<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>It would indeed be better to have mdrun -benchmarksteps 1000 run 1000 steps after whatever tuning completes (and implying a reset), but currently we only have -nsteps and -resetstep, which not really what one should want. See <a href="https://redmine.gromacs.org/issues/1781">https://redmine.gromacs.org/issues/1781</a>.</div><div><br></div><div>Mark</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, Sep 26, 2016 at 12:05 PM Berk Hess &lt;<a href="mailto:hess@kth.se">hess@kth.se</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
Wouldn&#39;t it be better to run a fixed number of steps after PME tuning<br>
has finished?<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Berk<br>
<br>
On 2016-09-26 11:55, Kutzner, Carsten wrote:<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; commit 785aad1a introduced a gmx_fatal() in mdrun for cases where cycle counters are<br>
&gt; reset when PME tuning is still active. Since in almost all cases, tuning takes longer<br>
&gt; than 100 steps--which is the default at which gmx tune_pme would do counter resetting--,<br>
&gt; I suggest to increase the default in tune_pme. At the moment a call to gmx tune_pme will<br>
&gt; in most cases just report that all test runs failed. Of course one can use<br>
&gt; gmx tune_pme -resetstep, but why not provide sensible defaults?<br>
&gt;<br>
&gt; What about changing the default to 1500 steps? I could provide a small patch for 5.1.<br>
&gt;<br>
&gt; Carsten<br>
<br>
--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</blockquote></div>