Dear Prof. Hess,&nbsp;<div><br></div><div>If I use normal table6-12.xvg for the system and zero for coul in user Protein-LIG table, should Coul-SR of Protein-LIG in log file be zero or something else?</div><div><br></div><div>I'm now a bit confused of previous post of <a href="https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2017-October/116418.html" target="_blank">your explaination</a> "<i style="white-space: pre-wrap;">All you need to know is that up to the cut-off </i><i style="white-space: pre-wrap;">distance, you exactly get the interaction you set in the table. Beyond </i><i style="white-space: pre-wrap;">the cut-off you get 1/r.</i>"&nbsp;</div><div><br></div><div>and <a href="http://manual.gromacs.org/documentation/2016-current/user-guide/mdp-options.html#mdp-value-coulombtype=PME-User" target="_blank">the manual</a> "<span style="font-family: sans-serif; font-size: 16px; text-align: justify;">The PME mesh contribution is subtracted from the user table by&nbsp;</span><span class="std std-ref" style="color: rgb(53, 95, 124); text-decoration-line: underline; font-family: sans-serif; font-size: 16px; text-align: justify;"><a class="reference internal" href="http://manual.gromacs.org/documentation/2016-current/onlinehelp/gmx-mdrun.html#gmx-mdrun" style="color: rgb(53, 95, 124); text-decoration-line: underline; font-family: sans-serif; font-size: 16px; text-align: justify;" target="_blank">gmx mdrun</a></span>"</div><div><br></div><div>The following shows the log file using normal table6-12.xvg for system and zero coul (1/r = 1/r^2 = 0) table for Protein-LIG, which indicates that Coul-SR of Protein-LIG is not zero. Is this correct?</div><div><br><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;======&nbsp; ###############&nbsp; ==&gt;</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;====&nbsp; A V E R A G E S&nbsp; ====&gt;</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;==&nbsp; ###############&nbsp; ======&gt;</span></div><div><span style="font-size: 14px;"><br></span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Statistics over 5001 steps using 51 frames</span></div><div><span style="font-size: 14px;"><br></span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp;Energies (kJ/mol)</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Bond&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Angle&nbsp; &nbsp; Proper Dih.&nbsp; Improper Dih.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ-14</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; 1.40558e+03&nbsp; &nbsp; 3.54366e+03&nbsp; &nbsp; 4.51051e+03&nbsp; &nbsp; 2.20736e+02&nbsp; &nbsp; 1.56122e+03</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; &nbsp;Coulomb-14&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ (SR)&nbsp; &nbsp;Coulomb (SR)&nbsp; &nbsp;Coul. recip.&nbsp; &nbsp; &nbsp; Potential</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; 1.97118e+04&nbsp; &nbsp; 5.38376e+04&nbsp; &nbsp;-4.25523e+05&nbsp; &nbsp;-6.57729e+04&nbsp; &nbsp;-4.06504e+05</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; Kinetic En.&nbsp; &nbsp;Total Energy&nbsp; Conserved En.&nbsp; &nbsp; Temperature Pressure (bar)</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; 7.55000e+04&nbsp; &nbsp;-3.31004e+05&nbsp; &nbsp;-3.30639e+05&nbsp; &nbsp; 3.00015e+02&nbsp; &nbsp;-3.96800e+00</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp;Constr. rmsd</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size: 14px;"><br></span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp;Total Virial (kJ/mol)</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; 2.54108e+04&nbsp; &nbsp; 9.83166e+01&nbsp; &nbsp; 3.71371e+01</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; 1.00317e+02&nbsp; &nbsp; 2.49036e+04&nbsp; &nbsp;-1.06969e+02</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; 3.08843e+01&nbsp; &nbsp;-1.09834e+02&nbsp; &nbsp; 2.52938e+04</span></div><div><span style="font-size: 14px;"><br></span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp;Pressure (bar)</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp;-2.99929e+01&nbsp; &nbsp;-1.19294e+01&nbsp; &nbsp;-1.09946e+01</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp;-1.21497e+01&nbsp; &nbsp; 2.62908e+01&nbsp; &nbsp; 1.50508e+01</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp;-1.03063e+01&nbsp; &nbsp; 1.53662e+01&nbsp; &nbsp;-8.20183e+00</span></div><div><span style="font-size: 14px;"><br></span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; Epot (kJ/mol)&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Coul-SR&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ-SR&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Coul-14&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ-14</span></div><div><span style="font-size: 14px;">Protein-Protein&nbsp; &nbsp;-8.09188e+03&nbsp; &nbsp;-3.07618e+03&nbsp; &nbsp; 2.00961e+04&nbsp; &nbsp; 1.55028e+03</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; Protein-LIG&nbsp; &nbsp;-9.46680e+01&nbsp; &nbsp; 5.65296e+00&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp;Protein-rest&nbsp; &nbsp;-8.75772e+03&nbsp; &nbsp;-1.15608e+03&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LIG-LIG&nbsp; &nbsp; 2.51151e+00&nbsp; &nbsp;-6.58865e+00&nbsp; &nbsp;-3.84257e+02&nbsp; &nbsp; 1.09372e+01</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;LIG-rest&nbsp; &nbsp;-5.16843e+02&nbsp; &nbsp;-3.54080e+01&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; &nbsp; rest-rest&nbsp; &nbsp;-4.08064e+05&nbsp; &nbsp; 5.81062e+04&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size: 14px;"><br></span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; T-Protein_LIGT-Water_and_ions</span></div><div><span style="font-size: 14px;">&nbsp; &nbsp; 2.99468e+02&nbsp; &nbsp; 3.00058e+02</span></div><div><br></div><span>--<br>Du, Yu<br>PhD Student,<br>Shanghai Institute of Organic Chemistry<div>345 Ling Ling Rd., Shanghai, China.&nbsp;</div><div>Zip: 200032,&nbsp;<span style="font-size: 14px;">Tel: (86) 021 5492 5275</span></div></span></div>