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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">I’d also check out <a href="https://link.springer.com/article/10.1007/s10822-016-9977-1">
https://link.springer.com/article/10.1007/s10822-016-9977-1</a> for how to compare energy outputs of different simulation programs (including GROMACS and LAMMPS).<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Best,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">~~~~~~~~~~~~~~~~<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Michael Shirts<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Associate Professor<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><a href="mailto:michael.shirts@colorado.edu"><span style="color:#0563C1">michael.shirts@colorado.edu</span></a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><a href="http://www.colorado.edu/lab/shirtsgroup/"><span style="color:#0563C1">http://www.colorado.edu/lab/shirtsgroup/</span></a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Phone: (303) 735-7860<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Office: JSCBB C123<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Department of Chemical and Biological Engineering<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">University of Colorado Boulder<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From: </span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">&lt;gromacs.org_gmx-developers-bounces@maillist.sys.kth.se&gt; on behalf of Berk Hess &lt;hess@kth.se&gt;<br>
<b>Reply-To: </b>&quot;gmx-developers@gromacs.org&quot; &lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;<br>
<b>Date: </b>Wednesday, October 23, 2019 at 11:14 PM<br>
<b>To: </b>&quot;gmx-developers@gromacs.org&quot; &lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;<br>
<b>Subject: </b>Re: [gmx-developers] Discrepancy with LAMMPS in Coulomb (SR) Coul. recip. energy<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">This is a question for the gmx-users list, but I'll answer here.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">In general decomposition of Coulomb PME terms is meaningless, because there is no unique definition of the components. Also you need to have all parameters identical. Having said that, I think the main difference is because GROMACS adds
 the self correction to the real space term and LAMMPS seems to add it to the the reciprocal space.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Cheers,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Berk<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Oct 24, 2019 00:11, Jeet Majumdar &lt;mail2majumdar@gmail.com&gt; wrote:<o:p></o:p></p>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Dear all,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I was running a simulation with bulk water and CNT, with the protocol -&gt; Minimization, NPT, NVT. Keeping as much close as possible, I did the same simulation in LAMMPS too. I observe that the LAMMPS and GROMACS log file shows complete disagreement
 in sign and value in the coulomb energy calculation in real space and reciprocal space; in all the steps. Although upon adding the two parts (real&#43;reciprocal) to get total Coulomb energy, they are matching within error limit. Can anyone please explain me why
 am i getting such a weird result? Is it some in-build difference in calculation technique, or am I going wrong somewhere? I couldn't figure it out.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">GROMACS: (in kJ/mol)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Coulomb (SR) Coul. recip. <br>
&nbsp;-3.59079e&#43;05 8.41910e&#43;02 <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">in kcal/mol this translates to <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Potential Kinetic En. Total Energy Temperature Pres. DC <br>
-85821.94072 201.221319<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">LAMMPS: (in kcal/mol)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">E_coul = 177903.2534 E_long = -270193.3273 <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
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</div>
</div>
</div>
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