<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Please don&#39;t reply to digests if you want to engage in discussion :-)</div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, Apr 5, 2016 at 2:12 PM Carl Christian Kjelgaard Mikkelsen &lt;<a href="mailto:spock@cs.umu.se">spock@cs.umu.se</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <blockquote type="cite"><pre></pre>
    </blockquote>
    <font face="Courier New, Courier, monospace">Hello,<br>
      <br>
      Thank you very much for confirming that I have identified the
      exact constraint functions used by cshake().<br>
      <br>
      Would you please consider the second part of my conjecture and
      confirm if I have the correct vector equation as well? Again, even
      the smallest detail, such as the exact scaling of the Lagrange
      multiplier is critical. As I stated in my first email, I believe
      that cshake() is solving the non linear vector equation<br>
      <br>
      g(rprime - inv(M)*Dg(r)*lambda) = 0<br>
      <br>
      where<br>
      <br>
      rprime is the unconstrained atomic coordinates for the next time
      step<br>
      r      is the constrained atomic coordinates at at current time
      step<br>
      M      is the diagonal mass matrix<br>
      lambda is a Lagrange multiplier<br>
      <br>
      cshake return both the new constrained atomic coordinates rnew
      given by<br>
      <br>
      rnew:=</font><font face="Courier New, Courier, monospace"><font face="Courier New, Courier, monospace">rprime -
        inv(M)*Dg(r)*lambda<br>
        <br>
        and the vector lambda itself.<br>
        <br>
      </font>I am afraid that the comment in cshake() which you refer to
      has been a source of confusion for me. In particular, there is no
      Greek letter eta used on page 336 of the original SHAKE paper.</font></div></blockquote><div><br></div><div>Sorry, literacy problem here. I meant gamma when I wrote those docs.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"><font face="Courier New, Courier, monospace">
      Moreover, I have not been able to find any evidence of any
      division with the constraint distance.</font></div></blockquote><div><br></div><div>You shouldn&#39;t expect to see a transliteration of the algebra, because this is floating-point computation and division should be routinely avoided. But you should expect to see something equivalent in the code that refers to constraint_distance_squared</div><div><br></div><div>Mark</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"><br>
    <font face="Courier New, Courier, monospace">Kind regards<br>
      <br>
      Carl Christian<br>
    </font><font face="Courier New, Courier, monospace">
    </font>
  </div>

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