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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">If you can file a bug report in redmine (<a href="http://redmine.gromacs.org/)">http://redmine.gromacs.org/)</a> with example files, that would be useful. Before you file it can you check
 if problem happens if you use standard cutoffs, instead of tabulated cutoffs? I wonder if there is some sort of code path that it’s going down.&nbsp; I will bet that combination of inputs has only very rarely been used.&nbsp; Also, you said the temperature jumps. Does
 it come back down to 310, or does it stay there?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">Generally, I would recommend using v-rescale instead of Nose-Hoover.&nbsp; Nose-Hoover has some known flaws; increasing the chain length is supposed to help things, but doesn’t really help that
 much for realistic systems, just with very simple ones.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">However, any Nose-Hoover change length should in principle give the same average, and did when the code was written.&nbsp; If it doesn’t, the code was broken somewhere, possibly because of lack
 of coverage in the regression tests and something getting out of sync.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">Best,<o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">~~~~~~~~~~~~~~~~<o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">Michael Shirts<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">Associate Professor<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black"><a href="mailto:michael.shirts@colorado.edu"><span style="color:blue">michael.shirts@colorado.edu</span></a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black"><a href="http://www.colorado.edu/lab/shirtsgroup/"><span style="color:blue;text-decoration:none">http://www.colorado.edu/lab/shirtsgroup/</span></a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">Phone: (303) 735-7860<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">Office: JSCBB C123<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">Department of Chemical and Biological Engineering<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">University of Colorado Boulder</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-family:Calibri;color:black">From: </span>
</b><span style="font-family:Calibri;color:black">&lt;gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se&gt; on behalf of &quot;Du, Yu&quot; &lt;duyu@sioc.ac.cn&gt;<br>
<b>Reply-To: </b>&quot;gmx-developers@gromacs.org&quot; &lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;<br>
<b>Date: </b>Monday, October 23, 2017 at 12:48 AM<br>
<b>To: </b>GMX-developer &lt;gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se&gt;<br>
<b>Subject: </b>[gmx-developers] Group cutoff-scheme simulation temperature affected by nh-chain-length<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Dear GMX Developer and Prof. Hess,&nbsp; <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I think this question is not common to GMX users, so I post it here.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Prof. Hess is very familiar with the tabulized potential and group cutoff scheme, so I also CC this email to you.&nbsp;<span style="font-size:10.5pt">Any advice will be appreciated.&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The Backgroud:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">I simulated protein-ligand system (ref_t=300) with amber99sb-ildn ff.&nbsp;<span style="font-size:10.5pt">I used the&nbsp;normal table6-12.xvg&nbsp;tabulized potential to reproduce this problem.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The Problem:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt">In NVT simulation,&nbsp;integrator=md-vv, Tcoupl=nose-hoover,&nbsp;</span>coulombtype=pme-user, vdwtype=user<span style="font-size:10.5pt">. I found that at the start of the simulation, there is a temperature jump to
 around 310K (average 310K in 100ps) higher than the ref_t (300K) under&nbsp;nh-chain-length=10.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">1)I tuned and spotted the nh-chain-length parameter. If I used&nbsp;nh-chain-length=1 there is no temperature jump and temperature can converge very well to 300K.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">2)I replicated the same experiment in verlet scheme, the temperature converged to ref_t 300K in 100ps and no jump in&nbsp;<span style="font-size:10.5pt">nh-chain-length=2, which can 50K temperature jump (to 350K).</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The Question:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">1)How will the&nbsp;<span style="font-size:10.5pt">nh-chain-length parameter affect the simulation temperature under the group cut-off scheme?</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">2)Is it valid to use NH (<span style="font-size:10.5pt">nh-chain-length=1) not NH chain (nh-chain-length&gt;1) to simulate the protein-ligand system?</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt">Thanks for any advice.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt">--</span><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Du, Yu<br>
PhD Student,<br>
Shanghai Institute of Organic Chemistry <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">345 Ling Ling Rd., Shanghai, China.&nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Zip: 200032,&nbsp;<span style="font-size:10.5pt">Tel: (86) 021 5492 5275</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
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