<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi,<br>
      <br>
      The total energy will never be conserved perfectly. How good it is
      conserved depends on the time step.<br>
      But it seems, although it's not clear from your mail, that you are
      talking about your own program. This is a mailing list for
      problems with Gromacs relatead problems, not for help with your
      own code. All I can add is that most bugs in an MD code will cause
      to total energy to increase.<br>
      <br>
      Cheers,<br>
      <br>
      Berk<br>
      <br>
      On 05/10/2016 05:57 AM, #CHEN WENJIE# wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:53E6E160-4260-4ED0-923F-4D74BDFB7696@e.ntu.edu.sg"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <div class="">
        <div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);">Hi GROMACS team,</div>
        <div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);"><br class="">
        </div>
        <div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);">I am an undergraduate student from Nanyang
          Technological University. I am working on my MD physics engine
          project that replicates some of the GROMACS features. The
          programming language is Java. The project is to simulate some
          small molecules in atomic level. The topology file is
          generated by GROMACS with pdb2gmx program. The force field I
          choose is AMBER03, and  force field parameters are also from
          GROMACS. I use Velocity Verlet integrator. </div>
        <div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);">The problem I encounter is that when I run
          the simulation, the total energy doesn't conserve. It
          increases a little bit every frame and eventually becomes huge
          and the molecule deforms.</div>
        <div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69); min-height: 14px;">
          <br class="">
        </div>
        <div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);">Attached is my GRO file and TOP file, and
          some log output files for the simulation of water molecule.
          One only involves bond stretching energy. One only involves
          angle rotation energy. One involves both bond and angle
          energy. For each frame, I log the kinetic energy, potential
          energy, total energy and position of each atom. Although when
          Ep increases, Ek will decrease, and vice versa, the total
          energy increases a little bit each frame. </div>
        <div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69); min-height: 14px;">
          <br class="">
        </div>
        <div class="" style="margin: 0px; line-height: normal; color:
          rgb(69, 69, 69);">I really want to know if there is any part I
          miss out or didn't do it correctly. I really appreciate it if
          you can give me some advice. Thank you in advice.</div>
      </div>
      <br class="">
      <div class="">
        <div class="">Best regards,</div>
        <div class="">Wenjie</div>
        <div class=""><br class="">
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>