
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">

</head>

<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

Hi,<br>

It is great that you are using GROMACS. This question may be better suited to the gmx-users list:<br>

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>

Regards,<br>

Benson<br>

<p><br>

</p>

<div class="moz-cite-prefix">On 2/15/19 3:17 PM, Matthew Atkinson wrote:<br>

</div>

<blockquote type="cite" cite="mid:DB3PR0102MB3436C9880CC5B408BD8625C6F1600@DB3PR0102MB3436.eurprd01.prod.exchangelabs.com">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">

<p class="MsoNormal">Dear all,</p>

<p class="MsoNormal"><br>

</p>

<p class="MsoNormal">We are currently working on a project at the University of Manchester, which involves using GROMACS to understand the molecular dynamics of the biological machines for the walkers dynein and kinesin. However, when using the command

<i style="mso-bidi-font-style:normal">gmx_d pdb2gmx -f 5nvu_clean.pdb -o 5nvu_processed.gro -water spce

</i>and selecting force field any force field 1-15, a resulting error “residue ‘UNK’ not found in residue topology” occurs. After searching and applying many solutions, a fatal error still occurs, what would you suggest we do? Would there be a force field not

 listed that we could use? The protein ID’s used are 5NVU and 3U06.<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal"><br>

</p>

<p class="MsoNormal">Kind Regards,<o:p></o:p></p>

<p class="MsoNormal">Matthew Atkinson<o:p></o:p></p>

<br>

</div>

<br>

<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset> </blockquote>

</body>

</html>