<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hi Adrien,<div class=""><br class=""></div><div class="">As Berk pointed out, the output already said you were using the sparse setting (it’s automatic). Switch is equivalent to cutoff in the sense that most elements of the Hessian will be zero.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">For sparse matrix diagonalization it will be fine; there memory requirements will scale roughly as N, and the time required as N^2.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">For full matrix diagonalization (which you’ll get e.g. with PME), memory scales as N^2, and the time required as N^3. That would completely kill you.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Cheers,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Erik</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 05 Jul 2016, at 14:27, Adrien Nicolaï &lt;<a href="mailto:adrien.nicolai@u-bourgogne.fr" class="">adrien.nicolai@u-bourgogne.fr</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Dear Erik,<div class=""><br class=""></div><div class="">Thank you very much for your quick reply. I did the same calculation using another protein having 45000 modes and it took only a week to get the full diagonalization. That’s why I was quite optimistic with this calculation.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I will try to follow your suggestion. Right now I’m using shift for both Coulomb and vdW with a radius of 1.2 nm and a switch radius of 1.0 nm, as suggested in the GROMACS website for NMA. Do you think I should go for cutoff instead of switch?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Best regards,</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">************************************************************</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Adrien Nicolaï / Maître de conférences</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne, UMR 6303 CNRS</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Département NANO - Equipe Physique appliquée aux protéines</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Université de Bourgogne Franche-Comté /&nbsp;Faculté des Sciences et Techniques Mirande</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">9, Av. Savary - B.P. 47 870 21078. DIJON CEDEX - France</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Email :&nbsp;<a href="mailto:adrien.nicolai@u-bourgogne.fr" class="">adrien.nicolai@u-bourgogne.fr</a></div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Tél: 03 80 39 60 93</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">URL :&nbsp;<a href="https://icb.u-bourgogne.fr/fr/axes-scientifiques/nano/physique-appliquee-aux-proteines.html" class="">https://icb.u-bourgogne.fr/fr/axes-scientifiques/nano/physique-appliquee-aux-proteines.html</a></div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">************************************************************</div></div></div></div>
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<br class=""><div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 05 Jul 2016, at 14:21, Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" class="">erik.lindahl@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Seems like a bug - we should use a size_t to calculate the size of the matrix storage required.<div class=""><br class=""></div><div class="">However, before you get your hopes up: The reason why this happens is that you are asking the code to do a full diagonalization of a matrix that is 63255^2. That will take at least ~100GB of memory, and probably take several months. I would recommend that you use some cutoff-based electrostatics/VdW instead to enable sparse matrix diagonalization.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Cheers,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Erik</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 05 Jul 2016, at 14:02, Adrien Nicolaï &lt;<a href="mailto:adrien.nicolai@u-bourgogne.fr" class="">adrien.nicolai@u-bourgogne.fr</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8" class=""><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Dear GROMACS developers,<div class=""><br class=""></div><div class="">I’m performing a Normal mode analysis using the GROMACS 5.1 software. The system I study is a dimer of a protein surrounded by water molecules and is comprised of 21075 atoms (corresponding to 63225 modes). After a proper minimisation using the L-BFGS algorithm and a normal mode calculation in double precision, I tried to diagonalise the entire hessian matrix using the nmeig command.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">The use of the gmx_d nmeig command leads to the following error:</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Reading double precision matrix generated by GROMACS VERSION 5.1</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0); min-height: 16px;"><b class=""></b><br class=""></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">-------------------------------------------------------</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Program gmx nmeig, VERSION 5.1</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Source code file: /tmp3/gromacs-5.1-20150825/gromacs-5.1/src/gromacs/utility/smalloc.c, line: 182</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0); min-height: 16px;"><b class=""></b><br class=""></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Fatal error:</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Not enough memory. Failed to calloc -297566671 elements of size 8 for eigenvectors</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">(called from file /tmp3/gromacs-5.1-20150825/gromacs-5.1/src/gromacs/gmxana/gmx_nmeig.c, line 401)</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">website at&nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" class="">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">-------------------------------------------------------</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">: Cannot allocate memory</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Using begin = 1 and end = 63225</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Sparse matrix storage format, nrow=63225, ncols=63225</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Starter(339849): Return code=1</b></div><div class="" style="margin: 0px; font-size: 14px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(255, 255, 255); background-color: rgb(0, 0, 0);"><b class="">Starter end(339849)</b></div></div><div class=""><br class=""></div><div class="">Could you help me with the meaning of this error? Is my system to big for NMA using GROMACS 5.1?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks you in advance for your help</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Best regards,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">************************************************************</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Adrien Nicolaï / Maître de conférences</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne, UMR 6303 CNRS</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Département NANO - Equipe Physique appliquée aux protéines</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Université de Bourgogne Franche-Comté /&nbsp;Faculté des Sciences et Techniques Mirande</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">9, Av. Savary - B.P. 47 870 21078. DIJON CEDEX - France</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Email :&nbsp;<a href="mailto:adrien.nicolai@u-bourgogne.fr" class="">adrien.nicolai@u-bourgogne.fr</a></div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">Tél: 03 80 39 60 93</div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">URL :&nbsp;<a href="https://icb.u-bourgogne.fr/fr/axes-scientifiques/nano/physique-appliquee-aux-proteines.html" class="">https://icb.u-bourgogne.fr/fr/axes-scientifiques/nano/physique-appliquee-aux-proteines.html</a></div><div style="margin: 0px; font-family: Menlo;" class="">************************************************************</div></div></div></div>
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<br class=""></div>-- <br class="">Gromacs Developers mailing list<br class=""><br class="">* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" class="">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br class=""><br class="">* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" class="">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br class=""><br class="">* For (un)subscribe requests visit<br class=""><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" class="">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" class="">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</div></blockquote></div><br class=""></div></div>-- <br class="">Gromacs Developers mailing list<br class=""><br class="">* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" class="">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br class=""><br class="">* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" class="">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br class=""><br class="">* For (un)subscribe requests visit<br class=""><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" class="">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" class="">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</div></blockquote></div><br class=""></div></div>-- <br class="">Gromacs Developers mailing list<br class=""><br class="">* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" class="">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br class=""><br class="">* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" class="">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br class=""><br class="">* For (un)subscribe requests visit<br class=""><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" class="">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" class="">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>