<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Yes, but first we think we need at least one non-GROMACS viewer to support it (Magnus Lundborg has been working on it with VMD, see his post earlier in this thread), so that us defaulting to TNG output is reasonable. We probably need to re-implement some of the eigensystem-based tools that abuse .trr before we can retire it, too. I&#39;m certainly keen to move a lot of the extraneous mdrun output (pulling, replica exchange, fancy FE methods) into the TNG file, and hopefully energies too.</div><div><br></div><div>Mark</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, Oct 16, 2015 at 10:31 AM David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">On 14/10/15 15:33, Mark Abraham wrote:<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; There is<br>
&gt;<br>
&gt; git clone git://<a href="http://git.gromacs.org/libxdrfile.git" rel="noreferrer" target="_blank">git.gromacs.org/libxdrfile.git</a><br>
&gt; &lt;<a href="http://git.gromacs.org/libxdrfile.git" rel="noreferrer" target="_blank">http://git.gromacs.org/libxdrfile.git</a>&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; but whoever&#39;s been making updates (David?) hasn&#39;t pushed whatever<br>
&gt; content has gone into 1.1.[234]<br>
Isn&#39;t all of this becoming obsolete due to the tng library?<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; Mark<br>
&gt;<br>
&gt; On Wed, Oct 14, 2015 at 2:51 PM Dominik &#39;Rathann&#39; Mierzejewski<br>
&gt; &lt;<a href="mailto:dominik@greysector.net" target="_blank">dominik@greysector.net</a> &lt;mailto:<a href="mailto:dominik@greysector.net" target="_blank">dominik@greysector.net</a>&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;     On Tuesday, 12 May 2015 at 10:19, David van der Spoel wrote:<br>
&gt;      &gt; On 2015-05-12 08:27, Roland Schulz wrote:<br>
&gt;      &gt; &gt;Should we add xdrfile to gerrit so that we can easily accepts<br>
&gt;     patches<br>
&gt;      &gt; &gt;our standard way?<br>
&gt;      &gt; Would be great if it is not too much work...<br>
&gt;<br>
&gt;     Sorry to revive an old thread, but it looks like there was no<br>
&gt;     conclusion. Where is the source code for xdrfile located? I can find no<br>
&gt;     other location than<br>
&gt;     <a href="http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Programming_Guide/XTC_Library" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Programming_Guide/XTC_Library</a><br>
&gt;     which links to <a href="ftp://ftp.gromacs.org/pub/contrib/xdrfile-1.1.4.tar.gz" rel="noreferrer" target="_blank">ftp://ftp.gromacs.org/pub/contrib/xdrfile-1.1.4.tar.gz</a><br>
&gt;<br>
&gt;     In the meantime, there is ongoing work to rewrite xdrfile by MDAnalysis:<br>
&gt;     <a href="https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis/issues/419" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis/issues/419</a><br>
&gt;<br>
&gt;     I mentioned this thread there. Could you guys join efforts to avoid<br>
&gt;     duplication of work?<br>
&gt;<br>
&gt;     Regards,<br>
&gt;     Dominik (still working on packaging MDAnalysis for Fedora)<br>
&gt;     --<br>
&gt;     Fedora <a href="http://fedoraproject.org/wiki/User:Rathann" rel="noreferrer" target="_blank">http://fedoraproject.org/wiki/User:Rathann</a><br>
&gt;     RPMFusion <a href="http://rpmfusion.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://rpmfusion.org</a><br>
&gt;     &quot;Faith manages.&quot;<br>
&gt;              -- Delenn to Lennier in Babylon 5:&quot;Confessions and<br>
&gt;     Lamentations&quot;<br>
&gt;     --<br>
&gt;     Gromacs Developers mailing list<br>
&gt;<br>
&gt;     * Please search the archive at<br>
&gt;     <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a><br>
&gt;     before posting!<br>
&gt;<br>
&gt;     * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
&gt;     * For (un)subscribe requests visit<br>
&gt;     <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a><br>
&gt;     or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a><br>
&gt;     &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
--<br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se" rel="noreferrer" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</blockquote></div>