<div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px">Hi Colin,    </span></div><div dir="ltr"><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px">      Take a look at the custom force plugins.  These may not be efficient for </span><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px">most of the hydrogens on a large protein (they were designed for relatively</span><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px"> sparse restraints), but they should at least get you started. </span></div><div dir="ltr"><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div dir="ltr"><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px">API for doing this:  </span><a href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty484" rel="noreferrer" target="_blank" style="color:rgb(126,87,194);font-family:sans-serif;font-size:13px">https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty484</a><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px"><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px">Application to ensemble-averaged restraints for DEER:</span><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px"><a href="https://doi.org/10.1002/anie.201810462" rel="noreferrer" target="_blank" style="color:rgb(126,87,194);font-family:sans-serif;font-size:13px">https://doi.org/10.1002/anie.201810462</a><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px"><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div dir="ltr"><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px">Best,</span><br style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px"><span style="color:rgb(33,33,33);font-family:sans-serif;font-size:13px">--Peter<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><br>----------------------------------------------------------------------<br>Peter Kasson, MD, PhD<br>Associate Professor<br>Departments of Molecular Physiology and Biological Physics<br>and of Biomedical Engineering<br>University of Virginia<br></div></div></div></div></div></div></span><br></div></div>