Dear GMX Developer and Prof. Hess,&nbsp;<div><br></div><div>I think this question is not common to GMX users, so I post it here.</div><div><br></div><div>Prof. Hess is very familiar with the tabulized potential and group cutoff scheme, so I also CC this email to you.&nbsp;<span style="font-size: 14px;">Any advice will be appreciated.&nbsp;</span></div><div><br></div><div>The Backgroud:</div><div><div>I simulated protein-ligand system (ref_t=300) with amber99sb-ildn ff.&nbsp;<span style="font-size: 14px;">I used the&nbsp;</span><span style="font-size: 14px;">normal table6-12.xvg</span><span style="font-size: 14px;">&nbsp;</span><span style="font-size: 14px;">tabulized potential to reproduce this problem.</span></div><div><br></div><div>The Problem:</div><div><span style="font-size: 14px;">In NVT simulation,&nbsp;</span><span style="font-size: 14px;">integrator=md-vv, Tcoupl=</span><span style="font-size: 14px;">nose-hoover,&nbsp;</span>coulombtype=pme-user, vdwtype=user<span style="font-size: 14px;">. I found that at the start of the simulation, there is a temperature jump to around 310K (average 310K in 100ps) higher than the ref_t (300K) under&nbsp;</span><span style="font-size: 14px;">nh-chain-length=10.</span></div><div><br></div><div>1)I tuned and spotted the nh-chain-length parameter. If I used&nbsp;nh-chain-length=1 there is no temperature jump and temperature can converge very well to 300K.</div><div><br></div><div>2)I replicated the same experiment in verlet scheme, the temperature converged to ref_t 300K in 100ps and no jump in&nbsp;<span style="font-size: 14px;">nh-chain-length=2, which can 50K temperature jump (to 350K).</span></div><div><span style="font-size: 14px;"><br></span></div><div>The Question:</div><div>1)How will the&nbsp;<span style="font-size: 14px;">nh-chain-length parameter affect the simulation temperature under the group cut-off scheme?</span></div><div>2)Is it valid to use NH (<span style="font-size: 14px;">nh-chain-length=1</span><span style="font-size: 14px;">) not NH chain (</span><span style="font-size: 14px;">nh-chain-length&gt;1</span><span style="font-size: 14px;">) to simulate the protein-ligand system?</span></div><div><span style="font-size: 14px;"><br></span></div><div><span style="font-size: 14px;">Thanks for any advice.</span></div><div><br><div><span style="font-size: 14px;">--</span></div><span>Du, Yu<br>PhD Student,<br>Shanghai Institute of Organic Chemistry<div>345 Ling Ling Rd., Shanghai, China.&nbsp;</div><div>Zip: 200032,&nbsp;<span style="font-size: 14px;">Tel: (86) 021 5492 5275</span></div></span></div></div>