<div dir="ltr"><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif" style="">Dear Sir/maam</font></div><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif" style=""><br></font></div><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif" style="">I want to perform an MD simulation of a  protein-ligand complex. I followed the <span style="box-sizing:border-box;color:rgb(0,0,0);text-align:-webkit-center">Justin A. Lemkul tutorial for the protein-ligand complex. The tutorial went smoothly. Next, I tried with my complex that is, I have docked a ligand with the protein of interest using autodock 1.5.6</span></font></div><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif">Upon running the pdb2gmx command, it shows an error. : Fatal error:</font></div><font face="arial, sans-serif"><span style="color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap">Atom HN1 in residue PHE 3 was not found in rtp entry PHE with 22 atoms</span><br style="color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap"><span style="color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap">while sorting atoms.</span><br style="color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap"></font><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif">I understand that the gromacs is not able to recognize the file due to atom numbering. But how to solve this issue, as I don&#39;t know what forcefield will be compatible with this file.</font></div><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(14,16,26);white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif" style="">Kindly help me in this regard. </font></div></div>