<div dir="ltr">Hi,<br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Sat, Aug 4, 2018 at 8:12 PM Theodore Omtzigt &lt;<a href="mailto:theo@stillwater-sc.com">theo@stillwater-sc.com</a>&gt; wrote:</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div class="gmail-m_-2372844935958421545gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br></div><div>It doesn&#39;t need to be low hanging fruit. We are building a custom supercomputer for this, </div><div>so we are interested how to speed up this workload.</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>What Mark is saying is that MD codes are almost entirely floating-point limited, and the last few years we have been pretty good at improving algorithms to the point where we reach a decent fraction of the max theoretical FLOP-rate, including single-precision SIMD instructions. Using modern Skylake-EP x86 cores (dual avx512 FMA SIMD units) as an example, that means the theoretical FLOP-rate of each core is 2*16*2=64 flops per cycle, and our inner kernels can get quite close to that rate.</div><div><br></div><div>For any new floating-point format to be competitive, it would need to provide similar performance per core. I haven&#39;t studied the details of posits, but unless you can execute them e.g. with single integer instructions, you will need a new custom chip architecture rather than just building a computer :-)</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div class="gmail-m_-2372844935958421545gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br></div><div>In broad strokes, posits improve on IEEE float in reduced complexity, higher accuracy, </div><div>and adherence to associative and distributive laws of arithmetic. The latter is where</div><div>the reproducibility comes from.</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>... and I predict none of that is going to be relevant at all to users if it comes at the cost of 10x lower performance :-)</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div class="gmail-m_-2372844935958421545gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br></div><div>If we need some education on how best to apply this to MM-style MDs, we are eager</div><div>to learn how best to apply this from GROMACS SMEs.</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>While I think innovation is great in general, the caveat for us is that I think we have experience with 5-10 esoteric/new/special architectures that never made it into the market for various reasons ;-) So, the one thing that would be interesting is benchmarks showing posits provide higher absolute performance for a highly optimized floating-point limited algorithm that already used single precision on a broadly available architecture.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Erik</div><div><br></div><div><br></div><div> </div></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@dbb.su.se" target="_blank">erik.lindahl@dbb.su.se</a>&gt;</div><div>Professor of Biophysics, Dept. Biochemistry &amp; Biophysics, Stockholm University</div><div>Science for Life Laboratory, Box 1031, 17121 Solna, Sweden</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>