Hi,&nbsp;<div><br></div><div>As 'the PME mesh contribution (ie at short range) is subtracted by mdrun from the table to form the tables it actually uses', the Coul-SR value of the Protein-LIG is the one that before subtraction or after substrction?</div><div><br></div><div>I guess the Coul-SR of the Protein-LIG is the value before subtraction, right?</div><div><br></div><div>Regards,&nbsp;</div><div>Yu<br><br><br><blockquote name="replyContent" class="ReferenceQuote" style="padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:#b6b6b6 2px solid;margin-right:0">-----Original Messages-----<br>
<b>From:</b><span id="rc_from">"Mark Abraham" &lt;mark.j.abraham@gmail.com&gt;</span><br>
<b>Sent Time:</b><span id="rc_senttime">2018-06-04 23:26:00 (Monday)</span><br>
<b>To:</b> gmx-developers@gromacs.org<br>
<b>Cc:</b> <br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-developers] Still one question about pme-user with user potential table and energygroup<br><br><div dir="ltr"><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, Jun 4, 2018 at 4:52 PM Du, Yu &lt;<a href="mailto:duyu@sioc.ac.cn" target="_blank">duyu@sioc.ac.cn</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Mark,&nbsp;<div><br></div><div>Thanks for your reply. I agree with your single point energy protocol.&nbsp;</div><div><br></div><div>But if you grasp the details of the question I posted here, you will find that I used&nbsp;energygrps=Protein LIG and&nbsp;energygrp-table=Protein LIG in .mdp file, and I used normal table6-12.xvg for the system and zero for coul in user Protein-LIG table. So I expect that the average Coul-SR of the Protein-LIG should be zero.</div></blockquote><div><br></div><div>As I said last time, the SR component is not the same as the table contribution when you are also using PME. So the expectation that the SR component is zero for a zero table cannot be met.</div><div><br></div><div>Mark</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Because Berk said that he hasn't been in the GMX-User list already, I posted the question in GMX-developer. If my confusion gets cleared, I will CC the thread containing whole conversation to GMX-User.</div><div><br></div><div><br></div><div>Regards,&nbsp;</div><div>Yu<br><br><blockquote name="replyContent" class="m_8691818932346062139ReferenceQuote" style="padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:#b6b6b6 2px solid;margin-right:0">-----Original Messages-----<br>
<b>From:</b><span id="m_8691818932346062139rc_from">"Mark Abraham" &lt;<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com" target="_blank">mark.j.abraham@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<b>Sent Time:</b><span id="m_8691818932346062139rc_senttime">2018-05-31 23:57:39 (Thursday)</span><br>
<b>To:</b> <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<b>Cc:</b> GMX-developer &lt;<a href="mailto:gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se" target="_blank">gromacs.org_gmx-developers@maillist.sys.kth.se</a>&gt;<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-developers] Still one question about pme-user with user potential table and energygroup</blockquote></div><div><blockquote name="replyContent" class="m_8691818932346062139ReferenceQuote" style="padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:#b6b6b6 2px solid;margin-right:0"><br><br><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>This would be a thread better suited to gmx-users, since it does not relate to developing GROMACS.</div><div><br></div><div>You will be able to understand better if you use mdrun -rerun to compute the energy for single frames with e.g. single particles at distances you determine in advance. Examining averages from simulations makes it hard to observe that you are computing what you expect. :-)</div><div><br></div><div>The SR component is not the same as the contribution from your table, because the long-range component of PME also computes small contributions at short distances. Thus Berk's comment that in the group scheme the PME mesh contribution (ie at short range) is subtracted by mdrun from your table to form the tables it actually uses. Thus the total interaction at short range is what you specified in the original table, and 1/r at greater range.</div><div><br></div><div>Mark</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, May 29, 2018 at 5:12 PM Du, Yu &lt;<a href="mailto:duyu@sioc.ac.cn" target="_blank">duyu@sioc.ac.cn</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Prof. Hess,&nbsp;<div><br></div><div>If I use normal table6-12.xvg for the system and zero for coul in user Protein-LIG table, should Coul-SR of Protein-LIG in log file be zero or something else?</div><div><br></div><div>I'm now a bit confused of previous post of <a href="https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2017-October/116418.html" target="_blank">your explaination</a> "<i style="white-space:pre-wrap">All you need to know is that up to the cut-off </i><i style="white-space:pre-wrap">distance, you exactly get the interaction you set in the table. Beyond </i><i style="white-space:pre-wrap">the cut-off you get 1/r.</i>"&nbsp;</div><div><br></div><div>and <a href="http://manual.gromacs.org/documentation/2016-current/user-guide/mdp-options.html#mdp-value-coulombtype=PME-User" target="_blank">the manual</a> "<span style="font-family:sans-serif;font-size:16px;text-align:justify">The PME mesh contribution is subtracted from the user table by&nbsp;</span><span class="m_8691818932346062139m_-8044208306725633742std m_8691818932346062139m_-8044208306725633742std-ref" style="color:rgb(53,95,124);text-decoration-line:underline;font-family:sans-serif;font-size:16px;text-align:justify"><a class="m_8691818932346062139m_-8044208306725633742reference m_8691818932346062139m_-8044208306725633742internal" href="http://manual.gromacs.org/documentation/2016-current/onlinehelp/gmx-mdrun.html#gmx-mdrun" style="color:rgb(53,95,124);text-decoration-line:underline;font-family:sans-serif;font-size:16px;text-align:justify" target="_blank">gmx mdrun</a></span>"</div><div><br></div><div>The following shows the log file using normal table6-12.xvg for system and zero coul (1/r = 1/r^2 = 0) table for Protein-LIG, which indicates that Coul-SR of Protein-LIG is not zero. Is this correct?</div><div><br><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;======&nbsp; ###############&nbsp; ==&gt;</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;====&nbsp; A V E R A G E S&nbsp; ====&gt;</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;==&nbsp; ###############&nbsp; ======&gt;</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Statistics over 5001 steps using 51 frames</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp;Energies (kJ/mol)</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Bond&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Angle&nbsp; &nbsp; Proper Dih.&nbsp; Improper Dih.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ-14</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; 1.40558e+03&nbsp; &nbsp; 3.54366e+03&nbsp; &nbsp; 4.51051e+03&nbsp; &nbsp; 2.20736e+02&nbsp; &nbsp; 1.56122e+03</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; &nbsp;Coulomb-14&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ (SR)&nbsp; &nbsp;Coulomb (SR)&nbsp; &nbsp;Coul. recip.&nbsp; &nbsp; &nbsp; Potential</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; 1.97118e+04&nbsp; &nbsp; 5.38376e+04&nbsp; &nbsp;-4.25523e+05&nbsp; &nbsp;-6.57729e+04&nbsp; &nbsp;-4.06504e+05</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; Kinetic En.&nbsp; &nbsp;Total Energy&nbsp; Conserved En.&nbsp; &nbsp; Temperature Pressure (bar)</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; 7.55000e+04&nbsp; &nbsp;-3.31004e+05&nbsp; &nbsp;-3.30639e+05&nbsp; &nbsp; 3.00015e+02&nbsp; &nbsp;-3.96800e+00</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp;Constr. rmsd</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp;Total Virial (kJ/mol)</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; 2.54108e+04&nbsp; &nbsp; 9.83166e+01&nbsp; &nbsp; 3.71371e+01</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; 1.00317e+02&nbsp; &nbsp; 2.49036e+04&nbsp; &nbsp;-1.06969e+02</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; 3.08843e+01&nbsp; &nbsp;-1.09834e+02&nbsp; &nbsp; 2.52938e+04</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp;Pressure (bar)</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp;-2.99929e+01&nbsp; &nbsp;-1.19294e+01&nbsp; &nbsp;-1.09946e+01</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp;-1.21497e+01&nbsp; &nbsp; 2.62908e+01&nbsp; &nbsp; 1.50508e+01</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp;-1.03063e+01&nbsp; &nbsp; 1.53662e+01&nbsp; &nbsp;-8.20183e+00</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; Epot (kJ/mol)&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Coul-SR&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ-SR&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Coul-14&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LJ-14</span></div><div><span style="font-size:14px">Protein-Protein&nbsp; &nbsp;-8.09188e+03&nbsp; &nbsp;-3.07618e+03&nbsp; &nbsp; 2.00961e+04&nbsp; &nbsp; 1.55028e+03</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; Protein-LIG&nbsp; &nbsp;-9.46680e+01&nbsp; &nbsp; 5.65296e+00&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp;Protein-rest&nbsp; &nbsp;-8.75772e+03&nbsp; &nbsp;-1.15608e+03&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; LIG-LIG&nbsp; &nbsp; 2.51151e+00&nbsp; &nbsp;-6.58865e+00&nbsp; &nbsp;-3.84257e+02&nbsp; &nbsp; 1.09372e+01</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;LIG-rest&nbsp; &nbsp;-5.16843e+02&nbsp; &nbsp;-3.54080e+01&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; &nbsp; rest-rest&nbsp; &nbsp;-4.08064e+05&nbsp; &nbsp; 5.81062e+04&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00&nbsp; &nbsp; 0.00000e+00</span></div><div><span style="font-size:14px"><br></span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; T-Protein_LIGT-Water_and_ions</span></div><div><span style="font-size:14px">&nbsp; &nbsp; 2.99468e+02&nbsp; &nbsp; 3.00058e+02</span></div><div><br></div><span>--<br>Du, Yu<br>PhD Student,<br>Shanghai Institute of Organic Chemistry<div>345 Ling Ling Rd., Shanghai, China.&nbsp;</div><div>Zip: 200032,&nbsp;<span style="font-size:14px">Tel: (86) 021 5492 5275</span></div></span></div>-- <br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</blockquote></div></blockquote></div>-- <br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</blockquote></div></div></blockquote></div>