<div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br clear="all"></font><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Hello,</font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I have a question regarding implementing REST2 in GROMACS as suggested in: <span style="color:rgb(0,0,0);line-height:19.6px;white-space:pre-wrap">( On easy implementation of a variant of the replica </span><span style="color:rgb(0,0,0);line-height:19.6px;white-space:pre-wrap">exchange with solute tempering in GROMACS, J Comput Chem. 32, 1228-1234, </span><span style="color:rgb(0,0,0);line-height:19.6px;white-space:pre-wrap">2010).</span></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="color:rgb(0,0,0);line-height:19.6px;white-space:pre-wrap"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="line-height:19.6px;white-space:pre-wrap">How does the gromacs machinery know how to carry out the exchange/swapping?</span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="line-height:19.6px;white-space:pre-wrap"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="line-height:19.6px;white-space:pre-wrap">the -replex  probably will generate copies of the system at higher temperature which I do not want.</span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="line-height:19.6px;white-space:pre-wrap"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="line-height:19.6px;white-space:pre-wrap"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="line-height:19.6px;white-space:pre-wrap">Kindly reply.</span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="line-height:19.6px;white-space:pre-wrap"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="line-height:19.6px;white-space:pre-wrap">Thanks in advance.</span></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">sxn</font></div><div dir="ltr"><div><br></div></div></div></div></div></div>
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