<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I&#39;m able to replicate this error on two different Linux machines too. It does not depend on whether GPUs are used or not. </div><div><br></div><div>One is running Centos, GCC 6.3.1-3, CUDA 9.1, the other one is running Debian Stretch, GCC 6.3.0, CUDA 9.1.</div><div><br></div><div>It also seems there is one message displayed for every MPI task started.</div><div><br></div><div>Jernej</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 11, 2018 at 9:37 PM, Erik Lindahl <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" target="_blank">erik.lindahl@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">HI,<div><br></div><div>We did have another similar report during the beta phase, and unfortunately that too appeared to be transient, which indicates it&#39;s a Mac OS bug rather than the software :-/</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Erik </div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 11, 2018 at 2:06 PM, Carlo Camilloni <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">carlo.camilloni@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Erik<br>
<br>
Yes the header file is there, and yes in scalar it works, and you know what is weird, that know also the parallel one works..<br>
And if I remove everything and I reinstall the parallel one it also works, so it probably doesn’t matter..<br>
<br>
Carlo<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
&gt; Date: Thu, 11 Jan 2018 12:38:14 +0100<br>
&gt; From: Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@gmail.com" target="_blank">erik.lindahl@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt; To: <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
&gt; Subject: Re: [gmx-developers] Gromacs 2018: orientation restraint<br>
&gt;       regtest failing<br>
&gt; Message-ID:<br>
&gt;       &lt;CAEJJM8GrNroV-<wbr>XRjHCqjOdG0H3n=<a href="mailto:meOeqc4fDUSCyMn38dhReg@mail.gmail.com" target="_blank">meOeqc4fDUSCyMn<wbr>38dhReg@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
&gt; Content-Type: text/plain; charset=&quot;utf-8&quot;<br>
<span>&gt;<br>
&gt; Hi Carlo,<br>
&gt;<br>
&gt; Your hardware looks almost to identical to my macbook, and for me it works<br>
&gt; without problems.<br>
&gt;<br>
&gt; Could you<br>
&gt;<br>
&gt; 1) Confirm that the header file in question is present in<br>
&gt; /Users/carlo/Codes/gromacs-201<wbr>8/exe/share/gromacs/opencl<br>
&gt;<br>
&gt; 2) Try compiling without MPI - this is the only obvious setup difference I<br>
&gt; can see from what I tried.<br>
&gt;<br>
&gt; Cheers,<br>
&gt;<br>
&gt; Erik<br>
&gt;<br>
&gt; On Thu, Jan 11, 2018 at 12:16 PM, Carlo Camilloni &lt;<a href="mailto:carlo.camilloni@gmail.com" target="_blank">carlo.camilloni@gmail.com</a><br>
&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; Dear all,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; First of all once again congratulations for the new gromacs!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I have just compiled it on my MacBook Pro with OpenCL and after running<br>
&gt;&gt; the regtests I got this single failing test;<br>
&gt;&gt;<br>
</span>&gt;&gt; BTW there is this weird output always: &#39;No option -multi?<br>
<div><div class="m_5908609438363287214h5">&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;                       :-) GROMACS - gmx mdrun, 2018 (-:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;                            GROMACS is written by:<br>
&gt;&gt;     Emile Apol      Rossen Apostolov  Herman J.C. Berendsen    Par<br>
&gt;&gt; Bjelkmar<br>
&gt;&gt; Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra    Gerrit Groenhof<br>
&gt;&gt; Christoph Junghans   Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen Dimitrios<br>
&gt;&gt; Karkoulis<br>
&gt;&gt;    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner      Per Larsson<br>
&gt;&gt;  Justin A. Lemkul    Viveca Lindahl    Magnus Lundborg   Pieter Meulenhoff<br>
&gt;&gt;   Erik Marklund      Teemu Murtola       Szilard Pall       Sander Pronk<br>
&gt;&gt;   Roland Schulz     Alexey Shvetsov     Michael Shirts     Alfons Sijbers<br>
&gt;&gt;   Peter Tieleman    Teemu Virolainen  Christian Wennberg    Maarten Wolf<br>
&gt;&gt;                           and the project leaders:<br>
&gt;&gt;        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>
&gt;&gt; Copyright (c) 2001-2017, The GROMACS development team at<br>
&gt;&gt; Uppsala University, Stockholm University and<br>
&gt;&gt; the Royal Institute of Technology, Sweden.<br>
&gt;&gt; check out <a href="http://www.gromacs.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it<br>
&gt;&gt; under the terms of the GNU Lesser General Public License<br>
&gt;&gt; as published by the Free Software Foundation; either version 2.1<br>
&gt;&gt; of the License, or (at your option) any later version.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; GROMACS:      gmx mdrun, version 2018<br>
&gt;&gt; Executable:   /Users/carlo/Codes/gromacs-20<wbr>18/exe/bin/gmx_mpi<br>
&gt;&gt; Data prefix:  /Users/carlo/Codes/gromacs-201<wbr>8/exe<br>
&gt;&gt; Working dir:  /Users/carlo/Codes/gromacs-201<wbr>8/build/tests/<br>
&gt;&gt; regressiontests-2018/complex/o<wbr>rientation-restraints<br>
&gt;&gt; Command line:<br>
&gt;&gt;  gmx_mpi mdrun -notunepme<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Reading file topol.tpr, VERSION 2018 (single precision)<br>
&gt;&gt; Changing nstlist from 10 to 100, rlist from 2 to 2<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; No option -multi<br>
&gt;&gt; Using 1 MPI process<br>
&gt;&gt; 1 GPU auto-selected for this run.<br>
&gt;&gt; Mapping of GPU IDs to the 1 GPU task in the 1 rank on this node:<br>
&gt;&gt;  PP:0<br>
&gt;&gt; Compilation of source file /Users/carlo/Codes/gromacs-<br>
&gt;&gt; 2018/exe/share/gromacs/opencl/<a href="http://nbnxn_ocl_kernels.cl" rel="noreferrer" target="_blank"><wbr>nbnxn_ocl_kernels.cl</a> failed!<br>
&gt;&gt; -- Used build options: -DWARP_SIZE_TEST=64 -D_AMD_SOURCE_<br>
&gt;&gt; -DGMX_OCL_FASTGEN_ADD_TWINCUT -DEL_EWALD_ANA -DEELNAME=_ElecEw -DLJ_COMB_LB<br>
&gt;&gt; -DVDWNAME=_VdwLJCombLB -DCENTRAL=22 -DNBNXN_GPU_NCLUSTER_PER_SUPER<wbr>CLUSTER=8<br>
&gt;&gt; -DNBNXN_GPU_CLUSTER_SIZE=8 -DNBNXN_GPU_JGROUP_SIZE=4<br>
&gt;&gt; -DGMX_NBNXN_PRUNE_KERNEL_J4_CO<wbr>NCURRENCY=4 -DNBNXN_MIN_RSQ=3.82e-07f<br>
&gt;&gt; -DIATYPE_SHMEM -cl-fast-relaxed-math -I/Users/carlo/Codes/gromacs-<br>
&gt;&gt; 2018/exe/share/gromacs/opencl<br>
&gt;&gt; --------------LOG START---------------<br>
&gt;&gt; &lt;program source&gt;:80:10: fatal error: &#39;<a href="http://nbnxn_ocl_kernel_pruneonly.cl">nbnxn_ocl_kernel_pruneonly.cl</a><wbr>h&#39;<br>
&gt;&gt; file not found<br>
&gt;&gt; #include &quot;<a href="http://nbnxn_ocl_kernel_pruneonly.cl">nbnxn_ocl_kernel_pruneonly.cl</a><wbr>h&quot;<br>
&gt;&gt;         ^<br>
&gt;&gt; ---------------LOG END----------------<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ------------------------------<wbr>-------------------------<br>
&gt;&gt; Program:     gmx mdrun, version 2018<br>
&gt;&gt; Source file: src/gromacs/gpu_utils/ocl_comp<wbr>iler.cpp (line 502)<br>
&gt;&gt; Function:    cl_program gmx::ocl::compileProgram(FILE *, const std::string<br>
&gt;&gt; &amp;, const std::string &amp;, cl_context, cl_device_id, ocl_vendor_id_t)<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Internal error (bug):<br>
&gt;&gt; Failed to compile NBNXN kernels for GPU #AMD Radeon Pro 460 Compute Engine<br>
&gt;&gt;  Could not build OpenCL program, error was CL_BUILD_PROGRAM_FAILURE<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>
&gt;&gt; website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documen<wbr>tation/Errors</a><br>
&gt;&gt; ------------------------------<wbr>-------------------------<br>
&gt;&gt; ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------<br>
&gt;&gt; MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD<br>
&gt;&gt; with errorcode 1.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>
&gt;&gt; You may or may not see output from other processes, depending on<br>
&gt;&gt; exactly when Open MPI kills them.<br>
</div></div>&gt;&gt; ??????????????????????????????<wbr>???????<br>
<div><div class="m_5908609438363287214h5">&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; This is the configuration from md.log:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;  gmx_mpi mdrun -notunepme<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; GROMACS version:    2018<br>
&gt;&gt; Precision:          single<br>
&gt;&gt; Memory model:       64 bit<br>
&gt;&gt; MPI library:        MPI<br>
&gt;&gt; OpenMP support:     disabled<br>
&gt;&gt; GPU support:        OpenCL<br>
&gt;&gt; SIMD instructions:  AVX2_256<br>
&gt;&gt; FFT library:        fftw-3.3.5-sse2-avx<br>
&gt;&gt; RDTSCP usage:       enabled<br>
&gt;&gt; TNG support:        enabled<br>
&gt;&gt; Hwloc support:      hwloc-1.11.0<br>
&gt;&gt; Tracing support:    disabled<br>
&gt;&gt; Built on:           2018-01-11 08:54:21<br>
&gt;&gt; Built by:           carlo@dhcp-162-244.celoria26-<br>
&gt;&gt; <a href="http://16000022-smfn_biodip.unimi.it" rel="noreferrer" target="_blank">16000022-smfn_biodip.unimi.it</a> [CMAKE]<br>
&gt;&gt; Build OS/arch:      Darwin 17.3.0 x86_64<br>
&gt;&gt; Build CPU vendor:   Intel<br>
&gt;&gt; Build CPU brand:    Intel(R) Core(TM) i7-6700HQ CPU @ 2.60GHz<br>
&gt;&gt; Build CPU family:   6   Model: 94   Stepping: 3<br>
&gt;&gt; Build CPU features: aes apic avx avx2 clfsh cmov cx8 cx16 f16c fma hle htt<br>
&gt;&gt; intel lahf mmx msr nonstop_tsc pcid pclmuldq pdcm pdpe1gb popcnt pse rdrnd<br>
&gt;&gt; rdtscp rtm sse2 sse3 sse4.1 sse4.2 ssse3 tdt x2apic<br>
&gt;&gt; C compiler:         /Applications/Xcode.app/Conte<wbr>nts/Developer/Toolchains/<br>
&gt;&gt; XcodeDefault.xctoolchain/usr/b<wbr>in/cc AppleClang 9.0.0.9000039<br>
&gt;&gt; C compiler flags:    -march=core-avx2    -Wno-unknown-pragmas  -O3 -DNDEBUG<br>
&gt;&gt; C++ compiler:       /Applications/Xcode.app/Conte<wbr>nts/Developer/Toolchains/<br>
&gt;&gt; XcodeDefault.xctoolchain/usr/b<wbr>in/c++ AppleClang 9.0.0.9000039<br>
&gt;&gt; C++ compiler flags:  -march=core-avx2    -std=c++11  -Wno-unknown-pragmas<br>
&gt;&gt; -O3 -DNDEBUG<br>
&gt;&gt; OpenCL include dir: /System/Library/Frameworks/Ope<wbr>nCL.framework<br>
&gt;&gt; OpenCL library:     /System/Library/Frameworks/OP<wbr>ENCL.framework<br>
&gt;&gt; OpenCL version:     1.2<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Running on 1 node with total 8 cores, 8 logical cores, 1 compatible GPU<br>
&gt;&gt; Hardware detected on host dhcp-162-244.celoria26-<br>
&gt;&gt; <a href="http://16000022-smfn_biodip.unimi.it" rel="noreferrer" target="_blank">16000022-smfn_biodip.unimi.it</a> (the node of MPI rank 0):<br>
&gt;&gt;  CPU info:<br>
&gt;&gt;    Vendor: Intel<br>
&gt;&gt;    Brand:  Intel(R) Core(TM) i7-6700HQ CPU @ 2.60GHz<br>
&gt;&gt;    Family: 6   Model: 94   Stepping: 3<br>
&gt;&gt;    Features: aes apic avx avx2 clfsh cmov cx8 cx16 f16c fma hle htt intel<br>
&gt;&gt; lahf mmx msr nonstop_tsc pcid pclmuldq pdcm pdpe1gb popcnt pse rdrnd rdtscp<br>
&gt;&gt; rtm sse2 sse3 sse4.1 sse4.2 ssse3 tdt x2apic<br>
&gt;&gt;  Hardware topology: Only logical processor count<br>
&gt;&gt;  GPU info:<br>
&gt;&gt;    Number of GPUs detected: 2<br>
&gt;&gt;    #0: name: AMD Radeon Pro 460 Compute Engine, vendor: AMD, device<br>
&gt;&gt; version: OpenCL 1.2 , stat: compatible<br>
&gt;&gt;    #1: name: Intel(R) HD Graphics 530, vendor: Intel Inc., device<br>
&gt;&gt; version: OpenCL 1.2 , stat: incompatible<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Best,<br>
&gt;&gt; Carlo<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; Gromacs Developers mailing list<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; * Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/</a><br>
&gt;&gt; Support/Mailing_Lists/GMX-deve<wbr>lopers_List before posting!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support<wbr>/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; * For (un)subscribe requests visit<br>
&gt;&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/ma<wbr>ilman/listinfo/gromacs.org_gmx<wbr>-developers</a><br>
&gt;&gt; or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs<wbr>.org</a>.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@dbb.su.se" target="_blank">erik.lindahl@dbb.su.se</a>&gt;<br>
&gt; Professor of Biophysics, Dept. Biochemistry &amp; Biophysics, Stockholm<br>
&gt; University<br>
&gt; Science for Life Laboratory, Box 1031, 17121 Solna, Sweden<br>
</div></div>&gt; -------------- next part --------------<br>
&gt; An HTML attachment was scrubbed...<br>
&gt; URL: &lt;<a href="http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-developers/attachments/20180111/3e577039/attachment.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://maillist.sys.kth.se/pi<wbr>permail/gromacs.org_gmx-develo<wbr>pers/attachments/20180111/<wbr>3e577039/attachment.html</a>&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ------------------------------<br>
<span>&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Gromacs Developers mailing list<br>
&gt;<br>
&gt; * Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support<wbr>/Mailing_Lists/GMX-developers_<wbr>List</a> before posting!<br>
&gt;<br>
&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support<wbr>/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
&gt; * For (un)subscribe requests visit<br>
&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/ma<wbr>ilman/listinfo/gromacs.org_gmx<wbr>-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs<wbr>.org</a>.<br>
&gt;<br>
</span>&gt; End of gromacs.org_gmx-developers Digest, Vol 165, Issue 7<br>
&gt; ******************************<wbr>****************************<br>
<div class="m_5908609438363287214HOEnZb"><div class="m_5908609438363287214h5"><br>
--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support<wbr>/Mailing_Lists/GMX-developers_<wbr>List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support<wbr>/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/ma<wbr>ilman/listinfo/gromacs.org_gmx<wbr>-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs<wbr>.org</a>.</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_5908609438363287214gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@dbb.su.se" target="_blank">erik.lindahl@dbb.su.se</a>&gt;</div><div>Professor of Biophysics, Dept. Biochemistry &amp; Biophysics, Stockholm University</div><div>Science for Life Laboratory, Box 1031, 17121 Solna, Sweden</div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
</div></div><br>--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/<wbr>Support/Mailing_Lists/GMX-<wbr>developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/<wbr>Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/<wbr>mailman/listinfo/gromacs.org_<wbr>gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@<wbr>gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br></div>