<div dir="ltr"><div>Dear all</div><div><br></div><div>We are planning a new HPC cluster (budget ~$300,000) for GROMACS (typical simulation size: 100,000 atoms) and I have a few questions regarding its performance characteristics which are really crucial for that.</div><div><br></div><div>1. Can 4 GPUs be used efficiently simultaneously in one compute node? I have seen some benchmarks and they usually show bad scaling to more than 2 GPUs. However, my plan is to use more CPU power for each node than in all the benchmarks I found. Is that going to help or is the bottleneck somewhere else than CPU power?</div><div><br></div><div>2. Is NVLINK going to have a positive performance impact?</div><div><br></div><div>3. We consider using AMD EPYC CPUs instead of Intel Xeon for price/performance reasons. However, I saw some recent benchmarks which showed substantial performance gains when using AVX-512 (which only Intel supports at the moment). However, these benchmarks were done without GPU acceleration. I would guess that most of the calculations that benefit from AVX-512 are actually offloaded to the GPU anyway. So my question boils down to: is there any disadvantage when using AMD EPYC CPUs that I should be aware of?</div><div><br></div><div>Any help would be highly appreciated. Best regards and thanks in advance,</div><div><br></div><div>Alexander Vogel &amp; Johanna Tiemann</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="font-size:small"><span style="font-size:12.8px">Johanna Tiemann, MSc</span><br></div><div style="font-size:small">AG ProteInformatics / Hildebrand lab</div><div style="font-size:small">Institute of Medical Physics and Biophysics</div><div style="font-size:small">University Leipzig</div><div style="font-size:small">Härtelstr. 16-18, 04107 Leipzig</div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small">Phone: +49 <span style="font-size:12.8px">341 - 97 157 60</span></div><div style="font-size:small"><span style="font-size:12.8px">mobile: +49 </span><span style="font-size:12.8px">176 - </span><span style="font-size:12.8px">832 798 51</span></div><div style="font-size:small"><span style="font-size:12.8px">skype: minga-madl</span></div></div></div></div></div></div></div>
</div>