<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<div id="divRpF429197" style="direction: ltr;">Hi,</div>
<div><br>
I tried the tabulated potential with epsilon value 1/4. But still no success.<br>
<br>
V(r) = 4*epsilon*((sigma/r)^12-(sigma/r)^6)<br>
<br>
sigma = 0.3<br>
epsilon = 0.4<br>
<br>
This is the formula I used to convert my 12-6 potential to a table. I tried both epsilon and epsilon/4 for creating the potential. Later I used this table in csg_call to convert it to a GROMACS table format with 7 columns in which 6th is potential and 7th is
 force.<br>
<br>
<br>
<a href="https://www.dropbox.com/s/3vqgvz5ui7mu18r/LJ_WALL.tar.gz?dl=0" target="_blank">In this link,</a> I have enclosed a tar ball, which contains 5 folders with 1000 particles under NVT conditions,<br>
<br>
1. BULK system with 12-6 potential : vdwenergy = -156.722<br>
<br>
2. BULK system with tabulated potential : vdwenergy = -157.188<br>
<br>
3. Wall system with 12-6 potential : vdwenergy = -170.088 A-A = -162.01 A-wall0 = -4.14596 A-wall1 = -3.93128<br>
<br>
4. Wall system with Table potential : vdwenergy = -150.295 A-A=-161.682 A-wall0 = 5.69261 A-wall1 = 5.69351<br>
<br>
5. Wall system with Table and 1/4 epsilon table potential : vdwenergy = -148.329 A-A=-160.637 A-wall0 = 6.15718 A-wall1 = 6.14995<br>
<br>
My problem is with the difference between the A-wall* potentials when comparing 12-6 and tabulated potentials.<br>
<br>
<br>
Sorry for the long email but I desperately need this to continue my work.<br>
<br>
<br>
Sincerely,<br>
<br>
Sudharsan<br>
<br>
<br>
________________________________________<br>
From: gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se [gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se] on behalf of Berk Hess [hess@kth.se]<br>
Sent: 05 February 2016 11:22<br>
To: Discussion list for GROMACS development<br>
Subject: Re: [gmx-developers] Wall interaction with tabulated potential<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
But epsilon should be 1/4 to match 1/r^12, 1/r^6.<br>
<br>
Berk<br>
<br>
On Feb 5, 2016 11:17 AM, Sudharsan Pandiyan &lt;sudharsan.pandiyan@chem.kuleuven.be&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; I generated the tables using the csg_call routine from the VOTCA-CSG program and I input 1.0 for sigma and epsilon values in topol.top file (1 also for the combination rule). I also generated the LJ particle interaction table for interaction between the particles
 in the simulation box, which gives exactly same potential energy for both table potential and 12-6 potential. But the wall-particle interaction produces different values.<br>
&gt;<br>
&gt; Sincerely,<br>
&gt;<br>
&gt; Sudharsan<br>
&gt;<br>
&gt; ________________________________<br>
&gt; From: gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se [gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se] on behalf of Sudharsan Pandiyan [sudharsan.pandiyan@chem.kuleuven.be]<br>
&gt; Sent: 05 February 2016 11:08<br>
&gt; To: gmx-developers@gromacs.org<br>
&gt; Subject: Re: [gmx-developers] Wall interaction with tabulated potential<br>
&gt;<br>
&gt; Hi Berk,<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you very much for quick reply. But, I input 1.0 for sigma and epsilon values. Still the problem persists.<br>
&gt;<br>
&gt; Sincerely,<br>
&gt;<br>
&gt; Sudharsan<br>
&gt; ________________________________<br>
&gt; From: gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se [gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se] on behalf of Berk Hess [hess@kth.se]<br>
&gt; Sent: 05 February 2016 10:42<br>
&gt; To: gmx-developers@gromacs.org<br>
&gt; Subject: Re: [gmx-developers] Wall interaction with tabulated potential<br>
&gt;<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; You should not put sigma and epsilon in the table. The dispersion and repulsion table get multiplied by C6 and C12, respectively.<br>
&gt;<br>
&gt; Cheers,<br>
&gt;<br>
&gt; Berk<br>
&gt;<br>
&gt; On 2016-02-05 09:57, Sudharsan Pandiyan wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Dear Gmx developers,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I am trying to simulate a wall option using tabulated potentials option. But it gives different LJ potential values when I compare 12-6 potential with the tabulated potential (where the table was generated using same sigma and epsilon values that were used
 for 12-6 potential).<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I intend to modify my table potential later so I wanted to make sure that it produces correct result. But my test shows that there is a difference between 12-6 and tabulated potentials for wall interaction. Could you please explain what is the difference
 and how can I get the correct potential energy for tabulated potentials?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; PS: In the manual, its written that both 9-3 and 10-4 are integrated over the surface area and 12-6 potential was applied directly with the z-distance. But how the tabulated potential is represented? (section 7.3.20)<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thank you very much for your time and support.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Sincerely,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Sudharsan<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List before posting!<br>
<br>
* Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers or send a mail to gmx-developers-request@gromacs.org.<br>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>