<div dir="ltr">
<br>Hi<br><br>I have been using g_mmpbsa of Rashhmi Kumari and group to calculate binding energy of
 lipids in protein-lipid complex. I got a quite good results with 
g_mmpbsa. Now, In my next step I need to perform network analysis where 
pairwise interaction energy from mmpbsa will be considered. <br><br>I
 have 450 aminoacids and 2 lipids in the system. After mmpbsa i have 
generated residue decomposition energy of aminoacids with lipid (not between aminoacids) as shown below  (for example 
purpose)<br><br>1            1.0784 <br>2            -0.0261 <br>3            0.9493 <br>4            0.0206 <br>5            -0.0583 <br>6            0.0061 <br>7            -0.0278  <br>.<br>.<br>.<br>450<br><br>While
 running mmpbsa my first input was protein and second input was lipid 
(in place of ligand). Now I have interaction energy of each aminoacid 
with lipid .<br><br>Now,  I 
need interaction energy between aminoacids. like 1st aminoacid with 
remaining 499  aminoacid and 2nd with remaining 499 aminoacids and so 
on.  <br><br>Is it possible to calculate interaction energy between amnoacids and with lipids using g_mmpbsa (n X n matrix of energy values) ? <br><br>Please help me in this regard.<br></div>