<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>These are good questions for the gmx-users mailing list. On this list we discuss issues pertaining to the code, rather than the use of the code. Thanks!</div><div><br></div><div>Mark</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, Apr 3, 2018 at 10:26 PM Sanyam Kapoor &lt;<a href="mailto:sanyam@nyu.edu">sanyam@nyu.edu</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I was wondering if there is a principled way to perturb molecules and then see its energy converge to the stationary state via the simulation. Perturbation could mean changing the coordinates of the atoms, changing angles dihedrals etc. Anything related to the topology. I want to see this without the addition of any solvents in the environment.</div><div><br></div><div>My concern is that if I perturb randomly, the molecule may no more remain in a valid state (bad bond distance or bad angles/dihedrals etc.). Any ideas here?</div><div><br></div><div>Another question is that if I pick up any molecule from Protein DataBank and run a simulation without any solvent addition, does it converge further or are those molecules already on some minimum energy value attainable?</div><div><br></div><div>Please correct me if I miss some part of the molecular dynamics pipeline.</div></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_3201789964682863331gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Regards,<br>Sanyam Kapoor<br>Masters in Computer Science<br>Courant Institute, New York University<br><a href="https://www.sanyamkapoor.com" target="_blank">https://www.sanyamkapoor.com</a></div></div>
--<br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</blockquote></div>