<div dir="ltr">Dear developers team. I tried compile gromacs 2019.4 on IBM POWER 8 machine with cida support. Version 2018 oon this configuration compile is ok.<div>Configuration:</div><div>OS: Ubuntu 16.04</div><div>Comiller: default for thos OS version (GCC)</div><div>CUDA: 9.2</div><div>Configuration:</div><div>    -DGMX_OPENMP=ON \<br>    -DGMX_GPU=ON \<br>    -DGMX_MPI=OFF \<br>    -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \<br>    -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda \<br>    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/gromacs \<br>    -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \<br>    -DGMX_SIMD=IBM_VSX <br></div><div>Output:</div><div>42/46 Test #42: regressiontests/complex .............***Failed   24.58 sec<br>                      :-) GROMACS - gmx mdrun, 2019.4 (-:<br><br>                            GROMACS is written by:<br>     Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen<br>    Par Bjelkmar      Christian Blau   Viacheslav Bolnykh     Kevin Boyd    <br> Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra       Alan Gray     <br>  Gerrit Groenhof     Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen  M. Eric Irrgang  <br>  Aleksei Iupinov   Christoph Junghans     Joe Jordan     Dimitrios Karkoulis<br>    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner      Per Larsson    <br>  Justin A. Lemkul    Viveca Lindahl    Magnus Lundborg     Erik Marklund   <br>    Pascal Merz     Pieter Meulenhoff    Teemu Murtola       Szilard Pall   <br>    Sander Pronk      Roland Schulz      Michael Shirts    Alexey Shvetsov  <br>   Alfons Sijbers     Peter Tieleman      Jon Vincent      Teemu Virolainen <br> Christian Wennberg    Maarten Wolf   <br>                           and the project leaders:<br>        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel<br><br>Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at<br>Uppsala University, Stockholm University and<br>the Royal Institute of Technology, Sweden.<br>check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br><br>GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it<br>under the terms of the GNU Lesser General Public License<br>as published by the Free Software Foundation; either version 2.1<br>of the License, or (at your option) any later version.<br><br>GROMACS:      gmx mdrun, version 2019.4<br>Executable:   /gromacs-build/bin/gmx<br>Data prefix:  /gromacs-src (source tree)<br>Working dir:  /gromacs-build/tests/regressiontests-2019.4<br>Command line:<br>  gmx mdrun -h<br><br><br>Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day<br><br>Mdrun cannot use the requested (or automatic) number of ranks, retrying with 8.<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun    -nb cpu   -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was 1<br>Retrying mdrun with better settings...<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun -ntmpi 12      -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was 1<br>Retrying mdrun with better settings...<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun -ntmpi 12    -ntomp 1  -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was -1<br>FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in dd121 for dd121<br>Mdrun cannot use the requested (or automatic) number of OpenMP threads, retrying with 8.<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun -ntmpi 1      -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was 1<br>Retrying mdrun with better settings...<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun       -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was -1<br>FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in nbnxn-ljpme-geometric for nbnxn-ljpme-geometric<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun       -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was -1<br>FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in nbnxn-ljpme-LB-geometric for nbnxn-ljpme-LB-geometric<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun -ntmpi 6      -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was 1<br>Retrying mdrun with better settings...<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun -ntmpi 6    -ntomp 1  -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was -1<br>FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in nbnxn_vsite for nbnxn_vsite<br>Mdrun cannot use the requested (or automatic) number of OpenMP threads, retrying with 8.<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun -ntmpi 1      -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was 1<br>Retrying mdrun with better settings...<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun -ntmpi 1    -ntomp 8  -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was -1<br>FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in orientation-restraints for orientation-restraints<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun       -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was -1<br>FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in pull_geometry_angle for pull_geometry_angle<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun       -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was -1<br>FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in pull_geometry_angle-axis for pull_geometry_angle-axis<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun       -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was -1<br>FAILED. Check mdrun.out, md.log file(s) in pull_geometry_dihedral for pull_geometry_dihedral<br>8 out of 51 complex tests FAILED<br><br>      Start 43: regressiontests/kernel<br>43/46 Test #43: regressiontests/kernel ..............   Passed   38.07 sec<br>      Start 44: regressiontests/freeenergy<br>44/46 Test #44: regressiontests/freeenergy ..........***Failed   11.42 sec<br>                      :-) GROMACS - gmx mdrun, 2019.4 (-:<br><br>                            GROMACS is written by:<br>     Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen<br>    Par Bjelkmar      Christian Blau   Viacheslav Bolnykh     Kevin Boyd    <br> Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra       Alan Gray     <br>  Gerrit Groenhof     Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen  M. Eric Irrgang  <br>  Aleksei Iupinov   Christoph Junghans     Joe Jordan     Dimitrios Karkoulis<br>    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner      Per Larsson    <br>  Justin A. Lemkul    Viveca Lindahl    Magnus Lundborg     Erik Marklund   <br>    Pascal Merz     Pieter Meulenhoff    Teemu Murtola       Szilard Pall   <br>    Sander Pronk      Roland Schulz      Michael Shirts    Alexey Shvetsov  <br>   Alfons Sijbers     Peter Tieleman      Jon Vincent      Teemu Virolainen <br> Christian Wennberg    Maarten Wolf   <br>                           and the project leaders:<br>        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel<br><br>Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at<br>Uppsala University, Stockholm University and<br>the Royal Institute of Technology, Sweden.<br>check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br><br>GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it<br>under the terms of the GNU Lesser General Public License<br>as published by the Free Software Foundation; either version 2.1<br>of the License, or (at your option) any later version.<br><br>GROMACS:      gmx mdrun, version 2019.4<br>Executable:   /gromacs-build/bin/gmx<br>Data prefix:  /gromacs-src (source tree)<br>Working dir:  /gromacs-build/tests/regressiontests-2019.4<br>Command line:<br>  gmx mdrun -h<br><br><br>Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day<br><br>Mdrun cannot use the requested (or automatic) number of ranks, retrying with 8.<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun    -nb cpu   -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was 1<br>Retrying mdrun with better settings...<br>Mdrun cannot use the requested (or automatic) number of ranks, retrying with 8.<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun    -nb cpu   -notunepme &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was 1<br>Retrying mdrun with better settings...<br>FAILED. Check checkpot.out (36 errors), checkforce.out (20 errors) file(s) in vdwalone for vdwalone<br>1 out of 10 freeenergy tests FAILED<br><br>      Start 45: regressiontests/rotation<br>45/46 Test #45: regressiontests/rotation ............   Passed    2.92 sec<br>      Start 46: regressiontests/essentialdynamics<br>46/46 Test #46: regressiontests/essentialdynamics ...***Failed    2.63 sec<br>                      :-) GROMACS - gmx mdrun, 2019.4 (-:<br><br>                            GROMACS is written by:<br>     Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen<br>    Par Bjelkmar      Christian Blau   Viacheslav Bolnykh     Kevin Boyd    <br> Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra       Alan Gray     <br>  Gerrit Groenhof     Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen  M. Eric Irrgang  <br>  Aleksei Iupinov   Christoph Junghans     Joe Jordan     Dimitrios Karkoulis<br>    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner      Per Larsson    <br>  Justin A. Lemkul    Viveca Lindahl    Magnus Lundborg     Erik Marklund   <br>    Pascal Merz     Pieter Meulenhoff    Teemu Murtola       Szilard Pall   <br>    Sander Pronk      Roland Schulz      Michael Shirts    Alexey Shvetsov  <br>   Alfons Sijbers     Peter Tieleman      Jon Vincent      Teemu Virolainen <br> Christian Wennberg    Maarten Wolf   <br>                           and the project leaders:<br>        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel<br><br>Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at<br>Uppsala University, Stockholm University and<br>the Royal Institute of Technology, Sweden.<br>check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br><br>GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it<br>under the terms of the GNU Lesser General Public License<br>as published by the Free Software Foundation; either version 2.1<br>of the License, or (at your option) any later version.<br><br>GROMACS:      gmx mdrun, version 2019.4<br>Executable:   /gromacs-build/bin/gmx<br>Data prefix:  /gromacs-src (source tree)<br>Working dir:  /gromacs-build/tests/regressiontests-2019.4<br>Command line:<br>  gmx mdrun -h<br><br><br>Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day<br><br>Mdrun cannot use the requested (or automatic) number of ranks, retrying with 8.<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun      -ei sam.edi -eo flooding1.xvg &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was 1<br>Retrying mdrun with better settings...<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun -ntmpi 8     -ei sam.edi -eo flooding1.xvg &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was 1<br>Retrying mdrun with better settings...<br>Mdrun cannot use the requested (or automatic) number of ranks, retrying with 8.<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun      -ei sam.edi -eo flooding2.xvg &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was 1<br>Retrying mdrun with better settings...<br><br>Abnormal return value for &#39; gmx mdrun -ntmpi 8     -ei sam.edi -eo flooding2.xvg &gt;mdrun.out 2&gt;&amp;1&#39; was 1<br>Retrying mdrun with better settings...<br><br>Here follows a list of the lines in edsam_reference.xvg and flooding2.xvg which did not<br>pass the comparison test within a tolerance of 0.025<br>Lines ref cmp  Reference   This test  Error<br>   61     63    0.414582    0.442268  2.768600e-02<br>   62     64    0.425532    0.454254  2.872200e-02<br>   63     65    0.436537    0.467285  3.074800e-02<br><br>Here follows a list of the lines in edsam_reference.xvg and flooding2.xvg which did not<br>pass the comparison test within a tolerance of 250<br>Lines ref cmp  Reference   This test  Error<br>   47     49     6725.78     6457.51  2.682700e+02<br>   48     50     5601.98     5276.28  3.257000e+02<br>   49     51     4620.28     4253.37  3.669100e+02<br>   50     52     3799.76     3392.82  4.069400e+02<br>   51     53     3144.11     2713.27  4.308400e+02<br>   52     54     2625.88        2195  4.308800e+02<br>   53     55     2188.89     1777.02  4.118700e+02<br>   54     56     1789.84     1408.52  3.813200e+02<br>   55     57     1411.59     1078.64  3.329500e+02<br>   56     58     1064.07     796.564  2.675060e+02<br><br>Here follows a list of the lines in edsam_reference.xvg and flooding2.xvg which did not<br>pass the comparison test within a tolerance of 1000<br>Lines ref cmp  Reference   This test  Error<br>   60     62     4919.61     3845.16  1.074450e+03<br>   61     63      4270.9     2886.58  1.384320e+03<br>   62     64     3723.39     2287.31  1.436080e+03<br>   63     65     3173.13     1635.76  1.537370e+03<br>   64     66        2504     1338.07  1.165930e+03<br><br>Here follows a list of the lines in edsam_reference.xvg and flooding2.xvg which did not<br>pass the comparison test within a tolerance of 0.025<br>Lines ref cmp  Reference   This test  Error<br>   54     56   0.0639331   0.0369573  2.697580e-02<br>   55     57   0.0436037   0.0123194  3.128430e-02<br>   56     58   0.0195254  -0.0102041  2.972950e-02<br>   57     59  -0.00319758  -0.0283589  2.516132e-02<br>   64     66  -0.0909715   -0.117208  2.623650e-02<br><br>Here follows a list of the lines in edsam_reference.xvg and flooding2.xvg which did not<br>pass the comparison test within a tolerance of 250<br>Lines ref cmp  Reference   This test  Error<br>   47     49     6725.78     6457.51  2.682700e+02<br>   48     50     5601.98     5276.28  3.257000e+02<br>   49     51     4620.28     4253.37  3.669100e+02<br>   50     52     3799.76     3392.82  4.069400e+02<br>   51     53     3144.11     2713.27  4.308400e+02<br>   52     54     2625.88        2195  4.308800e+02<br>   53     55     2188.89     1777.02  4.118700e+02<br>   54     56     1789.84     1408.52  3.813200e+02<br>   55     57     1411.59     1078.64  3.329500e+02<br>   56     58     1064.07     796.564  2.675060e+02<br><br>Here follows a list of the lines in edsam_reference.xvg and flooding2.xvg which did not<br>pass the comparison test within a tolerance of 1000<br>Lines ref cmp  Reference   This test  Error<br>   52     54    -9914.28    -8897.92  1.016360e+03<br>   53     55    -9058.36    -7857.58  1.200780e+03<br>   54     56    -8196.65    -6847.87  1.348780e+03<br>   55     57    -7180.18    -5615.97  1.564210e+03<br>   56     58    -5976.27    -4489.79  1.486480e+03<br>   57     59    -4840.12    -3582.05  1.258070e+03<br>   63     65    -1026.31      220.73  1.247040e+03<br>   64     66    -451.423      860.42  1.311843e+03<br>   65     67     225.316     1397.03  1.171714e+03<br>   66     68     864.206     1909.95  1.045744e+03<br>Essential dynamics tests FAILED with 43 errors!<br><br><br>91% tests passed, 4 tests failed out of 46<br><br>Label Time Summary:<br>GTest              =  47.80 sec (40 tests)<br>IntegrationTest    =  18.73 sec (5 tests)<br>MpiTest            =   0.03 sec (3 tests)<br>SlowTest           =  24.93 sec (1 test)<br>UnitTest           =   4.15 sec (34 tests)<br><br>Total Test time (real) = 130.73 sec<br><br>The following tests FAILED:<br>          3 - MdlibUnitTest (Failed)<br>         42 - regressiontests/complex (Failed)<br>         44 - regressiontests/freeenergy (Failed)<br>         46 - regressiontests/essentialdynamics (Failed)<br>Errors while running CTest<br>make[3]: *** [CMakeFiles/run-ctest-nophys] Error 8<br>CMakeFiles/run-ctest-nophys.dir/build.make:57: recipe for target &#39;CMakeFiles/run-ctest-nophys&#39; failed<br>CMakeFiles/Makefile2:1167: recipe for target &#39;CMakeFiles/run-ctest-nophys.dir/all&#39; failed<br>make[2]: *** [CMakeFiles/run-ctest-nophys.dir/all] Error 2<br>CMakeFiles/Makefile2:978: recipe for target &#39;CMakeFiles/check.dir/rule&#39; failed<br>make[1]: *** [CMakeFiles/check.dir/rule] Error 2<br>Makefile:546: recipe for target &#39;check&#39; failed<br>make: *** [check] Error 2<br></div><div><br></div><div>Sincerely, </div><div>Alexander Lashkov</div></div>