<div dir="ltr"><div dir="ltr">Good day. In case this is not a trivial question. I&#39;ve mainly used gmx charmm36 (mars 2014) force-field. I emailed this potential issue to VMD directly before, haven&#39;t received reply. Made me wonder if GMX correctly outputs the sidechain of GLY as a L-amino acid, since vmd reads the sidechain as the CA-atom of GLY. <br>A minor change in the topology files should fix this, however just wanted to alarm in case this is an overlooked issue with most force-fields.<br>This causes a very minor discrepancy in my analysis of insulin systems, however I went past it somewhat awkwardly with vmd commands:<br></div><div dir="ltr">atomselect macro scGLY {name HA2}<div>atomselect macro mcGLY {name H1 H2 H3 HN HA1}</div><div><br></div><div>Best regards (bästa hälsningar),<br>Henry Wittler</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><div><div><i>Good day.</i></div><div><i><br></i></div><div><i>Thanks for the good software, I use it for my extensive Insulin simulation analysis, using gromacs v.5.0.4. charmm 36.<br><br>Just reporting what I think is a bug in <span class="gmail-il">vmd</span> 1.9.3.<br><br></i></div><div><i>The glycine HA1, and HA2 appears correctly when selecting the atoms on <span class="gmail-il">vmd</span>-window (confirming with L/D configuration). However when using atom-selection with macro &#39;sidechain&#39; it chooses HA1 of glycines, however HA2 I believe is the correct sidechain.</i></div><div><i><br></i></div><div><i>To compare with the insulin PDB I compare with it uses HA2 for the backbone hydrogen and HA3 for the sidechain hydrogen.</i></div></div></div></div></div>