<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><h1><font size="2"><span style="font-weight:normal">Hi gromacs team,</span></font></h1><p>I am trying to simulate a protein ligand complex using gromacs, where I have two manganese ions bound with the ligand. I searched the gromacs force field and there was no parameter data for Mn. After some research online I found the following Amber link that has Mn parameters. Some online constructions says ffamber ports can do the work<font size="2">, but there were no more detailed instructions. </font>I don&#39;t have much experiences converting amber parameters to files that gromacs can recognize, so I want to see if anyone here can help me on this by giving me some more detailed instructions?</p><p>Thank you in advance,</p><p><a href="http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber#ion">http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber#ion</a></p><p>Ming<br></p><h1><br></h1></div>
</div>