<div dir="ltr">Hello everyone,<div><br></div><div>I was trying to understand fields in the <font face="monospace">t_state</font> class and it looks like there is some disparity during the run which I cannot make sense of. I ran the code for two topologies experiments with the following arguments</div><div><br></div><div><font face="monospace">mdrun -s m.tpr -rerun m.gro -e m.edr -g m.log</font></div><div><br></div><div>1. A topology which had <b>1960 atoms </b>but the <b>fields for coordinates (x) and velocities (v) had 1968</b> items.</div><div>2. A topology which had <b>1793 atoms </b>but the <b>fields for coordinates (x) and velocities (v) had 1808</b> items.</div><div><br></div><div>These numbers that I am reporting have been retrieved while debugging for the fields <font face="monospace">natoms</font>, <font face="monospace">x</font> and <font face="monospace">v</font> of <font face="monospace">t_state</font>.</div><div><br></div><div>The comments for <span style="font-family:monospace">t_state</span> state that the lists should have been of the same size as number of atoms. However this doesn&#39;t seem to be the case. Could somebody verify if this is expected? If yes, why so?</div><div><br></div><div>Thank you!</div></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">Regards,<br>Sanyam Kapoor<br>Masters in Computer Science<br>Courant Institute, New York University<br><a href="https://www.sanyamkapoor.com">https://www.sanyamkapoor.com</a></div>