Hi Mark and Dear GMX-Developers,&nbsp;<div><br></div><div>I tried the gmx check -s1 -s2, it gives comparison each recording steps. But I need the reason of not changing comb-rule 2to1 and sigma,epsilon to c6,c12 in amber ff.<br><div><br></div><div>Could you explain why the combined parameters are different and whose combined parameters are different from?&nbsp;</div><div><br></div><div><span style="font-size: 14px;">I have adapted the sigma and epsilon of ffnonbonded.itp to c6 and c12,&nbsp;comb-rule 2 to 1, I think it's reasonable and these places (</span>forcefield.itp and ffnonbonded.itp) are where one only needs to adapt.&nbsp;&nbsp;</div><div><br></div><div>But Prof. Hess said I should never change the comb-rule of ff. Thanks for any detailed information.</div><div><br></div><div>Best,&nbsp;</div><div>Yu</div><div><br><br><blockquote name="replyContent" class="ReferenceQuote" style="padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:#b6b6b6 2px solid;margin-right:0">-----Original Messages-----<br>
<b>From:</b><span id="rc_from">"Mark Abraham" &lt;<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com" target="_blank">mark.j.abraham@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<b>Sent Time:</b><span id="rc_senttime">2017-11-02 22:52:54 (Thursday)</span><br>
<b>To:</b> <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<b>Cc:</b> GMX-developer &lt;<a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a>&gt;<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-developers] Group cutoff-scheme simulation temperature affected by nh-chain-length<br><br><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>The general reason is that the combined parameters are different. Whether that matters depends on your system composition. You can see if that affects you by doing gmx compare -s1 -s2</div><div><br></div><div>Mark</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Nov 2, 2017 at 3:42 PM Du, Yu &lt;<a href="mailto:duyu@sioc.ac.cn" target="_blank">duyu@sioc.ac.cn</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Prof. Hess,&nbsp;<div><br></div><div>I compared the MD results of comb-rule=1 and 2 amber99sb-ildn ff and found that there is little difference between them. The MD results of original amber ff and adapted are pasted in the end of this email.</div><div><br></div><div>Could you give the reason that change should never be made to the comb-rule and the coorsponding&nbsp;<span style="font-size:14px">ffnonbonded.itp file?</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div>Thanks a lot.</div><div><br></div><div>Regards,&nbsp;</div><div>Yu</div><div><br></div><div>##########################original amber ff############################</div><div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Statistics over 25001 steps using 251 frames</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp;Energies (kJ/mol)</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Angle&nbsp; &nbsp; Proper Dih.&nbsp; Improper Dih.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ-14&nbsp; &nbsp; &nbsp;Coulomb-14</div><div>&nbsp; &nbsp; 4.02507e+03&nbsp; &nbsp; 5.15818e+03&nbsp; &nbsp; 2.75373e+02&nbsp; &nbsp; 2.11916e+03&nbsp; &nbsp; 1.69171e+04</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ (SR)&nbsp; &nbsp;Coulomb (SR)&nbsp; &nbsp;Coul. recip.&nbsp; &nbsp; &nbsp; Potential&nbsp; &nbsp; Kinetic En.</div><div>&nbsp; &nbsp; 6.20228e+04&nbsp; &nbsp;-5.36969e+05&nbsp; &nbsp; 3.15506e+03&nbsp; &nbsp;-4.43296e+05&nbsp; &nbsp; 8.45579e+04</div><div>&nbsp; &nbsp;Total Energy&nbsp; Conserved En.&nbsp; &nbsp; Temperature Pressure (bar)&nbsp; &nbsp;Constr. rmsd</div><div>&nbsp; &nbsp;-3.58738e+05&nbsp; &nbsp;-4.39556e+05&nbsp; &nbsp; 3.00296e+02&nbsp; &nbsp;-1.81660e+02&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp;Total Virial (kJ/mol)</div><div>&nbsp; &nbsp; 3.01440e+04&nbsp; &nbsp; 1.75821e+01&nbsp; &nbsp;-1.58821e+01</div><div>&nbsp; &nbsp; 1.84730e+01&nbsp; &nbsp; 3.00339e+04&nbsp; &nbsp;-9.97169e+01</div><div>&nbsp; &nbsp;-1.46410e+01&nbsp; &nbsp;-1.00240e+02&nbsp; &nbsp; 3.00330e+04</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp;Pressure (bar)</div><div>&nbsp; &nbsp;-1.84467e+02&nbsp; &nbsp;-3.37456e+00&nbsp; &nbsp; 2.10386e+00</div><div>&nbsp; &nbsp;-3.46046e+00&nbsp; &nbsp;-1.75964e+02&nbsp; &nbsp; 1.04734e+01</div><div>&nbsp; &nbsp; 1.98421e+00&nbsp; &nbsp; 1.05238e+01&nbsp; &nbsp;-1.84549e+02</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; T-Protein&nbsp; T-non-Protein</div><div>&nbsp; &nbsp; 2.99844e+02&nbsp; &nbsp; 3.00324e+02</div><div><br></div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; M E G A - F L O P S&nbsp; &nbsp;A C C O U N T I N G</div><div><br></div><div>&nbsp;NB=Group-cutoff nonbonded kernels&nbsp; &nbsp; NxN=N-by-N cluster Verlet kernels</div><div>&nbsp;RF=Reaction-Field&nbsp; VdW=Van der Waals&nbsp; QSTab=quadratic-spline table</div><div>&nbsp;W3=SPC/TIP3p&nbsp; W4=TIP4p (single or pairs)</div><div>&nbsp;V&amp;F=Potential and force&nbsp; V=Potential only&nbsp; F=Force only</div><div><br></div><div>&nbsp;Computing:&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;M-Number&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;M-Flops&nbsp; % Flops</div><div>-----------------------------------------------------------------------------</div><div>&nbsp;Pair Search distance check&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14291.569978&nbsp; &nbsp; &nbsp; 128624.130&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.5</div><div>&nbsp;NxN Ewald Elec. + LJ [F]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 184675.631168&nbsp; &nbsp; 12188591.657&nbsp; &nbsp; 51.1</div><div>&nbsp;NxN Ewald Elec. + LJ [V&amp;F]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2250.700664&nbsp; &nbsp; &nbsp; 240824.971&nbsp; &nbsp; &nbsp;1.0</div><div>&nbsp;NxN Ewald Elec. [F]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;160299.489552&nbsp; &nbsp; &nbsp;9778268.863&nbsp; &nbsp; 41.0</div><div>&nbsp;NxN Ewald Elec. [V&amp;F]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1953.462840&nbsp; &nbsp; &nbsp; 164090.879&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.7</div><div>&nbsp;1,4 nonbonded interactions&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;127.655106&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;11488.960&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Calc Weights&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2540.801628&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;91468.859&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.4</div><div>&nbsp;Spread Q Bspline&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;54203.768064&nbsp; &nbsp; &nbsp; 108407.536&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.5</div><div>&nbsp;Gather F Bspline&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;54203.768064&nbsp; &nbsp; &nbsp; 325222.608&nbsp; &nbsp; &nbsp;1.4</div><div>&nbsp;3D-FFT&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;69761.190336&nbsp; &nbsp; &nbsp; 558089.523&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.3</div><div>&nbsp;Solve PME&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;48.401936&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3097.724&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Reset In Box&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 42.311124&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;126.933&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;CG-CoM&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 42.412752&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;127.238&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Angles&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 88.678547&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14897.996&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1</div><div>&nbsp;Propers&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 139.355574&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;31912.426&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1</div><div>&nbsp;Impropers&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;10.650426&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2215.289&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Virial&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 10.413396&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;187.441&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Stop-CM&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8.536752&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 85.368&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Calc-Ekin&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 169.413876&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4574.175&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Lincs&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 165.281870&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 9916.912&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Lincs-Mat&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3504.083832&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14016.335&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1</div><div>&nbsp;Constraint-V&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1040.480273&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8323.842&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Constraint-Vir&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.528823&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;300.692&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Settle&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;583.493470&nbsp; &nbsp; &nbsp; 188468.391&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.8</div><div>-----------------------------------------------------------------------------</div><div>&nbsp;Total&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 23873328.747&nbsp; &nbsp;100.0</div><div><span style="font-size:14px">##########################original amber ff############################</span></div></div><div><br></div><div>##########################comb-rule=1 amber ff############################</div><div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Statistics over 25001 steps using 251 frames</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp;Energies (kJ/mol)</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Angle&nbsp; &nbsp; Proper Dih.&nbsp; Improper Dih.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ-14&nbsp; &nbsp; &nbsp;Coulomb-14</div><div>&nbsp; &nbsp; 4.01117e+03&nbsp; &nbsp; 5.20573e+03&nbsp; &nbsp; 2.78324e+02&nbsp; &nbsp; 2.02413e+03&nbsp; &nbsp; 1.68747e+04</div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ (SR)&nbsp; &nbsp;Coulomb (SR)&nbsp; &nbsp;Coul. recip.&nbsp; &nbsp; &nbsp; Potential&nbsp; &nbsp; Kinetic En.</div><div>&nbsp; &nbsp; 6.22595e+04&nbsp; &nbsp;-5.37413e+05&nbsp; &nbsp; 3.13120e+03&nbsp; &nbsp;-4.43628e+05&nbsp; &nbsp; 8.45492e+04</div><div>&nbsp; &nbsp;Total Energy&nbsp; Conserved En.&nbsp; &nbsp; Temperature Pressure (bar)&nbsp; &nbsp;Constr. rmsd</div><div>&nbsp; &nbsp;-3.59079e+05&nbsp; &nbsp;-4.40129e+05&nbsp; &nbsp; 3.00265e+02&nbsp; &nbsp;-1.82026e+02&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp;Total Virial (kJ/mol)</div><div>&nbsp; &nbsp; 3.01455e+04&nbsp; &nbsp;-9.34378e+01&nbsp; &nbsp;-1.54004e+02</div><div>&nbsp; &nbsp;-9.20285e+01&nbsp; &nbsp; 3.00302e+04&nbsp; &nbsp;-4.38835e+01</div><div>&nbsp; &nbsp;-1.53975e+02&nbsp; &nbsp;-4.42383e+01&nbsp; &nbsp; 3.00377e+04</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp;Pressure (bar)</div><div>&nbsp; &nbsp;-1.89288e+02&nbsp; &nbsp; 8.10551e+00&nbsp; &nbsp; 1.64126e+01</div><div>&nbsp; &nbsp; 7.96965e+00&nbsp; &nbsp;-1.76137e+02&nbsp; &nbsp; 7.49214e-01</div><div>&nbsp; &nbsp; 1.64098e+01&nbsp; &nbsp; 7.83424e-01&nbsp; &nbsp;-1.80654e+02</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; T-Protein&nbsp; T-non-Protein</div><div>&nbsp; &nbsp; 3.00317e+02&nbsp; &nbsp; 3.00262e+02</div><div><br></div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; M E G A - F L O P S&nbsp; &nbsp;A C C O U N T I N G</div><div><br></div><div>&nbsp;NB=Group-cutoff nonbonded kernels&nbsp; &nbsp; NxN=N-by-N cluster Verlet kernels</div><div>&nbsp;RF=Reaction-Field&nbsp; VdW=Van der Waals&nbsp; QSTab=quadratic-spline table</div><div>&nbsp;W3=SPC/TIP3p&nbsp; W4=TIP4p (single or pairs)</div><div>&nbsp;V&amp;F=Potential and force&nbsp; V=Potential only&nbsp; F=Force only</div><div><br></div><div>&nbsp;Computing:&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;M-Number&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;M-Flops&nbsp; % Flops</div><div>-----------------------------------------------------------------------------</div><div>&nbsp;Pair Search distance check&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14608.461222&nbsp; &nbsp; &nbsp; 131476.151&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.6</div><div>&nbsp;NxN Ewald Elec. + LJ [F]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 183977.095776&nbsp; &nbsp; 12142488.321&nbsp; &nbsp; 51.1</div><div>&nbsp;NxN Ewald Elec. + LJ [V&amp;F]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2242.460760&nbsp; &nbsp; &nbsp; 239943.301&nbsp; &nbsp; &nbsp;1.0</div><div>&nbsp;NxN Ewald Elec. [F]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;159476.727584&nbsp; &nbsp; &nbsp;9728080.383&nbsp; &nbsp; 40.9</div><div>&nbsp;NxN Ewald Elec. [V&amp;F]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1943.414296&nbsp; &nbsp; &nbsp; 163246.801&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.7</div><div>&nbsp;1,4 nonbonded interactions&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;127.655106&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;11488.960&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Calc Weights&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2540.801628&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;91468.859&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.4</div><div>&nbsp;Spread Q Bspline&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;54203.768064&nbsp; &nbsp; &nbsp; 108407.536&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.5</div><div>&nbsp;Gather F Bspline&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;54203.768064&nbsp; &nbsp; &nbsp; 325222.608&nbsp; &nbsp; &nbsp;1.4</div><div>&nbsp;3D-FFT&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;69761.190336&nbsp; &nbsp; &nbsp; 558089.523&nbsp; &nbsp; &nbsp;2.3</div><div>&nbsp;Solve PME&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;48.401936&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3097.724&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Reset In Box&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 42.345000&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;127.035&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;CG-CoM&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 42.412752&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;127.238&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Angles&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 88.678547&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14897.996&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1</div><div>&nbsp;Propers&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 139.355574&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;31912.426&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1</div><div>&nbsp;Impropers&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;10.650426&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2215.289&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Virial&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 10.413396&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;187.441&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Stop-CM&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8.536752&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 85.368&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Calc-Ekin&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 169.413876&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4574.175&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Lincs&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 168.515866&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;10110.952&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Lincs-Mat&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3570.772848&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14283.091&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1</div><div>&nbsp;Constraint-V&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1043.984536&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8351.876&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Constraint-Vir&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.566057&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;301.585&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0</div><div>&nbsp;Settle&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;583.673648&nbsp; &nbsp; &nbsp; 188526.588&nbsp; &nbsp; &nbsp;0.8</div><div>-----------------------------------------------------------------------------</div><div>&nbsp;Total&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 23778711.227&nbsp; &nbsp;100.0</div></div><div>##########################comb-rule=1 amber ff############################<br><br><blockquote name="replyContent" class="m_-8297629263607156023ReferenceQuote" style="padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:#b6b6b6 2px solid;margin-right:0"></blockquote></div><div><blockquote name="replyContent" class="m_-8297629263607156023ReferenceQuote" style="padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:#b6b6b6 2px solid;margin-right:0">-----Original Messages-----<br>
<b>From:</b><span id="m_-8297629263607156023rc_from">"Du, Yu" &lt;<a href="mailto:duyu@sioc.ac.cn" target="_blank">duyu@sioc.ac.cn</a>&gt;</span><br>
</blockquote></div><div><blockquote name="replyContent" class="m_-8297629263607156023ReferenceQuote" style="padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:#b6b6b6 2px solid;margin-right:0"><b>Sent Time:</b><span id="m_-8297629263607156023rc_senttime">2017-11-02 19:45:40 (Thursday)</span></blockquote></div><div><blockquote name="replyContent" class="m_-8297629263607156023ReferenceQuote" style="padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:#b6b6b6 2px solid;margin-right:0"><br>
<b>To:</b> GMX-developer &lt;<a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a>&gt;<br>
<b>Cc:</b> <br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-developers] Group cutoff-scheme simulation temperature affected by nh-chain-length<br><br>Thanks for Prof. Berk's prompt fix.<div><br></div><div>You advised that "You should never change the combination rule of a force field" in <a href="https://redmine.gromacs.org/issues/2286" target="_blank">Bug #2286</a> and because tabulized potential needs comb-rule=1, what should I do to use the amber99sb-ildn ff? (ff needed for protein-ligand simulation system) Or in Gromacs, I can only use the group cutoff-scheme and tabulized potential with gromos ff?<br><br>Could you please explain the consequence I may get when I use the comb-func=1 amber99sb-ildn ff which is changed by myself?</div><div><br></div><div>Best,&nbsp;</div><div>Yu<br><br><blockquote name="replyContent" class="m_-8297629263607156023ReferenceQuote" style="padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:#b6b6b6 2px solid;margin-right:0">-----Original Messages-----<br>
<b>From:</b><span id="m_-8297629263607156023rc_from">"Du, Yu" &lt;<a href="mailto:duyu@sioc.ac.cn" target="_blank">duyu@sioc.ac.cn</a>&gt;</span><br>
<b>Sent Time:</b><span id="m_-8297629263607156023rc_senttime">2017-11-02 14:00:40 (Thursday)</span><br>
<b>To:</b> GMX-developer &lt;<a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a>&gt;<br>
<b>Cc:</b> <br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-developers] Group cutoff-scheme simulation temperature affected by nh-chain-length<br><br>Dear GMX-Developers and Shirts,&nbsp;<div><br></div><div>To reproduce the the problem, I use the material in&nbsp;GROMACS Tutorials <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/index.html" target="_blank">Lysozyme in Water</a>.<br></div><div><br></div><div>Yes, Prof. Shirts. If I use standard vdwtype=cut-off, coulombtype=pme and cutoff-scheme=group, the simulation temperature accords with the ref_t.</div><div>If I use gromos ff and tabulized&nbsp; potential, there is no temperature problem.</div><div><br></div><div>Now the problem is pinned on the relation between tabulized potential and thermostat under amber99sb-ildn ff.</div><div><br></div><div>I filed Bug #2286 in redmine.</div><div><a href="https://redmine.gromacs.org/issues/2286" target="_blank">https://redmine.gromacs.org/issues/2286</a></div><div><br></div><div>Hope you could give some advice about this issue.</div><div><br></div><div>Yu</div><div><br><blockquote name="replyContent" class="m_-8297629263607156023ReferenceQuote" style="padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:#b6b6b6 2px solid;margin-right:0">-----Original Messages-----<br>
<b>From:</b><span id="m_-8297629263607156023rc_from">"Michael R Shirts" &lt;<a href="mailto:Michael.Shirts@Colorado.EDU" target="_blank">Michael.Shirts@Colorado.EDU</a>&gt;</span><br>
<b>Sent Time:</b><span id="m_-8297629263607156023rc_senttime">2017-10-23 19:43:38 (Monday)</span><br>
<b>To:</b> "<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a>" &lt;<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a>&gt;, GMX-developer &lt;<a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a>&gt;<br>
<b>Cc:</b> <br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-developers] Group cutoff-scheme simulation temperature affected by nh-chain-length<br><br>








<div class="m_-8297629263607156023WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">If you can file a bug report in redmine (<a href="http://redmine.gromacs.org/)" target="_blank">http://redmine.gromacs.org/)</a> with example files, that would be useful. Before you file it can you check
 if problem happens if you use standard cutoffs, instead of tabulated cutoffs? I wonder if there is some sort of code path that it’s going down.&nbsp; I will bet that combination of inputs has only very rarely been used.&nbsp; Also, you said the temperature jumps. Does
 it come back down to 310, or does it stay there?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><u></u>&nbsp;<u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">Generally, I would recommend using v-rescale instead of Nose-Hoover.&nbsp; Nose-Hoover has some known flaws; increasing the chain length is supposed to help things, but doesn’t really help that
 much for realistic systems, just with very simple ones.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><u></u>&nbsp;<u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">However, any Nose-Hoover change length should in principle give the same average, and did when the code was written.&nbsp; If it doesn’t, the code was broken somewhere, possibly because of lack
 of coverage in the regression tests and something getting out of sync.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><u></u>&nbsp;<u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri">Best,<u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">~~~~~~~~~~~~~~~~<u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">Michael Shirts<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">Associate Professor<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black"><a href="mailto:michael.shirts@colorado.edu" target="_blank"><span style="color:blue">michael.shirts@colorado.edu</span></a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black"><a href="http://www.colorado.edu/lab/shirtsgroup/" target="_blank"><span style="color:blue;text-decoration:none">http://www.colorado.edu/lab/shirtsgroup/</span></a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">Phone: (303) 735-7860<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">Office: JSCBB C123<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">Department of Chemical and Biological Engineering<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:black">University of Colorado Boulder</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:Calibri"><u></u>&nbsp;<u></u></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-family:Calibri;color:black">From: </span>
</b><span style="font-family:Calibri;color:black">&lt;<a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se</a>&gt; on behalf of "Du, Yu" &lt;<a href="mailto:duyu@sioc.ac.cn" target="_blank">duyu@sioc.ac.cn</a>&gt;<br>
<b>Reply-To: </b>"<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a>" &lt;<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a>&gt;<br>
<b>Date: </b>Monday, October 23, 2017 at 12:48 AM<br>
<b>To: </b>GMX-developer &lt;<a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a>&gt;<br>
<b>Subject: </b>[gmx-developers] Group cutoff-scheme simulation temperature affected by nh-chain-length<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Dear GMX Developer and Prof. Hess,&nbsp; <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I think this question is not common to GMX users, so I post it here.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Prof. Hess is very familiar with the tabulized potential and group cutoff scheme, so I also CC this email to you.&nbsp;<span style="font-size:10.5pt">Any advice will be appreciated.&nbsp;</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The Backgroud:<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">I simulated protein-ligand system (ref_t=300) with amber99sb-ildn ff.&nbsp;<span style="font-size:10.5pt">I used the&nbsp;normal table6-12.xvg&nbsp;tabulized potential to reproduce this problem.</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The Problem:<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt">In NVT simulation,&nbsp;integrator=md-vv, Tcoupl=nose-hoover,&nbsp;</span>coulombtype=pme-user, vdwtype=user<span style="font-size:10.5pt">. I found that at the start of the simulation, there is a temperature jump to
 around 310K (average 310K in 100ps) higher than the ref_t (300K) under&nbsp;nh-chain-length=10.</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">1)I tuned and spotted the nh-chain-length parameter. If I used&nbsp;nh-chain-length=1 there is no temperature jump and temperature can converge very well to 300K.<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">2)I replicated the same experiment in verlet scheme, the temperature converged to ref_t 300K in 100ps and no jump in&nbsp;<span style="font-size:10.5pt">nh-chain-length=2, which can 50K temperature jump (to 350K).</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The Question:<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">1)How will the&nbsp;<span style="font-size:10.5pt">nh-chain-length parameter affect the simulation temperature under the group cut-off scheme?</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">2)Is it valid to use NH (<span style="font-size:10.5pt">nh-chain-length=1) not NH chain (nh-chain-length&gt;1) to simulate the protein-ligand system?</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt">Thanks for any advice.</span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u>&nbsp;<u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt">--</span><u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal">Du, Yu<br>
PhD Student,<br>
Shanghai Institute of Organic Chemistry <u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">345 Ling Ling Rd., Shanghai, China.&nbsp;<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Zip: 200032,&nbsp;<span style="font-size:10.5pt">Tel: (86) 021 5492 5275</span></p></div></div></div></div></blockquote></div></blockquote></div></blockquote></div>--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</blockquote></div>
</blockquote><br><span>--<br>Du, Yu<br>PhD Student,<br>Shanghai Institute of Organic Chemistry<div>345 Ling Ling Rd., Shanghai, China.&nbsp;</div><div>Zip: 200032,&nbsp;<span style="font-size: 14px;">Tel: (86) 021 5492 5275</span></div></span></div></div>