<div dir="ltr">Hi,<br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, Aug 5, 2015 at 4:22 PM Shirts, Michael R. (mrs5pt) &lt;<a href="mailto:mrs5pt@eservices.virginia.edu">mrs5pt@eservices.virginia.edu</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif"><div>
<div>&gt; I&#39;ll re-run some ensemble-checking tests on a range of hardware. This is important to do with all the bells and whistles on/default, because we have to disable some of those for the regression testing to work reliably.</div>
<div><br>
</div>
</div></div><div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif"><div><div>I&#39;m interested in how I can help make this more automated and easier for other people to use.  If there are specific tasks that  can be done towards making this part of a general gromacs suite, please let me know.  This is high priority, since I will almost
 certainly need this for revising the integrator suite.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Ja, agreed. (I have some off-gerrit do_md cleanup done that&#39;s waiting for me to run these tests for 5.1)</div><div><br></div><div>While testing the OpenCL support, I&#39;ve had recent experience with some of the statistical analyses not being robust in the face of (what looked like) histogram bins with zero samples. Those were probably from runs that were still too short. I&#39;ll probably be able to reproduce that tomorrow if you want sample inputs.</div><div><br></div><div>Is it still on the SimTK SVN? Is github or something an option for easier pull requests?</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif"><div><div>
<div>&gt;  I will also try re-run a battery of free-energy tests we ran while fixing issues just before 5.0. Nothing should have changed, but we may as well find out.</div>
</div>
<div><br>
</div>
</div></div><div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif"><div><div>I&#39;d also be interested in what these are as well and how I can help automate/improve.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Don&#39;t quite recall, but I hacked some stuff I got originally from you and haven&#39;t used it since. We have a small chunk of new hardware arriving to support Jenkins, and something like weekly runs of test cases that take appreciable time to run is very much in my mind for stuff like all the above. Manual testing is cruelty to scientists, of course ;-)</div><div><br></div><div>Mark</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif"><div>
<div>Best,</div>
<div>~~~~~~~~~~~~<br>
Michael Shirts<br>
Associate Professor<br>
Department of Chemical Engineering<br>
University of Virginia<br>
<a href="http://michael.shirts@virginia.edu" target="_blank">michael.shirts@virginia.edu</a><br>
(434) 243-1821</div>
</div>
<div><br>
</div>
<span>
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>Mark</div>
</div>
</div>
</div>
</span>
</div>

--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</blockquote></div></div>