<div dir="ltr">Hi Berk,<div><br></div><div>Thanks for your advice! </div><div><br></div><div>However, I&#39;m sorry that I do not really understand your point... The deform md option should be turned off by default right? So how could I adjust it to realize my implement of shear flow? Could you please tell me some more details about that if you are available? Thanks!</div><div><br></div><div>As for the patch, yes, I would really appreciate it if you could share it with me!</div><div><br></div><div>Best wishes</div><div><br></div><div>Jin</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-10-04 14:22 GMT+01:00 Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hess@kth.se" target="_blank">hess@kth.se</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="m_-4474147881397635249moz-cite-prefix">Hi,<br>
      <br>
      I think the defrom MD option can do what you want.<br>
      It does not apply the proper SLLOD equations, but I think this
      does not matter under most conditions. If you want to use SLLOD, I
      have a patch for that.<br>
      <br>
      Cheers,<br>
      <br>
      Berk<div><div class="h5"><br>
      <br>
      On 10/04/2016 03:06 PM, J Hu wrote:<br>
    </div></div></div><div><div class="h5">
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">
        <p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif">Hello,</font></i></p>
        <p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif"><br>
            </font></i></p>
        <p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><font face="comic sans ms, sans-serif"><i>I </i><i><i>have
                recently </i>tried to simulate a shear flow in a
              molecular dynamics model by implementing the </i><i>Lees
              Edwards boundary (periodic shear flow) conditions in
              GROMACS. However the </i><i><i>results </i>I got are
              strange ...  <br>
              <br>
            </i></font></p>
        <p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><font face="comic sans ms, sans-serif"><i>I added the effect of
              the shear, delta_U(y)=gamma*dy, where gamma = dU/dy by
              modifying the coordinate equation dx/dt = ... + gamma*dy 
              in the x-direction so that coordinate change along the x
              direction becomes  x(t+dt) = x(t) + dt*[v(t) +gamma*dy].
              The </i><i><i>calculation of the molecular dynamics </i>velocity,
              v(t)  from the pair potential was kept the same as usual
              from Newton&#39;s second law without any change.<br>
            </i></font></p>
        <p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif"><br>
            </font></i></p>
        <font style="font-size:14px" face="comic sans ms, sans-serif"><i style="color:rgb(51,51,51)">To compare with the analytical
            shear flow solution U(y), I then wrote a routine that
            averages all atoms velocities in time as well as in the
            homogeneuous x&amp;z directions and so obtained the velocity
            profile <span style="font-size:16px">along the y-direction
              (the  velocity </span></i><i style="color:rgb(51,51,51)"><span style="font-size:16px"><i>information </i>was directly
              obtained from the gro files). However, strangely, the
              resulting profile of the mean atom velocity, which I
              expected to be flat around zero, turned out to</span><span style="font-size:12pt"> have a negative slope, -gamma, as
              if the model tried to compensate for the positive shear
              flow I was trying to impose. This effect is very
              consistent for a range of different shears -- from
              moderate to very small gamma.</span><span style="font-size:12pt"> So I thought this is due to the
              thermostat or some other intrinsic GROMACS feature which
              checks the atom velocities/deviations and </span></i><i style="color:rgb(51,51,51)">holds the velocities to
            correspond to the uniform state, hence, creates an
            &quot;anti-shear&quot; effect.<br>
            <br>
            Did someone encounter a similar problem in GROMACS and know
            how to disable these stabilising  features of </i><i style="color:rgb(51,51,51)"><i>GROMACS</i>?  <br>
            Or, does someone know a simpler method how to generated a
            shear flow in GROMACS ?</i><i style="color:rgb(51,51,51)"><span style="font-size:12pt"></span></i><span style="color:rgb(51,51,51)"></span></font>
        <p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif"><br>
            </font></i></p>
        <p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif">Thanks a lot.</font></i></p>
        <p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif"><br>
            </font></i></p>
        <p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif">Best wishes</font></i></p>
        <p><i><br>
          </i></p>
        <p><i>Jin</i></p>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="m_-4474147881397635249mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/<wbr>Support/Mailing_Lists/GMX-<wbr>developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/<wbr>Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/<wbr>mailman/listinfo/gromacs.org_<wbr>gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@<wbr>gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br></div>