<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body>
    <div class="moz-cite-prefix">Hi,<br>
      <br>
      Maybe I don't understand what you mean. Your instructions are
      incorrect. You said "select the energy group". But for non-bonded
      interactions there are only energy group pairs. If you pairs is
      molecule 1 vs molecule 1, that should have zero LJ SR and Coulomb
      SR energy in 2020.<br>
      <br>
      Cheers,<br>
      <br>
      Berk<br>
      <br>
      On 2/12/21 11:09 AM, Igor Leontyev wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:BYAPR08MB4230F0132AC9415859414623A08B9@BYAPR08MB4230.namprd08.prod.outlook.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        Thanks, Berk, for the response. I understand that a single water
        molecule in the vacuum box should have no Short-Range energy.
        But I am talking about water molecule in the BULK, i.e. there
        are a lot of explicit H2O around. I expect that SR energy (with
        PME electrostatics) includes at least LJ interactions with all
        neighbors within the CutOff, and may be also Coul interactions
        (not sure how PME splits the energy into SR and LR). But I get
        exact zeroes for both LJ and Coul terms.</div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        <br>
      </div>
      <div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;
        font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
        Igor<br>
      </div>
      <hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
      <div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt"
          face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Igor
          Leontyev<br>
          <b>Sent:</b> Thursday, February 11, 2021 10:00 PM<br>
          <b>To:</b> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a>
          <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">&lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;</a><br>
          <b>Subject:</b> Zero short-range energy of TIP3P</font>
        <div> </div>
      </div>
      <style type="text/css" style="display:none">p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}</style>
      <div dir="ltr">
        <div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;
          font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">
          Dear gmx developers,
          <div>The short range energy terms (Coul and VdW) for a single
            water molecule in the bulk (rigid TIP3P) simulated with
            gmx-2020 and extracted from edr-file are exact zero. The
            result looks strange to me. The same but with gmx-5.1 gives
            non-zero (presumably correct) interaction energy of water.</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>How I do it:</div>
          <div>1. Generate an index file with indices of the specific
            water molecule in the bulk (e.g. for the 1st H2O it is just
            1 2 3) to be monitored.</div>
          <div>2. Specify the energy group of the molecule to be
            monitored in mdp file and run MD.</div>
          <div>3. After MD, use gmx energy to get LJ and Coulomb (SR)
            interactions of the energy group from the edr file.</div>
          <div>The computed with gmx-2020 non-bonded (SR) energies of
            this energy group are zero.</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Please, let me know if I am doing something wrong.
            Otherwise, it looks like a bug because old version (gmx-5.1)
            results in non-zero energies that looks reasonable.</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Thanks,</div>
          Igor<br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>