<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Dear Erik,<div class=""><br class=""></div><div class="">Thank you very much for your quick reply. I did the same calculation using another protein having 45000 modes and it took only a week to get the full diagonalization. That’s why I was quite optimistic with this calculation.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I will try to follow your suggestion. Right now I’m using shift for both Coulomb and vdW with a radius of 1.2 nm and a switch radius of 1.0 nm, as suggested in the GROMACS website for NMA. Do you think I should go for cutoff instead of switch?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Best regards,</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">************************************************************</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Adrien Nicolaï / Maître de conférences</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne, UMR 6303 CNRS</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Département NANO - Equipe Physique appliquée aux protéines</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Université de Bourgogne Franche-Comté /&nbsp;Faculté des Sciences et Techniques Mirande</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">9, Av. Savary - B.P. 47 870 21078. DIJON CEDEX - France</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Email :&nbsp;<a href="mailto:adrien.nicolai@u-bourgogne.fr" class="">adrien.nicolai@u-bourgogne.fr</a></div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Tél: 03 80 39 60 93</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">URL :&nbsp;<a href="https://icb.u-bourgogne.fr/fr/axes-scientifiques/nano/physique-appliquee-aux-proteines.html" class="">https://icb.u-bourgogne.fr/fr/axes-scientifiques/nano/physique-appliquee-aux-proteines.html</a></div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">************************************************************</div></div></div></div>
</div>
<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 05 Jul 2016, at 14:21, Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" class="">erik.lindahl@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Seems like a bug - we should use a size_t to calculate the size of the matrix storage required.<div class=""><br class=""></div><div class="">However, before you get your hopes up: The reason why this happens is that you are asking the code to do a full diagonalization of a matrix that is 63255^2. That will take at least ~100GB of memory, and probably take several months. I would recommend that you use some cutoff-based electrostatics/VdW instead to enable sparse matrix diagonalization.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Cheers,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Erik</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 05 Jul 2016, at 14:02, Adrien Nicolaï &lt;<a href="mailto:adrien.nicolai@u-bourgogne.fr" class="">adrien.nicolai@u-bourgogne.fr</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Dear GROMACS developers,<div class=""><br class=""></div><div class="">I’m performing a Normal mode analysis using the GROMACS 5.1 software. The system I study is a dimer of a protein surrounded by water molecules and is comprised of 21075 atoms (corresponding to 63225 modes). After a proper minimisation using the L-BFGS algorithm and a normal mode calculation in double precision, I tried to diagonalise the entire hessian matrix using the nmeig command.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">The use of the gmx_d nmeig command leads to the following error:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Reading double precision matrix generated by GROMACS VERSION 5.1</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0); min-height: 16px;"><b class=""></b><br class=""></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">-------------------------------------------------------</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Program gmx nmeig, VERSION 5.1</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Source code file: /tmp3/gromacs-5.1-20150825/gromacs-5.1/src/gromacs/utility/smalloc.c, line: 182</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0); min-height: 16px;"><b class=""></b><br class=""></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Fatal error:</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Not enough memory. Failed to calloc -297566671 elements of size 8 for eigenvectors</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">(called from file /tmp3/gromacs-5.1-20150825/gromacs-5.1/src/gromacs/gmxana/gmx_nmeig.c, line 401)</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">website at&nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" class="">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">-------------------------------------------------------</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">: Cannot allocate memory</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Using begin = 1 and end = 63225</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Sparse matrix storage format, nrow=63225, ncols=63225</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Starter(339849): Return code=1</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Starter end(339849)</b></div></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Could you help me with the meaning of this error? Is my system to big for NMA using GROMACS 5.1?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks you in advance for your help</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Best regards,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">************************************************************</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Adrien Nicolaï / Maître de conférences</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne, UMR 6303 CNRS</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Département NANO - Equipe Physique appliquée aux protéines</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Université de Bourgogne Franche-Comté /&nbsp;Faculté des Sciences et Techniques Mirande</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">9, Av. Savary - B.P. 47 870 21078. DIJON CEDEX - France</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Email :&nbsp;<a href="mailto:adrien.nicolai@u-bourgogne.fr" class="">adrien.nicolai@u-bourgogne.fr</a></div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Tél: 03 80 39 60 93</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">URL :&nbsp;<a href="https://icb.u-bourgogne.fr/fr/axes-scientifiques/nano/physique-appliquee-aux-proteines.html" class="">https://icb.u-bourgogne.fr/fr/axes-scientifiques/nano/physique-appliquee-aux-proteines.html</a></div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">************************************************************</div></div></div></div>
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<br class=""></div>-- <br class="">Gromacs Developers mailing list<br class=""><br class="">* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" class="">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br class=""><br class="">* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" class="">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br class=""><br class="">* For (un)subscribe requests visit<br class=""><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" class="">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" class="">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</div></blockquote></div><br class=""></div></div>-- <br class="">Gromacs Developers mailing list<br class=""><br class="">* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" class="">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br class=""><br class="">* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" class="">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br class=""><br class="">* For (un)subscribe requests visit<br class=""><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" class="">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" class="">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>