<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I want to report a bug that I encountered when compiling the final version of Gromacs 2018.</div><div><br></div><div>The cmake command I issue is this:</div><div><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">CMAKE_PREFIX_PATH=/home/zidar/utils/fftw-3.3.6-gcc/ cmake ../gromacs-2018 -DGMX_GPU=on -DGMX_MPI=off -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/zidar/utils/gromacs-2018-gcc -DGMX_SIMD=AVX2_256</span></p></div><div><br></div><div>And the NVML library is found:</div><div><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">- Found NVML: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnvidia-ml.so  </span></p></div><div><br></div><div>When I compile mdrun, the process completes without a problem, yet the support is not there with mdrun complaining mdrun was compiled without NVML.<br></div><div><br></div><div>After the checking the various cmake-generated files, it appears the problem is in the CMakeCache.txt file, where the relevant options is set to OFF (line 698) despite being detected and presumably enabled.</div><div><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">//Use NVML support for better CUDA performance</span></p>
<p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">GMX_USE_NVML:BOOL=OFF</span></p></div><div><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><br></span></div><div>After manually editing the file, the support is there.</div><div><br></div><div>I was able to replicate this behaviour on two different workstations with the following configurations:</div><div>- Debian, GCC 6.3, CUDA 9.1</div><div>- Ubuntu, GCC 6.4, CUDA 9.0</div><div><br></div><div>I&#39;ve also found that setting the NVML support on explicity using the switch &quot;-DGMX_USE_NVML=ON&quot; makes everything work as advertised. Perhaps this behaviour should be mentioned in the documentation.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Jernej</div></div>