<div>Hello:</div><div><br></div><div>I am trying to estimate the polar
solvation energy of a 76 residue</div><div>protein at standard conditions.
&nbsp;I am using the gromacs 4.5.3 dp release. &nbsp;</div><div>I have set up a
simulation with the solvated&nbsp;&nbsp;(using spce water) protein.</div><div>I
have defined two energygrps: Protein SOL in the *.mdp file. &nbsp;</div><div>I
have run the simulation and have then run g_energy on the *.edr file.
&nbsp;</div><div>I get the following choices from
g_energy:</div><div><br></div><div>&nbsp; 1 &nbsp;Bond &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp;Angle &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3
&nbsp;Proper-Dih. &nbsp; &nbsp; &nbsp;4
&nbsp;Improper-Dih.&nbsp;</div><div>&nbsp; 5 &nbsp;LJ-14 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp;Coulomb-14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 7 &nbsp;LJ-(SR)
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp;Disper.-corr.&nbsp;</div><div>&nbsp;
9 &nbsp;Coulomb-(SR) &nbsp; &nbsp;10 &nbsp;Coul.-recip. &nbsp; &nbsp;11
&nbsp;Potential &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp;Kinetic-En.
&nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;13 &nbsp;Total-Energy &nbsp; &nbsp;14
&nbsp;Temperature &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp;Pres.-DC &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;16
&nbsp;Pressure &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>&nbsp;17 &nbsp;Vir-XX &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;18 &nbsp;Vir-XY &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;19
&nbsp;Vir-XZ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;20 &nbsp;Vir-YX &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp;</div><div>&nbsp;21 &nbsp;Vir-YY &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;22 &nbsp;Vir-YZ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;23 &nbsp;Vir-ZX &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;24 &nbsp;Vir-ZY &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;</div><div>&nbsp;25 &nbsp;Vir-ZZ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;26
&nbsp;Pres-XX &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 27 &nbsp;Pres-XY &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; 28 &nbsp;Pres-XZ &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;29
&nbsp;Pres-YX &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 30 &nbsp;Pres-YY &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; 31 &nbsp;Pres-YZ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 32 &nbsp;Pres-ZX &nbsp;
&nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;33 &nbsp;Pres-ZY &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; 34 &nbsp;Pres-ZZ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 35 &nbsp;#Surf*SurfTen
&nbsp; 36 &nbsp;Mu-X &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>&nbsp;37
&nbsp;Mu-Y &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;38 &nbsp;Mu-Z &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp;</div><div>&nbsp;39 &nbsp;Coul-SR:Protein-Protein &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 40 &nbsp;LJ-SR:Protein-Protein &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;41 &nbsp;Coul-14:Protein-Protein
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 42 &nbsp;LJ-14:Protein-Protein &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;43
&nbsp;Coul-SR:Protein-SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; 44 &nbsp;LJ-SR:Protein-SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;45 &nbsp;Coul-14:Protein-SOL &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 46 &nbsp;LJ-14:Protein-SOL &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;47
&nbsp;Coul-SR:SOL-SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; 48 &nbsp;LJ-SR:SOL-SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;49 &nbsp;Coul-14:SOL-SOL
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 50
&nbsp;LJ-14:SOL-SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>&nbsp;51 &nbsp;T-System &nbsp; &nbsp;
&nbsp;</div><div><br></div><div>I pick Coul-SR:Protein-SOL as a component of
the polar solvation energy.</div><div>I note that the energy magnitude seems
extremely high:</div><div><br></div><div>Energy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Average &nbsp; Err.Est. &nbsp;
&nbsp; &nbsp; RMSD
&nbsp;Tot-Drift</div><div>-------------------------------------------------------------------------------</div><div>Coul-SR:Protein-SOL &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-8343.86 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 46 &nbsp; &nbsp;193.457 &nbsp; &nbsp;-192.93 &nbsp;(kJ/mol)</div><div><br></div><div>This seems unreasonable to me. &nbsp;I wanted to understand how mdrun&nbsp;</div><div>was calculating this value. &nbsp;Perhaps it is accumulating energies over</div><div>many frames. &nbsp;What part of the code (force.c ...) handles this</div><div>calculation so I can verify its action.</div><div><br></div><div>Also, I tried running g_enemat on this with the following groups.dat file.</div><div><br></div><div>2</div><div>Protein</div><div>SOL</div><div><br></div><div>I use the command:</div><div><br></div><div>g_enemat &nbsp;-f ub_short.edr -e 100</div><div><br></div><div>and get:</div><div><br></div><div>Opened ub_short.edr as double precision energy file</div><div>Will read groupnames from in!
 putfile</div><div>Read 2 groups</div><div>group 0WARNING! could not find group (null):Protein-Protein (0,0)in energy file</div><div>WARNING! could not find group (null):Protein-SOL (0,1)in energy file</div><div>group 1WARNING! could not find group (null):SOL-SOL (1,1)in energy file</div><div><br></div><div>Will select half-matrix of energies with 6 elements</div><div>Read frame: 1000, Time: 100.000e &nbsp;100.000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</div><div>Will build energy half-matrix of 2 groups, 6 elements, over 1001 frames</div><div>Segmentation fault</div><div><br></div><div><br></div><div>Cheers</div><div>Anthony Manson Ph.D.</div>