
<html>

  <head>

    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">

  </head>

  <body>

    <div class="moz-cite-prefix">On 2/11/21 4:22 PM, Lorién López

      Villellas wrote:<br>

    </div>

    <blockquote type="cite"

cite="mid:CAA8U9-fOq+T1CbCk41htsKj_mgvMBxrVXBVnq83KjQB3ooq3iQ@mail.gmail.com">

      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">

      <div dir="ltr">Hi.<br>

        <br>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px

          0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Why

          is the element number relevant for constraints? The element

          number is never used in MD calculations.</blockquote>

        <br>

        We have performed a heavy code optimization based on the

        structural patterns of the peptide chains. In order to apply

        this optimization, we need a very specific bond numbering. To

        get to this bond numbering, we use a bond reordering phase. The

        reordering algorithm needs to know the elements of the

        molecule's atoms to locate itself.<br>

        <br>

      </div>

    </blockquote>

    But that would make the algorithm work only for proteins. Why not do

    the numbering based on bond connectivity?<br>

    <br>

    Cheers,<br>

    <br>

    Berk<br>

    <br>

  </body>

</html>