<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body dir="auto">
<div><br>
<br>
Best regards,
<div>Wenjie</div>
</div>
<div><br>
On 10 May 2016, at 1:43 PM, Berk Hess &lt;<a href="mailto:hess@kth.se">hess@kth.se</a>&gt; wrote:<br>
<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div class="moz-cite-prefix">Hi,<br>
<br>
The total energy will never be conserved perfectly. How good it is conserved depends on the time step.<br>
But it seems, although it's not clear from your mail, that you are talking about your own program. This is a mailing list for problems with Gromacs relatead problems, not for help with your own code. All I can add is that most bugs in an MD code will cause
 to total energy to increase.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Berk<br>
<br>
On 05/10/2016 05:57 AM, #CHEN WENJIE# wrote:<br>
</div>
<blockquote cite="mid:53E6E160-4260-4ED0-923F-4D74BDFB7696@e.ntu.edu.sg" type="cite">
<div class="">
<div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);">
Hi GROMACS team,</div>
<div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);">
<br class="">
</div>
<div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);">
I am an undergraduate student from Nanyang Technological University. I am working on my MD physics engine project that replicates some of the GROMACS features. The programming language is Java. The project is to simulate some small molecules in atomic level.
 The topology file is generated by GROMACS with pdb2gmx program. The force field I choose is AMBER03, and&nbsp; force field parameters are also from GROMACS. I use Velocity Verlet integrator.&nbsp;</div>
<div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);">
The problem I encounter is that when I run the simulation, the total energy doesn't conserve. It increases a little bit every frame and eventually becomes huge and the molecule deforms.</div>
<div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69); min-height: 14px;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);">
Attached is my GRO file and TOP file, and some log output files for the simulation of water molecule. One only involves bond stretching energy. One only involves angle rotation energy. One involves both bond and angle energy. For each frame, I log the kinetic
 energy, potential energy, total energy and position of each atom. Although when Ep increases, Ek will decrease, and vice versa, the total energy increases a little bit each frame.&nbsp;</div>
<div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69); min-height: 14px;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);">
I really want to know if there is any part I miss out or didn't do it correctly. I really appreciate it if you can give me some advice. Thank you in advice.</div>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div class="">Best regards,</div>
<div class="">Wenjie</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> <br>
</blockquote>
<br>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div><span>-- </span><br>
<span>Gromacs Developers mailing list</span><br>
<span></span><br>
<span>* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!</span><br>
<span></span><br>
<span>* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></span><br>
<span></span><br>
<span>* For (un)subscribe requests visit</span><br>
<span><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to
<a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</span></div>
</blockquote>
</body>
</html>