<div dir="ltr"><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif">Hello,</font></i></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif"><br></font></i></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><font face="comic sans ms, sans-serif"><i>I </i><i><i>have recently </i>tried to simulate a shear flow in a molecular dynamics model by implementing the </i><i>Lees Edwards boundary (periodic shear flow) conditions in GROMACS. However the </i><i><i>results </i>I got are strange ...  <br><br></i></font></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><font face="comic sans ms, sans-serif"><i>I added the effect of the shear, delta_U(y)=gamma*dy, where gamma = dU/dy by modifying the coordinate equation dx/dt = ... + gamma*dy  in the x-direction so that coordinate change along the x direction becomes  x(t+dt) = x(t) + dt*[v(t) +gamma*dy]. The </i><i><i>calculation of the molecular dynamics </i>velocity, v(t)  from the pair potential was kept the same as usual from Newton&#39;s second law without any change.<br></i></font></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif"><br></font></i></p><font face="comic sans ms, sans-serif" style="font-size:14px"><i style="color:rgb(51,51,51)">To compare with the analytical shear flow solution U(y), I then wrote a routine that averages all atoms velocities in time as well as in the homogeneuous x&amp;z directions and so obtained the velocity profile <span style="font-size:16px">along the y-direction (the  velocity </span></i><i style="color:rgb(51,51,51)"><span style="font-size:16px"><i>information </i>was directly obtained from the gro files). However, strangely, the resulting profile of the mean atom velocity, which I expected to be flat around zero, turned out to</span><span style="font-size:12pt"> have a negative slope, -gamma, as if the model tried to compensate for the positive shear flow I was trying to impose. This effect is very consistent for a range of different shears -- from moderate to very small gamma.</span><span style="font-size:12pt"> So I thought this is due to the thermostat or some other intrinsic GROMACS feature which checks the atom velocities/deviations and </span></i><i style="color:rgb(51,51,51)">holds the velocities to correspond to the uniform state, hence, creates an &quot;anti-shear&quot; effect.<br><br>Did someone encounter a similar problem in GROMACS and know how to disable these stabilising  features of </i><i style="color:rgb(51,51,51)"><i>GROMACS</i>?  <br>Or, does someone know a simpler method how to generated a shear flow in GROMACS ?</i><i style="color:rgb(51,51,51)"><span style="font-size:12pt"></span></i><span style="color:rgb(51,51,51)"></span></font><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif"><br></font></i></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif">Thanks a lot.</font></i></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif"><br></font></i></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-size:12pt"><i><font face="comic sans ms, sans-serif">Best wishes</font></i></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:&#39;microsoft yahei ui&#39;,&#39;microsoft yahei&#39;,微软雅黑,simsun,宋体,sans-serif;font-size:12pt"><i><br></i></p><p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px;font-family:&#39;microsoft yahei ui&#39;,&#39;microsoft yahei&#39;,微软雅黑,simsun,宋体,sans-serif;font-size:12pt"><i>Jin</i></p></div>