<table style="width: 99.8%; "><tbody><tr><td id="QQMAILSTATIONERY" style="background:url(https://rescdn.qqmail.com/zh_CN/htmledition/images/xinzhi/bg/a_12.jpg) repeat-x left bottom #e3ebf4; min-height:550px; padding: 100px 55px 200px; ">Hello everyone,<br><br>I have a problem on how mdrun works. In update.cpp in gromacs/mdlib,<br>we have the following line in function "updateMDLeapfrogGeneral" :<br><br>v[n][d]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = vNew;<br>xprime[n][d]&nbsp; = x[n][d] + vNew*dt;<br><br>here we update xprime. but I could not find where x[n][d] is updated before the next loop.<br><br>Thank you for your help!<br><br>Regards,<br>Helena<br>Shanghai Jiao Tong University<br></td></tr></tbody></table>