<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature">--<br>Szilárd</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 5, 2015 at 9:15 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com" target="_blank">mark.j.abraham@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I know we&#39;re all keen to get 5.1 shipped and move on to new work, so I thought I&#39;d list the things I know would be good to get done so we can feel happy about shipping the real release, e.g. early next week. Then you can get some brain-share from me for new and exciting things ;-)</div><div><br></div><div>Performance regression testing - I&#39;ve done some manual testing here, things look fine (several issues flagged by Szilard over the lifetime of 5.1 have all been resolved, one way or another) but there are a few things left I want to check.</div></div></blockquote><div><br></div>AFAICT there are still a few relatively small issues in redmine, most of them by me. I&#39;d say at least 1782 and 1784 would be best fixed before release. I&#39;ve a draft for the latter in gerrit, but needs a bit more attention. Will squeeze out some time today to get it ready. May need help with testing (and this may very well fix the DD+OpenCL issue).<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div>I&#39;ll re-run some ensemble-checking tests on a range of hardware. This is important to do with all the bells and whistles on/default, because we have to disable some of those for the regression testing to work reliably.</div><div><br></div><div>I will also try re-run a battery of free-energy tests we ran while fixing issues just before 5.0. Nothing should have changed, but we may as well find out.</div><div><br></div><div>I&#39;ve checked the build on BlueGene/Q (found a few issues now on gerrit or redmine, some solved already), and will check it on a few GPU clusters. Erik can you check in on K, please?</div><div><br></div><div>We need to add some mdrun-time check that does not try to run (AMD?) OpenCL kernels with MacOS 10.3 (but only the necessary combo should be prohibited, and preferably not all of mdrun). A cmake-time warning for that combo would also be nice.</div><div><br></div><div>We changed some default behaviour for how mdrun picks things like numbers of cores per rank, etc. Carsten, can you please try a low-key gmx tune_pme run to see we haven&#39;t broken things there?</div><div><br></div><div>There&#39;s a few TODOs in docs/user-guide/mdrun-performance.rst that I&#39;d like to deal with (and a couple of pages to add), so that version-specific information isn&#39;t living on a wiki page with switch(version). Szilard, are there things that you&#39;d like to add for running with GPUs?</div></div></blockquote><div><br></div><div>I&#39;ll try to find some time to read through it. One thing we definitely need to emphasize is the new PP rank to GPU mapping automation.</div><br>--<br>Szilárd<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tool_Changes_for_5.0" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tool_Changes_for_5.0</a> is starting to leak a bit, because we have changes for 5.0 and probably some changes for 5.1 that would need similar documentation, and some of those areas overlap (IIRC gmx distance and gmx pairlist?). So I&#39;ll have a think about what we can do better here. Thoughts, anyone?<br></div><div><br></div><div>Anything I&#39;ve forgotten?</div><div><br></div><div>Otherwise, please keep an eye on <a href="https://gerrit.gromacs.org/#/q/status:open+project:gromacs+branch:release-5-0" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#/q/status:open+project:gromacs+branch:release-5-0</a> and <a href="https://gerrit.gromacs.org/#/q/status:open+project:gromacs+branch:release-5-1" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#/q/status:open+project:gromacs+branch:release-5-1</a> and review as you feel able!</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Mark</div></div>
<br>--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br></div></div>