<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<span>Sorry, the link https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues<br>
</span>
<div>Does not work for me. I have created an account at gitlab,<br>
</div>
<div>but it results in PAGE NOT FOUND<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>&gt;Hello,<br>
</div>
<div>&gt;<br>
</div>
<div>&gt;can you please open an issue for this on <br>
</div>
<div>&gt;https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues.<br>
</div>
<div>&gt;<br>
</div>
<div>&gt;This looks like something that needs immediate attention for the 2020.2 <br>
</div>
<div>&gt;patch release.<br>
</div>
<div>&gt;<br>
</div>
<div>&gt;Thanks!<br>
</div>
<div>&gt;<br>
</div>
<div>&gt;Paul<br>
</div>
<div>&gt;<br>
</div>
<div>&gt;On 06/04/2020 08:59, Igor Leontyev wrote:<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt; Dear gmx developers,<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt; In solvation free energy simulations with gmx 2020.1 I came across the <br>
</div>
<div>&gt;&gt; following issue. vdW component of dG and DHDL values are ~2X <br>
</div>
<div>&gt;&gt; overestimated at the lambda region in which vdw-lambdas are changing. <br>
</div>
<div>&gt;&gt; Additional testing has shown that this issue is related to &quot;vdw-type = <br>
</div>
<div>&gt;&gt; PME.&quot;<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt; I have compared (for lambda-state=4) &lt;dVvdw/dl&gt; results of gmx2020 <br>
</div>
<div>&gt;&gt; with vdw-type: PME and CutOff, with the result of old gmx5.1 with <br>
</div>
<div>&gt;&gt; vdw-type = PME. All was run on CPU for 5 nanosecs with PME <br>
</div>
<div>&gt;&gt; electrostatics. It turned out that gmx2020 with vdw-type=CutOff <br>
</div>
<div>&gt;&gt; reproduces (within the accuracy) the &lt;dVvdw/dl&gt; result of gmx5.1 with <br>
</div>
<div>&gt;&gt; vdw-type = PME, which is expected. In the uniform environment both <br>
</div>
<div>&gt;&gt; vdw-types should give accurate solvation FE. The result of gmx2020 <br>
</div>
<div>&gt;&gt; with vdw-type=PME, however, is around 2X exaggerated, which seems to <br>
</div>
<div>&gt;&gt; be a bug.<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt; Here are the numbers:<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-ver/vdw-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;dVcoul/dl&gt; &lt;dVvdw/dl&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2020/PME &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-6.39450e-01 9.72647e&#43;01<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2020/CutOff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -3.99985e-01 4.39876e&#43;01<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;5.1/PME &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-3.08675e-01 &nbsp;4.36738e&#43;01<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt; Note, the problem is related to DHDL only, all potential energy <br>
</div>
<div>&gt;&gt; components (including vdW) in all runs are consistent. Let me know if <br>
</div>
<div>&gt;&gt; you need input files to reproduce the issue. Though I believe, it can <br>
</div>
<div>&gt;&gt; be observed for any simple solute in water solution.<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;&gt;<br>
</div>
<div>&gt;<br>
</div>
<div>&gt;-- <br>
</div>
<div>&gt;Paul Bauer, PhD<br>
</div>
<span></span><br>
</body>
</html>