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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi All,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I&#8217;ve built Gromacs 2019 on both a CentOS 7 and SLES12 machine.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Built using gcc@7.2.0<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Dependencies:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">fftw@3.3.8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">openmpi@3.1.3<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">When running &#8220;make check&#8221; on both machines, I&#8217;m getting the same timeout error for test 29 &#8211; see below for extract and attached for full test output<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">anyone got any ideas?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Chris.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">===================================================================<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">29/40 Test #29: GmxPreprocessTests ...............***Timeout&nbsp; 30.15 sec<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[==========] Running 26 tests from 4 test cases.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[----------] Global test environment set-up.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[----------] 4 tests from GenconfTest<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ RUN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ] GenconfTest.nbox_Works<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OK ] GenconfTest.nbox_Works (186 ms)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ RUN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ] GenconfTest.nbox_norenumber_Works<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OK ] GenconfTest.nbox_norenumber_Works (92 ms)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ RUN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ] GenconfTest.nbox_dist_Works<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OK ] GenconfTest.nbox_dist_Works (372 ms)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ RUN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ] GenconfTest.nbox_rot_Works<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">center of geometry: 1.733667, 1.477000, 0.905167<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OK ] GenconfTest.nbox_rot_Works (471 ms)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[----------] 4 tests from GenconfTest (1121 ms total)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">[----------] 5 tests from InsertMoleculesTest<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ RUN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ] InsertMoleculesTest.InsertsMoleculesIntoExistingConfiguration<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Reading solute configuration<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Reading molecule configuration<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Initialising inter-atomic distances...<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessed<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;based on residue and atom names, since they could not be<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; definitively assigned from the information in your input<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; files. These guessed numbers might deviate from the mass<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; and radius of the atom type. Please check the output<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; files if necessary.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
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