<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>This would be a thread better suited to gmx-users, since it does not relate to developing GROMACS.</div><div><br></div><div>You will be able to understand better if you use mdrun -rerun to compute the energy for single frames with e.g. single particles at distances you determine in advance. Examining averages from simulations makes it hard to observe that you are computing what you expect. :-)</div><div><br></div><div>The SR component is not the same as the contribution from your table, because the long-range component of PME also computes small contributions at short distances. Thus Berk&#39;s comment that in the group scheme the PME mesh contribution (ie at short range) is subtracted by mdrun from your table to form the tables it actually uses. Thus the total interaction at short range is what you specified in the original table, and 1/r at greater range.</div><div><br></div><div>Mark</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, May 29, 2018 at 5:12 PM Du, Yu &lt;<a href="mailto:duyu@sioc.ac.cn">duyu@sioc.ac.cn</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Prof. Hess, <div><br></div><div>If I use normal table6-12.xvg for the system and zero for coul in user Protein-LIG table, should Coul-SR of Protein-LIG in log file be zero or something else?</div><div><br></div><div>I&#39;m now a bit confused of previous post of <a href="https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2017-October/116418.html" target="_blank">your explaination</a> &quot;<i style="white-space:pre-wrap">All you need to know is that up to the cut-off </i><i style="white-space:pre-wrap">distance, you exactly get the interaction you set in the table. Beyond </i><i style="white-space:pre-wrap">the cut-off you get 1/r.</i>&quot; </div><div><br></div><div>and <a href="http://manual.gromacs.org/documentation/2016-current/user-guide/mdp-options.html#mdp-value-coulombtype=PME-User" target="_blank">the manual</a> &quot;<span style="font-family:sans-serif;font-size:16px;text-align:justify">The PME mesh contribution is subtracted from the user table by </span><span class="m_-8044208306725633742std m_-8044208306725633742std-ref" style="color:rgb(53,95,124);text-decoration-line:underline;font-family:sans-serif;font-size:16px;text-align:justify"><a class="m_-8044208306725633742reference m_-8044208306725633742internal" href="http://manual.gromacs.org/documentation/2016-current/onlinehelp/gmx-mdrun.html#gmx-mdrun" style="color:rgb(53,95,124);text-decoration-line:underline;font-family:sans-serif;font-size:16px;text-align:justify" target="_blank">gmx mdrun</a></span>&quot;</div><div><br></div><div>The following shows the log file using normal table6-12.xvg for system and zero coul (1/r = 1/r^2 = 0) table for Protein-LIG, which indicates that Coul-SR of Protein-LIG is not zero. Is this correct?</div><div><br><div><span style="font-size:14px">        &lt;======  ###############  ==&gt;</span></div><div><span style="font-size:14px">        &lt;====  A V E R A G E S  ====&gt;</span></div><div><span style="font-size:14px">        &lt;==  ###############  ======&gt;</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">        Statistics over 5001 steps using 51 frames</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">   Energies (kJ/mol)</span></div><div><span style="font-size:14px">           Bond          Angle    Proper Dih.  Improper Dih.          LJ-14</span></div><div><span style="font-size:14px">    1.40558e+03    3.54366e+03    4.51051e+03    2.20736e+02    1.56122e+03</span></div><div><span style="font-size:14px">     Coulomb-14        LJ (SR)   Coulomb (SR)   Coul. recip.      Potential</span></div><div><span style="font-size:14px">    1.97118e+04    5.38376e+04   -4.25523e+05   -6.57729e+04   -4.06504e+05</span></div><div><span style="font-size:14px">    Kinetic En.   Total Energy  Conserved En.    Temperature Pressure (bar)</span></div><div><span style="font-size:14px">    7.55000e+04   -3.31004e+05   -3.30639e+05    3.00015e+02   -3.96800e+00</span></div><div><span style="font-size:14px">   Constr. rmsd</span></div><div><span style="font-size:14px">    0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">   Total Virial (kJ/mol)</span></div><div><span style="font-size:14px">    2.54108e+04    9.83166e+01    3.71371e+01</span></div><div><span style="font-size:14px">    1.00317e+02    2.49036e+04   -1.06969e+02</span></div><div><span style="font-size:14px">    3.08843e+01   -1.09834e+02    2.52938e+04</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">   Pressure (bar)</span></div><div><span style="font-size:14px">   -2.99929e+01   -1.19294e+01   -1.09946e+01</span></div><div><span style="font-size:14px">   -1.21497e+01    2.62908e+01    1.50508e+01</span></div><div><span style="font-size:14px">   -1.03063e+01    1.53662e+01   -8.20183e+00</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">  Epot (kJ/mol)        Coul-SR          LJ-SR        Coul-14          LJ-14</span></div><div><span style="font-size:14px">Protein-Protein   -8.09188e+03   -3.07618e+03    2.00961e+04    1.55028e+03</span></div><div><span style="font-size:14px">    Protein-LIG   -9.46680e+01    5.65296e+00    0.00000e+00    0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size:14px">   Protein-rest   -8.75772e+03   -1.15608e+03    0.00000e+00    0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size:14px">        LIG-LIG    2.51151e+00   -6.58865e+00   -3.84257e+02    1.09372e+01</span></div><div><span style="font-size:14px">       LIG-rest   -5.16843e+02   -3.54080e+01    0.00000e+00    0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size:14px">      rest-rest   -4.08064e+05    5.81062e+04    0.00000e+00    0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">  T-Protein_LIGT-Water_and_ions</span></div><div><span style="font-size:14px">    2.99468e+02    3.00058e+02</span></div><div><br></div><span>--<br>Du, Yu<br>PhD Student,<br>Shanghai Institute of Organic Chemistry<div>345 Ling Ling Rd., Shanghai, China. </div><div>Zip: 200032, <span style="font-size:14px">Tel: (86) 021 5492 5275</span></div></span></div>-- <br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</blockquote></div>