word">Hi,<div><br></div><div>Unfortunately on the Mac Pro I am running os x 10.9.5 and the newer clang is not yet available so I cannot test it</div><div>with a different version. Erik if you have time to tell me what to change to get gromacs compiled with gcc I can give it a try</div><div><br></div><div>Carlo</div><div><br></div><div><br></div><div><div><blockquote type="cite"><div>On 16 Jul 2015, at 20:28, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com" target="_blank">mark.j.abraham@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Philip Fowler made a recent positive report on OpenCL+AMD+Mac and he was using /usr/bin/cc Clang 6.1.0.6020053, so there may be an issue with Clang 6.0 (whatever real clang version that is...)</div><div><br></div><div>Mark</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Jul 16, 2015 at 7:20 PM Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" target="_blank">erik.lindahl@gmail.com</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">Hi,</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">The one obvious difference I can see is that you have clang 6.0.0, while at least my Macbook pro says 6.1.0. </div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">Could you check if there is any update available for the developer tools, and if so does that help?</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">It is actually much better to use gcc since you will then also use all CPU cores. However, that requires patching a header file in /usr/include; I’ll dig up what I did there - we need to put it in the documentation anyway.</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">Cheers,</div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">Erik</div> <div></div></div><div style="word-wrap:break-word"><div><br>From: <span>Carlo Camilloni</span> <a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">&lt;carlo.camilloni@gmail.com&gt;</a><br></div></div><div style="word-wrap:break-word"><div>Reply: <span>Carlo Camilloni</span> <a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">&lt;carlo.camilloni@gmail.com&gt;&gt;</a><br>Date: <span>16 Jul 2015 at 19:07:13</span><br>To: <span>Erik Lindahl</span> <a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" target="_blank">&lt;erik.lindahl@gmail.com&gt;&gt;</a><br>Cc: <span><a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a></span> <a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">&lt;gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se&gt;&gt;</a>, <span><a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a></span> <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">&lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;&gt;</a></div></div><div style="word-wrap:break-word"><div><br>Subject: <span> Re: [gmx-developers] gromacs 5.1rc1 OpenCL problem with Parrinello-Rahman <br></span></div></div><div style="word-wrap:break-word"><br> <blockquote type="cite"><span><div></div>







Hi Erik,
<div><br></div>
<div>here it is:</div>
<div><br></div>
<div><br></div>

<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">GROMACS version:    VERSION 5.1-rc1</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Precision:          single</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Memory model:       64 bit</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">MPI library:        none</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">OpenMP support:     disabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">GPU support:        enabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">OpenCL support:     enabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">invsqrt routine:   
gmx_software_invsqrt(x)</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">SIMD instructions:  AVX_256</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">FFT library:       
fftw-3.3.4-sse2-avx</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">RDTSCP usage:       enabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">C++11 compilation:  disabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">TNG support:        enabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Tracing support:    disabled</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Built on:           Thu 16 Jul
2015 09:34:14 BST</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Built by:           carlo@
[CMAKE]</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Build OS/arch:      Darwin 13.4.0
x86_64</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Build CPU vendor:   GenuineIntel</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Build CPU brand:    Intel(R) Xeon(R) CPU E5-1650
v2 @ 3.50GHz</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Build CPU family:   6   Model: 62  
Stepping: 4</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Build CPU features: aes apic avx clfsh cmov cx8 cx16 f16c
htt lahf_lm mmx msr nonstop_tsc pcid pclmuldq pdcm pdpe1gb popcnt
pse rdrnd rdtscp sse2 sse3 sse4.1 sse4.2 ssse3 tdt x2apic</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">C compiler:        
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/cc
Clang 6.0.0.6000057</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">C compiler flags:    -mavx    -Wall
-Wno-unused -Wunused-value -Wunused-parameter
-Wno-unknown-pragmas  -O3 -DNDEBUG</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">C++ compiler:      
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/c++
Clang 6.0.0.6000057</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">C++ compiler flags:  -mavx    -Wextra
-Wno-missing-field-initializers -Wpointer-arith -Wall
-Wno-unused-function -Wno-unknown-pragmas  -O3 -DNDEBUG</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Boost version:      1.58.0 (external)</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">OpenCL include dir:
/System/Library/Frameworks/OpenCL.framework</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">OpenCL library:    
/System/Library/Frameworks/OPENCL.framework</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">OpenCL version:     1.2</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo;min-height:14px"><br></div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo;min-height:14px"><br></div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Running on 1 node with total 12 logical cores, 2
compatible GPUs</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Hardware detected:</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">  CPU info:</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    Vendor: GenuineIntel</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    Brand:  Intel(R) Xeon(R) CPU E5-1650 v2
@ 3.50GHz</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    Family:  6  model: 62 
stepping:  4</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    CPU features: aes apic avx clfsh cmov cx8
cx16 f16c htt lahf_lm mmx msr nonstop_tsc pcid pclmuldq pdcm
pdpe1gb popcnt pse rdrnd rdtscp sse2 sse3 sse4.1 sse4.2 ssse3 tdt
x2apic</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    SIMD instructions most likely to fit this
hardware: AVX_256</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    SIMD instructions selected at GROMACS
compile time: AVX_256</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">  GPU info:</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    Number of GPUs detected: 2</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    #0: name: AMD Radeon HD - FirePro D500
Compute Engine, vendor: AMD, device version: OpenCL 1.2 , stat:
compatible</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">    #1: name: AMD Radeon HD - FirePro D500
Compute Engine, vendor: AMD, device version: OpenCL 1.2 , stat:
compatible</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo"><br></div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo">Carlo</div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo"><br></div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo"><br></div>
<div style="margin:0px;font-size:12px;font-family:Menlo"><br></div>


<div>On 16 Jul 2015, at 18:59, Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" target="_blank">erik.lindahl@gmail.com</a>&gt; wrote:</div>
<br>


<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">Hi Carlo,</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px"><br></div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">IIRC, I managed to get it working on a Mac Pro with AMD
Firepro D300 GPUs. Please post the contents of the top of your
logfile (where it says everything about the compilers &amp;
config), and mention what hardware you tried it on - then we’ll see
if we can reproduce it.</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px"><br></div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">Cheers,</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px"><br></div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;margin:0px">Erik</div>
<br>
From: Carlo Camilloni <a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">&lt;carlo.camilloni@gmail.com&gt;</a><br>
Reply: <span><a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a></span> <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">&lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;&gt;</a><br>
Date: 16 Jul 2015 at
18:52:21<br>
To: <span><a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a></span>
<a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">&lt;gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se&gt;&gt;</a><br>

Subject:  Re: [gmx-developers] gromacs
5.1rc1 OpenCL problem with Parrinello-Rahman<br>
<br>


<div></div>
Hi,<br>
<br>
I tested the OpenCL kernel on my macbook (nvidia gpu) and here it
produces the correct forces,<br>
so it could be a problem related to amd+osx, or maybe to some
specific compiler/os version<br>
<br>
Carlo<br>
<br>
<br>
&gt; On 15 Jul 2015, at 17:42, Carlo Camilloni &lt;<a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">carlo.camilloni@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; these are the tests that fail:<br>
&gt;<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (12 errors), checkforce.out (3516
errors) file(s) in dd121 for dd121<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4027
errors) file(s) in nbnxn-energy-groups for
nbnxn-energy-groups<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (26 errors), checkforce.out (2998
errors) file(s) in nbnxn-free-energy for
nbnxn-free-energy<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (26 errors), checkforce.out (2998
errors) file(s) in nbnxn-free-energy-vv for
nbnxn-free-energy-vv<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (11 errors), checkforce.out (4039
errors) file(s) in nbnxn-ljpme-geometric for
nbnxn-ljpme-geometric<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (14 errors), checkforce.out (52
errors) file(s) in nbnxn-ljpme-LB for nbnxn-ljpme-LB<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (14 errors), checkforce.out (52
errors) file(s) in nbnxn-ljpme-LB-geometric for
nbnxn-ljpme-LB-geometric<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4029
errors) file(s) in nbnxn-vdw-force-switch for
nbnxn-vdw-force-switch<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4032
errors) file(s) in nbnxn-vdw-potential-switch for
nbnxn-vdw-potential-switch<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (4 errors), checkforce.out (250
errors) file(s) in nbnxn-vdw-potential-switch-argon for
nbnxn-vdw-potential-switch-argon<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4027
errors) file(s) in nbnxn_pme for nbnxn_pme<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4027
errors) file(s) in nbnxn_pme_order5 for nbnxn_pme_order5<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4027
errors) file(s) in nbnxn_pme_order6 for nbnxn_pme_order6<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (9 errors), checkforce.out (4028
errors) file(s) in nbnxn_rf for nbnxn_rf<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (2 errors), checkforce.out (4
errors) file(s) in nbnxn_rzero for nbnxn_rzero<br>
&gt; FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in nbnxn_vsite for
nbnxn_vsite<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (13 errors), checkforce.out (15512
errors) file(s) in octahedron for octahedron<br>
&gt; FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in position-restraints
for position-restraints<br>
&gt; FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in pull_constraint for
pull_constraint<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (10 errors), checkforce.out (4021
errors) file(s) in pull_cylinder for pull_cylinder<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (11 errors), checkforce.out (39054
errors) file(s) in swap_x for swap_x<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (11 errors), checkforce.out (39053
errors) file(s) in swap_y for swap_y<br>
&gt; FAILED. Check checkpot.out (12 errors), checkforce.out (39054
errors) file(s) in swap_z for swap_z<br>
&gt; 23 out of 60 complex tests FAILED<br>
&gt; FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in expanded for
expanded<br>
&gt; FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in transformAtoB for
transformAtoB<br>
&gt; 2 out of 10 freeenergy tests FAILED<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Carlo<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Message: 4<br>
&gt;&gt; Date: Wed, 15 Jul 2015 15:35:13 +0000<br>
&gt;&gt; From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com" target="_blank">mark.j.abraham@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; To: <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a>,<br>
&gt;&gt; <a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a><br>
&gt;&gt; Subject: Re: [gmx-developers] gromacs 5.1rc1 OpenCL
problem with<br>
&gt;&gt; Parrinello-Rahman<br>
&gt;&gt; Message-ID:<br>
&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:CAMNuMATveVRRyBBwn312xrY+w3M7deC2Hs3A7PZnaeugkw+VVA@mail.gmail.com" target="_blank">CAMNuMATveVRRyBBwn312xrY+w3M7deC2Hs3A7PZnaeugkw+VVA@mail.gmail.com</a>&gt;<br>

&gt;&gt; Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thanks. If a difference of that magnitude can be seen,
then it should also<br>
&gt;&gt; show up when running the regressiontests (e.g.
cmake<br>
&gt;&gt; -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=on and then make check) as a
failure<br>
&gt;&gt; of complex/nbnxn-ljpme-LB (which is the only P-R test that
can run on the<br>
&gt;&gt; GPU). If other tests fail, then the problem is actually
more widespread.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; It may be that there is some issue with some part of the
Mac+clang+OpenCL<br>
&gt;&gt; stack - we didn&#39;t target it during development, and at the
last minute when<br>
&gt;&gt; Erik was unexpectedly able to get it to compile. I don&#39;t
know if he got<br>
&gt;&gt; tests to pass. Erik?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Mark<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Wed, Jul 15, 2015 at 5:22 PM Carlo Camilloni
&lt;<a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">carlo.camilloni@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Dear Mark and Szilard,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; thanks for your answer. I filed a bug in redmine but
in the meantime I was<br>
&gt;&gt;&gt; running more tests and I am a bit scared by what I
found:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; what I have done is the following I have performed a
single step run with<br>
&gt;&gt;&gt; gmx51-rc1 compiled with cuda, again clang and so
on<br>
&gt;&gt;&gt; and compared the forces on the first step with -nb cpu
or not (I am using<br>
&gt;&gt;&gt; -pforce 1), the forces are identical:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; ie.:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; cuda-gpu<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 1 x 3.940 5.612 2.226 force
1.90839e+03<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 2 x 3.852 5.659 2.211 force
4.24845e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 3 x 3.979 5.665 2.303 force
6.89472e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 4 x 3.992 5.610 2.139 force
7.42053e+02<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; cpu:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 1 x 3.940 5.612 2.226 force
1.90839e+03<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 2 x 3.852 5.659 2.211 force
4.24845e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 3 x 3.979 5.665 2.303 force
6.89472e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 4 x 3.992 5.610 2.139 force
7.42053e+02<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; if I do the same test on the version compiled with
OpenCL<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; cpu:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; (the former are done on my macbook pro avx2_256 this
latter on a MacPro<br>
&gt;&gt;&gt; avx_256, this should<br>
&gt;&gt;&gt; explain the small differences in the forces)<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 1 x 3.940 5.612 2.226 force
1.90838e+03<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 2 x 3.852 5.659 2.211 force
4.24848e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 3 x 3.979 5.665 2.303 force
6.89470e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 4 x 3.992 5.610 2.139 force
7.42043e+02<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; opencl-gpu:<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 1 x 3.940 5.612 2.226 force
1.48597e+03<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 2 x 3.852 5.659 2.211 force
6.26942e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 3 x 3.979 5.665 2.303 force
8.44032e+02<br>
&gt;&gt;&gt; step 0 atom 4 x 3.992 5.610 2.139 force
7.92786e+02<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I am afraid there is something wrong in OpenCL
kernels.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I am using the topol-nvt-nogen.tpr I have uploaded on
redmine.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Best,<br>
&gt;&gt;&gt; Carlo<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt;&gt; Gromacs Developers mailing list<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; * Please search the archive at<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a>
before<br>
&gt;&gt;&gt; posting!<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; * For (un)subscribe requests visit<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a><br>

&gt;&gt;&gt; or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; -------------- next part --------------<br>
&gt;&gt; An HTML attachment was scrubbed...<br>
&gt;&gt; URL: &lt;<a href="http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-developers/attachments/20150715/fb1d4126/attachment.html" target="_blank">http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-developers/attachments/20150715/fb1d4126/attachment.html</a>&gt;<br>

&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ------------------------------<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; Gromacs Developers mailing list<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; * Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a>
before posting!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; * For (un)subscribe requests visit<br>
&gt;&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a>
or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; End of <a href="http://gromacs.org/" target="_blank">gromacs.org</a>_gmx-developers Digest, Vol 135, Issue
17<br>
&gt;&gt;
***********************************************************<br>

&gt;<br>
<br>
--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a>
before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a>
or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>


<div>
<div style="font-family:helvetica,arial;font-size:13px">
-- <br>
<span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Erik Lindahl &lt;</span><a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica" target="_blank">erik.lindahl@gmail.com</a><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">&gt; </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">
<span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Professor of Biophysics, Dept. Biochemistry &amp; Biophysics,
Stockholm </span><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">University </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">
<span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Professor of Theoretical biophysics, Dept. Theoretical Physics,
Royal Inst. </span><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Technology </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">
<span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Science for Life Laboratory, Box 1031, 17121 Solna,
Sweden</span></div>
</div>




<br>


</span></blockquote> <div><div style="font-family:helvetica,arial;font-size:13px">-- <br><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Erik Lindahl &lt;</span><a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica" target="_blank">erik.lindahl@gmail.com</a><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">&gt; </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica"><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Professor of Biophysics, Dept. Biochemistry &amp; Biophysics, Stockholm </span><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">University </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica"><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Professor of Theoretical biophysics, Dept. Theoretical Physics, Royal Inst. </span><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Technology </span><br style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica"><span style="font-family:&#39;helvetica Neue&#39;,helvetica">Science for Life Laboratory, Box 1031, 17121 Solna, Sweden</span></div></div></div>--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</blockquote></div>
</div></blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div><br>--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br></div></div></div>
<br>--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>
</div></div></div></div>
<br>--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br></div>