
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">

<p style="margin-top:0;margin-bottom:0"></p>

<p class="MsoNormal">Dear all,</p>

<p class="MsoNormal"><br>

</p>

<p class="MsoNormal">We are currently working on a project at the University of Manchester, which involves using GROMACS to understand the molecular dynamics of the biological machines for the walkers dynein and kinesin. However, when using the command

<i style="mso-bidi-font-style:normal">gmx_d pdb2gmx -f 5nvu_clean.pdb -o 5nvu_processed.gro -water spce

</i>and selecting force field any force field 1-15, a resulting error “residue ‘UNK’ not found in residue topology” occurs. After searching and applying many solutions, a fatal error still occurs, what would you suggest we do? Would there be a force field not

 listed that we could use? The protein ID’s used are 5NVU and 3U06.<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><br>

</p>

<p class="MsoNormal">Kind Regards,<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal">Matthew Atkinson<o:p></o:p></p>

<br>

<p></p>

</div>

</body>

</html>