<div dir="ltr"><h1><font size="2"><span style="font-weight:normal">Hi gromacs team,</span></font></h1><p>I
 am trying to simulate a protein ligand complex using gromacs, where I 
have two manganese ions bound with the ligand. I searched the gromacs 
force field and there was no parameter data for Mn. After some research 
online I found the following Amber link that has Mn parameters. Some 
online constructions says ffamber ports can do the work<font size="2">, but there were no more detailed instructions. </font>I
 don&#39;t have much experiences converting amber parameters to files that 
gromacs can recognize, so I want to see if anyone here can help me on 
this by giving me some more detailed instructions?</p><p>Thank you in advance,</p><p><a href="http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber#ion" target="_blank">http://www.pharmacy.<wbr>manchester.ac.uk/bryce/amber#<wbr>ion</a></p><div class="gmail-yj6qo gmail-ajU"><div id="gmail-:4q5" class="gmail-ajR" tabindex="0"><img class="gmail-ajT" src="https://ssl.gstatic.com/ui/v1/icons/mail/images/cleardot.gif"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;color:rgb(0,0,0);display:inline" class="gmail_default">​Ming​</div></div></div></div>