<HTML><BODY><p>Dear developers!</p><p>In processing of results of REMD there were inconveniences which, I think, <br>it will be easy to eliminate in future versions of Gromacs.</p><p>1. Command <br> gmx cluster ... -cl somefile.pdb ...<br>unlike command<br> gmx trjconv ... -o somefile.pdb ...<br>doesn't form record about the box sizes in the PDB file:<br>CRYST1 boxx boxy boxz ...</p><p>As a result, subsequent call <br>gmx hbond .. -f somefile.pdb ....<br>deals to the error:</p><p>Program: gmx hbond, version 2016.2<br>Source file: src\gromacs\gmxana\gmx_hbond.cpp (line 947)<br>Fatal error:<br>Your computational box has shrunk too much.<br>gmx hbond can not handle this situation, sorry.</p><p>Manual addition the record CRYST1 to pdb-file solves this problem.<br>I suggest to add formation of the record CRYST1 to output pdb, <br>formed by the gmx cluster command.</p><p>2. The gmx trjconv command can select parts of a trajectory by means of the index file: - sub index.ndx:</p><p>"Use option -sub. This assumes that the entries in the index file are frame numbers and <br>dumps each group in the index file to a separate trajectory file."</p><p>It would be very convenient if the "gmx cluster" command could form, <br>optionally, index files for the found clusters.</p><p>Now this problem is solved by copying of times from gmx cluster command's log-file <br>and transformation of times to indexes of frames manually. This is very uncomfortable.</p><p>Sincerely yours,<br>Boris Timofeev</p><br><br><br>-- <br>Boris Timofeev</BODY></HTML>