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    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">
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  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    <div class="moz-forward-container">
      <pre>Hi Gromacs developers,

I recently used gmx cluster for cluster analysis but I got some very 
buggy result. The RMSD distribution I got is from 0.01 - 0.5 and I set a 
cutoff of 0.1. Why did the program give me only one cluster? When I 
remove the cutoff tag, (I thought the default value is 0.1 as well), 
then it gave me 30+ clusters.

Also, I found "-om" tag and "-dm" tag is almost useless.

*** A developer call ***
As the trajectories getting larger and larger, a single core analysis 
program is more and more slow. For some analysis program, like "cluster 
analysis", they have such intrinsic properties that naturally support 
parallelism. Why not parallelize them to increase speed?

Best
Yunlong


</pre>
      <br>
      <div class="moz-signature">-- <br>
        <p>
          ==================================<br>
          <b>Yunlong Liu / PhD Candidate</b><br>
          Email : <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:davislong198833@gmail.com">davislong198833@gmail.com</a><br>
          <br>
          Mario Amzel Lab, Biophysics Dept<br>
          School of Medicine, JHU<br>
          Address: 725 N Wolfe St, WBSB 601<br>
          =================================== </p>
      </div>
      <br>
    </div>
    <br>
  </body>
</html>