<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>
<body bgcolor="#FFFFFF" fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi,
<div><br>
</div>
<div>I generated the tables using the csg_call routine from the VOTCA-CSG program and I input 1.0 for sigma and epsilon values in topol.top file (1 also for the combination rule). I also generated the LJ particle interaction table for interaction between the
 particles in the simulation box, which gives exactly same potential energy for both table potential and 12-6 potential. But the wall-particle interaction produces different values.</div>
<div><br>
</div>
<div>Sincerely,</div>
<div><br>
</div>
<div>Sudharsan</div>
<div><br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF602103" style="direction: ltr;"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se [gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se] on behalf of Sudharsan Pandiyan [sudharsan.pandiyan@chem.kuleuven.be]<br>
<b>Sent:</b> 05 February 2016 11:08<br>
<b>To:</b> gmx-developers@gromacs.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-developers] Wall interaction with tabulated potential<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:#000000; font-size:10pt">Hi Berk,
<div><br>
</div>
<div>Thank you very much for quick reply. But, I input 1.0 for sigma and epsilon values. Still the problem persists.</div>
<div><br>
</div>
<div>Sincerely,</div>
<div><br>
</div>
<div>Sudharsan<br>
<div style="font-family:Times New Roman; color:#000000; font-size:16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF202822" style="direction:ltr"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se [gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se] on behalf of Berk Hess [hess@kth.se]<br>
<b>Sent:</b> 05 February 2016 10:42<br>
<b>To:</b> gmx-developers@gromacs.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-developers] Wall interaction with tabulated potential<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div class="moz-cite-prefix">Hi,<br>
<br>
You should not put sigma and epsilon in the table. The dispersion and repulsion table get multiplied by C6 and C12, respectively.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Berk<br>
<br>
On 2016-02-05 09:57, Sudharsan Pandiyan wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite"><style type="text/css" id="owaParaStyle">
<!--
-->
</style>
<div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:#000000; font-size:10pt">
<div style="font-family:Times New Roman; color:#000000; font-size:16px">
<div id="divRpF621584" style="direction:ltr"><span style="font-family:monospace">Dear Gmx developers,</span></div>
<div>
<div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; color:#000000; font-size:10pt"><br style="font-family:monospace; font-size:16px">
<span style="font-family:monospace; font-size:16px">I am trying to simulate a wall option using tabulated potentials option. But it gives different LJ potential values when I compare 12-6 potential with the tabulated potential (where the table was generated
 using same sigma and epsilon values that were used for 12-6 potential).&nbsp;</span>
<div><span style="font-family:monospace; font-size:16px"><br>
</span></div>
<div><span style="font-family:monospace; font-size:16px">I intend to modify my table potential later so I wanted to make sure that it produces correct result. But my test shows that there is a difference between 12-6 and tabulated potentials for wall interaction.
 Could you please explain what is the difference and how can I get the correct potential energy for tabulated potentials?</span><br style="font-family:monospace; font-size:16px">
<br style="font-family:monospace; font-size:16px">
<span style="font-family:monospace; font-size:16px">PS: In the manual, its written that both 9-3 and 10-4 are integrated over the surface area and 12-6 potential was applied directly with the z-distance. But how the tabulated potential is represented? (section
 7.3.20)</span><br style="font-family:monospace; font-size:16px">
<br>
<br>
Thank you very much for your time and support.</div>
<div><br>
<span style="font-family:monospace; font-size:16px">Sincerely,</span><br style="font-family:monospace; font-size:16px">
<br style="font-family:monospace; font-size:16px">
<span style="font-family:monospace; font-size:16px">Sudharsan</span><br style="font-family:monospace; font-size:16px">
<br style="font-family:monospace; font-size:16px">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader" target="_blank"></fieldset> <br>
</blockquote>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>