<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
Hello,</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
What I'm trying to do;<br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
I'm attempting to add functionality to expanded ensemble.<br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
What I've done so far;<br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
I've added functionality to accept my mdp options and found pre-written functions to take advantage of.</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
Where I'm stuck;<br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
I need the derivative of the Hamiltonian with respect to lambda at every md step. I'm having a hard time narrowing down this variable. I know it's calculated and I see in mdebin.c&nbsp;there is a line that says &quot;/* store_dh is dE */&quot;. Is the derivative&nbsp;&quot;store_dhdl[]=enerd-&gt;term[F_DVDL]&quot;?
 &nbsp;Or, is this already being called&nbsp;somewhere in expanded.c that I can take advantage of, maybe dfhist?&nbsp;</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
Is the dhdl automatically calculated? Where is it stored? If dhdl isn’t being calculated automatically, is there an mdp option or mdrun flag that I need?</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
I appreciate any advice that can be offered.</div>
</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
<br class="">
</div>
<div class="" style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; font-family: 'Times New Roman', Times, serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">
-ChrisM</div>
<br class="">
<div class="">Mirabzadeh, Christopher&nbsp;<br class="">
Graduate&nbsp;Research Assistant/Physics&nbsp;Instructor<br class="">
Department of Physics<br class="">
University of Idaho<br class="">
Moscow, Id<br class="">
(509)339-5647<br class="">
<br class="">
<br class="">
</div>
<br class="">
</body>
</html>